Особенностью исламистской системы является тесная связь террористического подполья с наркоторговлей и криминальными этническими группами. Отдельные ячейки отличаются высокой, а иногда и полной автономностью, не связаны с одним центром, опираются на самофинансирование, семейные и личные связи участников со странами исхода (так, МИД Великобритании ежегодно фиксирует более 1,4 миллиона поездок граждан этой страны в Пакистан). Значительная часть средств передается по неформальным каналам, без использования банковской системы. Нарастающую роль в вербовке и подготовке кадров, идеологической обработке мусульманского населения и борьбе за молодежь играет Интернет, в котором в настоящее время действует более 7000 исламистских сайтов на различных, в том числе европейских, языках. В странах Запада различные исламистские группы и организации делят сферы влияния, в зависимости от происхождения местных мусульманских общин. В Испании они опираются на выходцев из Марокко и Алжира. Во Франции – из Марокко, Алжира, Туниса, Сирии и Ливана. В Италии – из Туниса и Ливии. В Германии – из Турции, Ирана и арабских стран. На территории Бенилюкса основу радикалов составляют арабы и сомалийцы. В Швейцарии и Латинской Америке – арабы и иранцы. В Великобритании и Канаде – арабы, пакистанцы и выходцы из других стран бывшей Британской Индии. В Скандинавии сильны позиции пакистанцев и сомалийцев. В Греции и на Кипре – сирийцев, ливанцев и палестинцев. В США – выходцев из Южной Азии, Ливана, Сирии, Ирана и Сомали. Интеллектуальные центры ислама на Западе – Париж и Лондон. Среди радикальных муфтиев в мечетях много палестинцев и пакистанцев. Штаб-квартира наднационального руководства – Швейцария.
Современная структура исламистских организаций напоминает Коминтерн или воплощение на практике «Протоколов сионских мудрецов» – одной из самых популярных книг, распространяемых радикальными исламистами. Системная стратегия контроля над местной исламской общиной, тиражируемая от страны к стране, включает в список первоочередных объектов школы, мечети и благотворительные фонды. Основными спонсорами выступают, как правило, Саудовская Аравия, Катар и Турция, а в случае шиитов – Иран. Радикальные организации исламского мира, включая военно-политические и террористические группировки, имеют на Западе филиалы или представительства, которые стремятся наладить контакты с правительствами и спецслужбами стран пребывания. Теракты на территории этих стран, как правило, совершают не базирующиеся там на постоянной основе «умеренные» исламисты, а формально не связанные с ними радикальные группировки, что представляет собой не более чем распределение функций. «Умеренные» в одной стране часто выступают в качестве радикалов в другой, используя особенности законодательной практики Франции, Великобритании и стран Скандинавии.
Даже тунисская «Ан-Нахда», воссозданная 1 марта 2011 г. Ганнуши, самая влиятельная после роспуска бывшей правящей партии политическая сила в стране, привержена жесткому толкованию Корана, «не исключает», в случае прихода к власти, введения шариата, в том числе телесных наказаний, и поддерживает получение женщинами меньшей доли наследства. При этом радикальные группировки, копившие силы к уходу США из Ирака и Афганистана и пропустившие первый этап волнений в арабском мире, вследствие которых сменилась власть в Тунисе и Египте, интенсифицировали свою деятельность. «Аль-Каида в странах исламского Магриба», возглавляемая Абу Мусабом Абдель Вадудом, продолжая удерживать французских заложников, размер выкупа за которых был поднят ею на порядок, попыталась уничтожить президента Мавритании Мохаммеда ульд Абдель Азиза и начала готовить теракты в Алжире и Франции. В Киренаике объявлено о возникновении в Эль-Байде и Дерне «исламских эмиратов» и укрепляются позиции близкой к салафитам «Аль-Джамаа аль-Исламия аль-Мукатиля» (ДИМ), в составе которой воюют ветераны афганской «Ливийской бригады», насчитывавшей свыше 1 тысячи чел. В Сомали интересы Саудовской Аравии представляет «Ахль Сунна валь-Джамаа», а поддерживаемое через Эритрею Ливией, Катаром и Египтом движение «Аш-Шабаб», связанное с пакистанской «Аль-Каидой», контролирует Кисмайо. В Йемене большинство улемов и шейхов, во главе с лидером исламистов шейхом Зиндани, поддерживает против президента Салеха «Лику Муштарака». «Братья мусульмане» организовали массовые выступления протеста в Иордании – впервые с «Черного сентября» 1970 г. и Сирии – первый раз после разгрома в 1982 г. мятежа в городе Хама.