Однако на защиту Семенова сразу же встало командование японского экспедиционного корпуса. Генерал Волков дальше Иркутска проехать не смог, а посланные им в Читу офицеры были изгнаны оттуда семеновцами. Японский генерал Юхи заявил, что "Япония не допустит никаких мер против Семенова, не останавливаясь даже для этого перед применением оружия...". Именно такую инструкцию получила дислоцированная в Забайкалье 3-я дивизия императорской армии.
Японская сторона уже вторично вставала на сторону атамана Семенова в его "конфликте" с Верховным правителем России. Когда в начале декабря 1918 года генерал Хорват по приказу адмирала Колчака в полосе отчуждения КВЖД разоружил сотню атамана Калмыкова, власти Токио выразили резкий протест, усмотрев в этом оскорбление высшего японского командования, которому был подчинен калмыковский отряд. Тем самым Колчаку было дано понять, что в отношении Семенова подобные действия будут пресекаться и что Омское правительство может оказаться без тихоокеанских портов, откуда Антанта снабжала Верховного главнокомандующего Белого движения всем необходимым для ведения Гражданской войны.
Однако в своих "просеменовских и антиколчаковских" действиях японской стороне надо было объясниться перед державами Антанты. Было официально заявлено следующее:
"во-первых, японское правительство не может "оставить Семенова на произвол судьбы ввиду несомненных его заслуг как первого активного борца против большевиков и немцев";
и во-вторых, бои между войсками атамана Семенова и генерала Волкова серьезно ослабят тылы сражавшегося на Восточном фронте Чехословацкого корпуса.
Однако Верховный правитель России не хотел пасовать перед такими действиями страны Восходящего Солнца, которые объективно шли во вред Белому движению. Российскому послу в Вашингтоне Г.П. Бахметьеву было поручено добиться поддержки у американского президента Вудро Вильсона: Верховный правитель не может установить свою власть в Восточной Сибири, так как "возникли препятствия со стороны Японии, явно покровительствующей Семенову, который является выполнителем ее планов..."
Государственный департамент США пошел навстречу просьбе адмирала А.В. Колчака. Американский посол в Токио Р. Моррис сделал соответствующий запрос правительству микадо. Точно так же поступили послы Франции и Великобритании. Японской стороне в своих действиях на российском Востоке пришлось оправдываться перед союзниками по Антанте.
Японские дипломаты заявили своим коллегам по Антанте, что "они являются защитниками мира на Дальнем Востоке и не могут согласиться на междуусобную войну (в стане белых сил. - А.Ш..) в районе, где они (японские экспедиционные войска. - А.Ш..) находятся для защиты... (российского. А.Ш..) народа".
Одновременно императорский Генеральный штаб и Министерство иностранных дел "прозрачно" намекнули военным атташе и послам держав Антанты в Токио, что атаман Семенов имеет такие же права на государственную власть в Забайкалье, как и адмирал Колчак в Западной Сибири, поскольку его верховная власть "еще не признана ни одной из держав". То есть в Токио дали ясно понять, что "единая и неделимая Россия" ушла в прошлое. Однако японская сторона заверила, что сделает все от нее зависящее для погашения конфликта между правителями Омска и Читы.
Для разрешения конфликтной ситуации в стане Белого движения подключились французский генерал М. Жанен и английский генерал А. Нокс. Воинственности атамана Семенова хватило ненадолго - он оказался без поддержки держав Антанты. Но на Японских островах началась пропагандистская кампания против Верховного правителя России адмирала Колчака.
Министерство иностранных дел Японии вручило управляющему МИД Омского правительства И.И. Сукину ноту, в которой говорилось, что Япония одобряет "высокопатриотические чувства и убеждения атамана Семенова... продолжает содействовать ему в его великом подвиге...". После такой поддержки полковник Семенов стал совершать новые "подвиги" в глубоком колчаковском тылу.
К началу февраля 1918 года семеновцы захватили на Забайкальской железной дороге все исправные паровозы и 48 поездов с военными грузами держав Антанты, направлявшимися в Омск для колчаковских войск. Так, атаман Семенов распорядился задержать железнодорожный состав с американским оружием адмиралу Колчаку, потребовав от сопровождавшего эшелон американского офицера выдать ему 15 тысяч винтовок, угрожая в противном случае взять их силой.
Когда генерал Хорват по указанию Колчака распорядился не перевозить по КВЖД грузы для войск Семенова, последний арестовал начальника отдела военных перевозок этой дороги. Атаман "силой своей власти" изъял деньги из читинского банка, его филиала на станции Маньчжурия, и стал "собственником" золотых приисков Забайкалья. Семенову с рук сошло даже то, что он послал свои отряды в район дислокации экспедиционных войск США и там семеновцы за "правонарушения" подвергли публичной порке американских солдат.