Арковскому отряду с потерями от артиллерийского огня пришлось отойти от береговой черты. Александровский отряд был оттеснен японской пехотой на Жонкиеровские высоты. Генерал-лейтенант Ляпунов распорядительно руководил боем. 12 июля Александровский отряд начал отступать к Пиленгскому перевалу, куда подходил и Дуйский отряд. У села Михайловка русским преградил путь батальон пехоты и кавалерийский отряд противника. Через этот заслон отступавшим удалось прорваться только с помощью пулеметного огня.
Приблизившиеся почти вплотную к берегу японские канонерские лодки и миноносцы открыли сильный артиллерийский огонь по Михайловским высотам. Под его прикрытием неприятельская пехота большими силами начала наступать. Генерал-лейтенант Ляпунов приказал в конце концов отходить в село Мало-Тымово, надеясь стянуть туда все свои четыре отряда.
13 июля крупные силы японской пехоты начали наступление из села Дербинское на село Рыковское с целью помешать соединению Александровского отряда с Арковским полковника Болдырева. На следующий день русские атаковали с двух сторон село Рыковское и выбили оттуда японских кавалеристов, отбив у них 96 пленных из Тымовского отряда, захваченных ими накануне.
Два русских отряда, соединившись, стали отходить в село Палеево. По пути прошло несколько схваток с японскими разъездами. У Сергиевского станка отряд расположился на ночлег, и японцы лесом смогли незаметно подобраться к расположению русских. Около часа ночи спящий отряд был обстрелян из лесу и потерял около 60 человек убитыми. В начавшейся панике около 500 дружинников разбежалось, была поломана часть обозных повозок.
На следующий день в 10 часов утра японцы повторили нападение, открыв по селению Онора частый ружейный огонь из тайги. Вновь началась паника, но благодаря стараниям офицеров она быстро улеглась и японцам пришлось отойти под пулеметным огнем. Под вечер в расположение русского отряда прибыл из села Рыковского местный тюремный надзиратель с предложением командующего японскими войсками на острове Карафуто генерала Харагучи сложить оружие.
После военного совета генерал-лейтенант Ляпунов решил сдаться противнику в плен. Принимая такое решение, он ссылался на нехватку боеприпасов и продовольствия. Всего сдалось в плен строевых военнослужащих - 64 офицера, нижних чинов и дружинников, а также 3819 человек нестроевых. Японцам достались в качестве трофеев 2 полевых орудия, 5 пулеметов и 281 лошадь.
После этих событий в плен японцам сдалось несколько разрозненных групп дружинников из числа ссыльных, бродивших по сахалинской тайге. Несколько таких "партий" решили избежать плена и сумели переправиться с острова на материк: это были отряды военного прокурора на Сахалине полковника Новосельского, командира 2-й дружины капитана Филимонова и артиллерийского штабс-капитана Благовещенского.
Боевые действия отрядов японских кораблей против берегов Приамурского края (правый берег Татарского пролива) выразились в бомбардировке с моря военного поста в заливе Де-Кастри и высадке вблизи его десанта. Пост защищался ротой Николаевского крепостного полка под командованием капитана Виноградова с двумя 4-фунтовыми орудиями. Русские попытались завязать артиллерийскую перестрелку с вражескими миноносцами, но малокалиберные пушки в стрельбе не "дотягивали" до кораблей. Солдатской роте пришлось отступить в тайгу. Японцы захватили пост Де-Кастри, оставленные здесь два орудия и разрушили сооружения.
После этого японские миноносцы обстреляли русские военные посты на мысах Лазарева и Джауре. На мысе Лазарева снарядами было сожжено здание телеграфной конторы. Но когда японцы попытались высадить здесь десант, защитники поста (два офицера и 10 солдат) отбили эту попытку ружейным огнем.
Коснулась русско-японская война и далекой от Маньчжурии Камчатки. Здесь оборону полуострова и города Петропавловска возглавил уездный начальник А.П. Сильницкий - исследователь Дальнего Востока, литератор и этнограф. В апреле 1904 года он провел сбор горожан и объявил им о возможности вторжения японцев на Камчатку. Сход решил создать воинскую дружину из 89 человек. Сильницкий, подсчитав возможности русского населения и камчадалов уезда, решил, что в случае ведения партизанских действий против японских войск можно опереться на две тысячи вооруженных ополченцев.
Японские военные появились на Камчатке в самом конце войны. В 20-х числах мая четыре японские шхуны высадили у села Явино, жители которого ушли в горы, десантный отряд из 150 человек под командованием лейтенанта Гундзи с одним полевым орудием. Водрузив в Явино японский флаг, десантники стали грабить село.
Тревожное известие вскоре пришло в Петропавловск. Оттуда вышло в Явино небольшое судно с отрядом дружинников под командой прапорщика Жаба. Из Большерецка, отстоявшего от Явино на сто километров, двинулась дружина унтер-офицера Сотникова. В Усть-Озерной оба отряда соединились: всего набралось 88 человек, из них 71 камчадал и 17 русских, преимущественно казаков.