На следующий день, 25 февраля, отряд из четырех японских крейсеров попытался отрезать от Порт-Артура два русских дозорных миноносца "Бесстрашный" и "Внушительный", открыв по ним огонь. Первому миноносцу удалось прорваться в базу, второму же пришлось искать укрытия в Голубиной бухте. Из-за опасности захвата корабля подошедшими японскими крейсерами командир "Внушительного" лейтенант М.С. Подушкин принял решение свезти команду на берег, а миноносец затопить. Так неудачно для Тихоокеанской эскадры начались первые дни русско-японской войны.
Попытка японцев перекрыть выход из внутренней гавани с помощью брандеров совпала с попыткой массового заброса в Порт-Артур шпионов, "работавших" на флотскую разведслужбу. Ротмистр Загоровский, ответственный за обеспечение безопасности в крепости, в телеграмме в Харбин доносил начальнику Заамурского корпуса пограничной стражи генералу Чичагову:
"Из потопленного у Голубиной бухты брандера удалось высадиться и проникнуть в крепость переодетым японским шпионам, скрывавшимся в городе, а по ночам с окрестных высот устраивавшим сигнализацию с неприятельской эскадрой. Две ночи это замечалось. Сигналы подавались фонарем с разных мест, и даже между домом коменданта крепости и интендантскими складами. Приняты энергичные меры к задержанию виновных. Сообщается о задержании 20 человек, которые были пойманы при передаче неприятелю сигналов. Населению разъяснялась ответственность за шпионаж в военное время, и было дано поручение гражданскому комиссару объявить об этом и расклеить объявления на русском, китайском и английском языках".
Русская Маньчжурская армия, развертывание которой затянулось на полтора месяца, и флот Тихого океана, серьезно ослабленный в первые же дни войны, не смогли выполнить главную задачу ее начального периода. По плану войны намечалось не допустить высадку японцев на западном побережье Кореи. Однако ни Е.И. Алексеев, ни А.Н. Куропаткин, ни О.В. Старк, как военные руководители, наделенные большой властью, эту задачу решать не стали.
Война на суше пока не начиналась. Японский Соединенный флот занимался морской блокадой Порт-Артура и обеспечением прикрытия огромных десантных армад, перевозивших войска с островов в Корею. Захват Сеула и порта Чемульпо японскими войсками значительно облегчал "подход" сухопутных сил противника России к пограничной реке Ялу, к границе Южной Маньчжурии. Однако переброска войск из Японии в Корею проходила медленно, не так, как ее планировало императорское командование.
Серьезность военного положения на Дальнем Востоке, особенно бездеятельность русского флота, заставили российское правительство и императора Николая II подумать о назначении нового командующего флотом Тихого океана. Кандидатур было две - начальник Главного морского штаба вице-адмирал З.П. Рождественский и бесспорно талантливый флотоводец, знаменитый полярный исследователь и ученый вице-адмирал С.О. Макаров, командовавший Кронштадтом. Последний за свой "беспокойный характер" не жаловался при царском дворе. Но зато он долгое время служил на Тихом океане, хорошо знал театр военных действий и во время русско-турецкой войны 1877-1878 годов сумел решить судьбу войны на Черном море в пользу России.
Перед отъездом в Порт-Артур в качестве командующего морскими силами на Тихом океане вице-адмирал С.О. Макаров поставил перед Морским министерством ряд важных вопросов, требуя настоятельного их решения. Все они касались усиления Тихоокеанского флота, что позволило бы ему начать активные действия против неприятеля в Желтом и Японском морях, близ корейского побережья.
Макаров настаивал на дальнейшем продвижении на Дальний Восток отряда кораблей контр-адмирала А. А. Вирениуса (броненосец "Ослябля", крейсер 1-го ранга "Аврора" и "Дмитрий Донской", 7 эскадренных миноносцев), который с получением известия о начале войны остановился у аравийских берегов, в порту Джибути. Макаров считал возможным обеспечить его приход поддержкой порт-артурской эскадры и отрядом владивостокских крейсеров.
В ответ на возражения должностных лиц Морского министерства, что такое невозможно, вице-адмирал С.О. Макаров решительно возразил: "Если этот отряд в составе трех кораблей и семи миноносцев не может появиться в водах театра войны, то, следовательно, в таком составе мне никогда нельзя будет выслать отряд для каких-либо операций". Однако морской министр вице-адмирал Ф.К. Авелан не поддержал "беспокойного" Макарова в этом вопросе и отряд контр-адмирала А.А. Вирениуса получил приказание покинуть порт Джибути и возвратиться из Индийского океана на Балтику, в Кронштадт.
Учитывая, что Тихоокеанская эскадра не имела достаточного количества быстроходных миноносцев, С.О. Макаров поднял вопрос о посылке по железной дороге (подобные примеры уже были) в Порт-Артур в разобранном виде 8 миноносцев типа "Циклоп" и постройки 40 малых миноносцев. Их он предполагал использовать для охраны портов и защиты побережья. Однако и это не встретило поддержки в Морском министерстве.