У японцев оставались захваченные в "нейтральной зоне" в ночь на 5-6 апреля оружие, патроны и снаряды, изготовляющие их заводы, воинские склады. Русской стороне возвращалось только то стрелковое и холодное оружие, которое было необходимо для несения милиционной, караульной и конвойной службы, а также Дальневосточный механический и судостроительный завод (современный Дальзавод) во Владивостоке, но "с условием не приготовлять на нем военных материалов". Японцы оставляли за собой даже склады с материалами военного обихода, "не имеющие непосредственного отношения к военным действиям". За интервентами оставались захваченные ими казармы русских войск и флотские казармы.
Соглашение не затрагивало вопроса о судьбе захваченных японцами в ночь 5-6 апреля русских военных судов во внутренней гавани Владивостока и на реке Амур, в Хабаровске. Это были дивизион судов Сибирской военной флотилии (в том числе подводные лодки), 18 канонерских лодок и 10 разведывательных судов Амурской речной флотилии, 6 канонерских лодок и 8 пароходов (4 из них принадлежали частным владельцам) различных партизанских отрядов.
Лишь 3 августа 1920 года японское командование согласилось подписать "Протокол о русских военных судах на Дальнем Востоке", дополнявший Русско-японское соглашение. Приморским властям передавались все "задержанные во время апрельских событий японской эскадрой русские военные суда", но без вооружения и боевых припасов, судьба которых "подлежала решению в будущем". Местные суда, уходившие в плавание на срок более суток, обязывались ставить об этом в известность японское морское командование во Владивостоке с указанием цели плавания и маршрута. Морские силы интервентов полностью контролировали судоходство вдоль берегов Южного Приморья.
Однако к концу 1920 года военная обстановка на Дальнем Востоке начала складываться не в пользу интервентов. Японцам не оставалось ничего другого, как окончательно отказаться от планов захвата Амурской области. К 21 октября им пришлось полностью эвакуировать свои войска из города Хабаровска и его окрестностей. Интервенты отошли к Иману и укрепились там. Хабаровск и линия железной дороги от него до реки Иман была занята частями Народно-революционной армии Амурского фронта. Однако вскоре после этого Гражданская война на Дальнем Востоке получила свое новое развитие.
Командование японским экспедиционным корпусом использовало Русско-японское соглашение для концентрации в "нейтральной зоне" разбитых в Забайкалье семеновцев и каппелевцев. Они перебрасывались в Приморье из зоны отчуждения КВЖД по железной дороге и сохраняли свою военную организацию и вооружение. Все необходимое на новом месте семеновцы и каппелевцы получали от командования экспедиционного корпуса интервентов.
К началу 1921 года при полной поддержке командования интервенционистских сил Японии белые стянули в "нейтральную зону" значительные силы: 4200 штыков, 1770 сабель, 80 пулеметов, 12 орудий. Семеновцы и каппелевцы расположились близ пограничной железнодорожной станции Гродеково (1-й корпус семеновцев под командованием генерала Савельева), Спасска, Никольска-Уссурийска (2-й корпус генерала Смолина) и во Владивостоке. Близ него на железнодорожной станции Раздольной расположился 3-й корпус генерала Молчанова.
Отдельные дружины белогвардейцев, которые отличались большой сплоченностью, находились под командованием генералов Лебедева, бывшего начальника колчаковского штаба, Потиешвили, Лохвицкого, командовавшего в годы Первой мировой войны русским легионом (особыми стрелковыми бригадами) во Франции. На острове Русский расположилась российская Академия Генерального Штаба (ее профессорско-преподавательский состав), которая в свое время перебралась из Петрограда на берега Волги и оттуда проделала долгий путь отступления с колчаковской армией до Владивостока.
Японцы помогли изгнанным из Забайкалья семеновцам и каппелевцам провиантом, боеприпасами, захваченным у советских войск вооружением. Этим во Владивостоке занимался генерал Такаянаги. По условиям Русско-японского соглашения войска Народно-революционной армии доступа в "нейтральную зону" не имели. Поэтому белые войска получили хорошую возможность привести себя в надлежащий порядок без помех со стороны красных сил.
Антанта выражала прямую заинтересованность в укреплении сил Белого движения на Дальнем Востоке, оккупированном японским экспедиционным корпусом. В первой половине марта 1921 года делегаты Франции провели с Токио переговоры, в ходе которых было заключено союзное соглашение. По нему Япония обязывалась оказывать помощь белогвардейцам в их борьбе с большевиками. В частности, французская сторона брала на себя все заботы о доставке на Дальний Восток остатков эвакуированной из Крыма врангелевской армии. Японцы согласились обеспечить врангелевцев всем необходимым.