Микадо Муцухито особенно трудно далось усмирение стойкого во взглядах и в войне адмирала Еномото (Эномоно) Такэаки, командовавшего сиогунским флотом. Адмирал со своим флотом отплыл на южное побережье острова Хоккайдо и провозгласил там "дворянскую республику". Он сопротивлялся своему обожествленному императору с огромным упорством и удивительно долго, сдавшись войскам микадо только в середине 1869 года.
Этот год в японской истории считается началом новой эпохи под названием "Мэйдзи" (в буквальном переводе - просвещенное правление, официальное название периода правления императора Муцухито с 1868 по 1912 год). Имя императора теперь тоже стало Мейдзи. А связанные с этим события вошли в японскую историю под названием "Мэйдзи исин" (Реставрация Мэйдзи).
Затем началась серия самурайских мятежей, направленных против централизации власти в стране. В этих мятежах приняло участие несколько десятков тысяч представителей военной касты Японии - самураев. Больше всего они были недовольны созданием национальной армии на основе всеобщей воинской повинности. Недовольные нововведениями, самураи восставали с оружием в руках против центрального правительства, но не против императора страны Восходящего Солнца.
В 1877 году императорские войска с большим трудом подавляют восстание клана Сацума на острове Киу-Сиу (Кюсю), под предводительством популярного японского военачальника Сайго Кичиноско. В конце сентября того же года он начал марш на Токио во главе 4-тысячной самурайской армии княжества Сацумы, но потерпел полное поражение от правительственных войск и погиб в битве близ города Кумамото. Самурайские войска Сайго Кичиноско были рассеяны и больше воедино не собирались.
Только после всех этих внутренних военных потрясений "реформы Мейдзи" начали утверждаться во внутренней жизни Японской империи, в которой реальная власть микадо утвердилась раз и навсегда, вплоть до середины XX столетия. Теперь будущее молодой державы Восходящего Солнца, отказавшейся от самоизоляции, было обеспечено.
После подавления сопротивления крупных феодалов и недовольства касты самураев централизованной императорской власти "реформы Мейдзи" последовали одна за другой. В 1871 году окончательно исчезает деление страны на феодальные владения - "ханы". Вместо них образуются "кены", то есть губернии во главе с императорскими чиновниками.
В следующем 1872 году в Японии начинается организация императорской регулярной армии, комплектование которой шло на основе всеобщей личной воинской повинности. Согласно принятому закону о всеобщей воинской повинности, призыву в армию подлежали лица мужского пола, достигшие 20-летнего возраста и годные для действительной воинской службы. Военная реформа полностью отвечала духу военной касты страны - многочисленному самурайскому сословию. Началось милитаристское воспитание народа, ставка в котором делалась на верноподданические чувства к божественному микадо, беспрекословное повиновение его воле.
Весь период 80-х годов в Японии знаменовался законодательными преобразованиями и реформами государственного управления. По примеру Западной Европы в стране создаются министерства. В 1889 году были обнародованы статьи новой конституции Японии. Правительство посылает за границу большое число способных молодых людей, которые занимаются повышением своего образования и одновременно перенимают в Европе все лучшее, что можно было применить на японской земле.
Страна Восходящего Солнца с невиданным ранее в мировой истории упорством стремилась догнать в поступательном развитии цивилизованные государства Европы и Северной Америки. Более того, Япония поставила перед собой задачу войти в эту семью полноправным членом. В 1874 году она присоединяется к Женевской конвенции, в 1878 году - к Всемирному почтовому союзу. В 1890 году добивается подчинения иностранцев местному суду, открыв им взамен этого свободный доступ на всем пространстве островной империи.
Один из исследователей японской истории М. Венюков в своем труде "Обозрение Японского архипелага и современное его состояние", опубликованном в 1871 году в Санкт-Петербурге и Берлине, не без стороннего восторга комментировал результаты "реформ Мейдзи", которые еще не завершились:
Таким образом "целое племя, многочисленное и даровитое, надолго отделенное от остального мира положением своей страны и государственными уставами, примкнуло к торжественному ходу других народов земли. С запасом свежих и бодрых сил, с пламенным рвением юности оно стремилось догнать тех, которые опередили его. Все старое, отжившее, непригодное для новых условий жизни было откинуто: все современное, полное мощи и возбуждающее лучшие силы духа было принято с увлечением..."