С 22 апреля новым командующим флотом Тихого океана был назначен контр-адмирал В.К. Витгефт. Он занимал должность начальника морского отдела штаба царского наместника и новое назначение получил на время. Командование Тихоокеанской эскадрой поручалось члену адмиралтейств-совета вице-адмиралу
Н.И. Срыдлову. Однако в Порт-Артур последний так и не прибыл, оказавшись в конце концов во Владивостоке, где базировался отряд крейсеров из трех единиц. Остальные корабельные силы находились в Порт-Артуре.
Появление главнокомандующего Алексеева в Порт-Артуре совпало с третьей бомбардировкой японскими броненосными кораблями крепости и Тихоокеанской эскадры, стоявшей во внутренней гавани. Ответный огонь по врагу вел эскадренный броненосец "Пересвет". Неприятельские корабли сделали 190 выстрелов. Стрельба из орудий главных калибров велась с предельной дистанции и закончилась безрезультатно для обеих сторон. После этого неприятельская эскадра скрылась из поля видимости береговых наблюдательных постов русской крепости.
Японское командование не просчиталось. Свою игру в "деле Макарова" оно вело без проигрыша. За неполные три недели (вражеская разведка доносила о делах русской морской крепости весьма регулярно) все, что успел сделать вице-адмирал С.О. Макаров, было сведено на нет. Царский наместник проигнорировал все новшества, введенные им. Боевая броненосная эскадра вновь замерла во внутреннем бассейне Порт-Артура. Даже обязательное дежурство крейсеров на внешнем рейде крепости было отменено. Алексеев и Витгефт приложили немало стараний, чтобы восстановить порядки, существовавшие на порт-артурской эскадре до войны и в ее начале, когда командовал вице-адмирал О.В. Старк.
Старое правило "беречь и не рисковать", установленное для Тихоокеанской эскадры наместником адмиралом Е.И. Алексеевым, воцарилось снова и стало законом до самого поражения России в русско-японской войне. Такой поворот дела на море японцы отметили сразу и, думается, их восторгу не было предела.
Выезжая в связи с угрозой блокады Порт-Артура с суши в город Мукден, царский главнокомандующий Алексеев дал новому командующему Тихоокеанским флотом контр-адмиралу В.К. Витгефту указания в прежнем духе:
"Ввиду значительного ослабления наших морских сил активных действий не предпринимать, ограничиваясь лишь производством рекогносцировок крейсерами и отрядами миноносцев для атаки неприятельских судов. При этом посылку тех и других обставить такими условиями, чтобы не подвергать их без нужды особому риску".
Инициатива на Желтом море вновь и окончательно перешла к японскому Соединенному флоту. Такова была цена в русско-японской войне гибели эскадренного броненосца "Петропавловск" и находившегося на его борту командующего русским флотом на Тихом океане вице-адмирала С.О. Макарова.
Вскоре были получены достоверные сведения о том, что высадившиеся в портах западного побережья Кореи японские войска начали продвижение к северу. Временному командующему русской Маньчжурской армии генералу Н.П. Линевичу (генерал-губернатору Приамурской области) отдается приказ задержать японцев на рубеже пограничной реки Ялу. Это позволяло выиграть время для сосредоточения армейских сил в районе городов Мукден - Ляоян и не дать неприятелю возможности в случае переправы через Ялу и ожидавшейся высадки десанта в устье реки Ляохэ и ближайшем морском побережье обрушиться с суши на крепость Порт-Артур.
В те дни главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке адмирал Е.И. Алексеев получил высочайшие указания императора Николая II на ведение войны. Суть этих монарших указаний заключалась в следующем:
"Главнейшие усилия наши первоначально должны быть обращены на обеспечение сосредоточения войск, как находящихся в пределах наместничества, так и направляемых из Европейской России. В силу этого первенствующей целью наших действий в первый период войны является удержание в своей власти Китайско-Восточной железной дороги".
Указания российского монарха, подготовленные в его военном ведомстве, были слишком расплывчаты и обрекали русского главнокомандующего на бездействие. Полученные почти через месяц после начала войны с Японией, они к тому же не вытекали из реальной военной обстановки и не учитывали соотношения противоборствующих сил.
Опасаясь русского флота, когда во главе его стоял инициативный и настойчивый вице-адмирал С.О. Макаров, японское командование медлило с высадкой сухопутных сил в Корее. 1-я армия генерала Куроки завершила высадку своих последних частей на корейскую землю только 29 марта. Весенняя распутица сделала дороги трудно проходимыми - путь от Сеула до Пхеньяна в 240 верст передовая японская пехотная дивизия проделала за 24 дня. И только в 20-х числах апреля передовые отряды японцев появились на левом берегу пограничной реки Ялу.