Одной из причин такого решения царского наместника стал доклад ему генерал-губернатора Приамурского края генерал-лейтенанта Н.П. Линевича в апреле 1904 года: "Наша крепость... ныне есть могущественный оплот на нашем Востоке". Будущий (третий и последний) главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке в русско-японской войне действительно гордился силой Владивостокской крепости, в создание которой им лично было вложено немало трудов.
6 марта японская эскадра под флагом адмирала Камимуры вновь показалась на виду Владивостока. На сей раз она состояла из пяти броненосных крейсеров ("Идзумо", "Адзума", "Асама", "Якумо" и "Ивате") и двух легких крейсеров ("Касаги" и "Иосино"), которые вошли в Уссурийский залив. В 13.30 пять японских кораблей приблизились к крепости на дистанцию в две мили и, маневрируя у бухты Соболь, открыли огонь по городу и приморским фортам Суворова и Линевича.
Русских батарей на этом участке береговой обороны еще не было, а форты имели на вооружении всего лишь противоштурмовые орудия и пулеметы и были готовы только к отражению вражеского десанта. Японская броненосная эскадра в течение часа проводила ожесточенную бомбардировку Владивостока, выпустив по нему 200 снарядов крупного калибра с "ничтожным результатом". Во время стрельбы неприятельские крейсера держались вне досягаемости огня орудий Петропавловской батареи и мортир Уссурийской батареи № 15. После этого вражеские корабли удалились в море.
На следующий день они вновь появились перед Владивостоком на том же самом месте, но на сей раз их корабельная артиллерия молчала. Попытка неприятеля вызвать ответный огонь крепостных батарей с целью их засечки и подавления всей мощью тяжелых орудий броненосных кораблей не увенчалась успехом. Русская крепость молчала, а японцы близко подойти к ней просто не решились.
В дальнейшем активность японского флота под Владивостоком резко упала во многом благодаря русским подводным лодкам. Во Владивостоке базировались три лодки - "Сом", "Дельфин" и "Касатка". Они несли дозорную службу близ приморского побережья (чаще всего близ острова Русский вели морскую разведку и охрану собственных прибрежных коммуникаций.
Во время русско-японской войны произошла единственная атака русской подводной лодкой японских кораблей. В апреле 1905 года "Сом", "Касатка" и "Дельфин" несли дозорную службу в районе бухты Преображения, расположенной в 70 милях к востоку от Владивостока. На подходе к бухте было обнаружено два японских эскадренных миноносца. Командир "Сома" решил атаковать неприятеля, но маневрирование подводной лодки было замечено с эсминцев и они, воспользовавшись спустившимся на море туманом, скрылись подальше от берегов.
Так неприятель получил возможность убедиться не только в том, что русские имеют во Владивостоке подводные лодки, но и в реальной их опасности для своих надводных кораблей. После этой встречи близ бухты Преображения японские морские силы ограничили свои действия против русской морской крепости постановкой минных заграждений.
Подводный отряд флотских сил крепости Владивосток за время русско-японской войны нес трудную морскую службу. Показателем этого могут быть действия экипажа "Сома". Подводная лодка за шесть месяцев прошла 1318 миль под водой и 93 мили над водой, удаляясь от Владивостока на 120 миль. Наибольшая продолжительность пребывания лодки "Сом" в море достигала восьми суток, а время нахождения под водой - 1,5 часа. Для подводного флота тех лет, и не только русского, это были очень высокие показатели.
После бомбардировки с моря крепость Владивосток была объявлена на военном положении. К марту 1904 года численность ее гарнизона достигла 17 тысяч человек. Комендантом крепости был назначен генерал Казбек. Но наличных сил было явно мало для защиты 63-километровой оборонительной линии Владивостока с суши и моря.
Всерьез занялись усилением Владивостокской крепости только после падения Порт-Артура. Начались широкие фортификационные работы как на побережье, так и на суше. Количество артиллерийских орудий в крепости увеличилось до 1500. Было завезено большое количество боеприпасов и провианта. Сделанные запасы, по расчетам, позволяли держаться гарнизону в случае осады шесть лет. В самой крепости было проложено немало дорог, произведена расчистка секторов обстрела. Была налажена связь через беспроволочный "искровой" телеграф (радиосвязь) и голубиную почту.
В мае 1905 года владивостокский крепостной гарнизон насчитывал 52 356 человек. В его состав входили 8-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия (4 полка трехбатальонного состава), два отдельных Восточно-Сибирских стрелковых полка, Хабаровский резервный полк, четыре батальона крепостной артиллерии, три саперных и одна минная рота, полевая жандармская команда, конный разведывательный отряд и другие подразделения. Морская крепость на юге Приморья готовилась к ведению круговой обороны и неприятельской осаде.