Среди командного состава героических защитников Порт-Артура было немало незаурядных людей, достойных военачальников. Поистине выдающуюся роль в укреплении и организации обороны крепости сыграл начальник сухопутной обороны генерал-майор Роман Исидорович Кондратенко. Он имел за плечами полный курс Академии Генерального штаба и Военно-инженерной академии, прекрасно разбирался в вопросах крепостной фортификации. Под его умелым руководством возводились новые укрепления и совершенствовались старые, отрабатывалась система ведения огня и взаимодействия.
В ходе порт-артурской эпопеи генерал-майор Р.И. Кондратенко прославился еще и тем, что умел поднимать моральный дух защитников крепости в самые трудные дни. В этом он был схож с вице-адмиралом С.О. Макаровым. В каждом своем приказе начальник сухопутного фронта Порт-Артура стремился отметить героизм и мужество русских воинов. Так, в приказе от 22 июля он писал:
"Части войск 4-й и 7-й дивизий выдержали славный, но неравный бой с противником на передовых позициях. Нас было только 17 000, а противник втрое сильнее - у него было 50 000, мы имели только полевую артиллерию, противник же имел кроме полевой еще осадную. Теперь, с отходом к крепости, положение наше изменилось неизмеримо к лучшему, силы наши более чем удвоились, противник же, ослабленный предыдущими боями, едва ли мог значительно усилиться. Вместо скороспелых окопов, как то было на передовых позициях, мы имеем здесь преимущественно долговременные сооружения, обеспеченные со всех сторон от атаки, вместо тонких шрапнельных укрытий имеем во многих местах безопасные казематы и надежные блиндажи, кроме полевой артиллерии имеем здесь сильную крепостную артиллерию, увеличенную многочисленными орудиями флота.
Поэтому если с передовых позиций мы еще могли податься к крепости, то теперь мы имеем полную возможность отразить и уничтожить врага. Никакой штурм нам не может быть страшным, если мы до конца решимся выполнить данную нами присягу. Во время ночного штурма ни при каком положении не надо теряться: если случится где-либо частный прорыв противника между укреплений, то таковой ровно ничего не значит, так как соседние форты обеспечены от атак со всех сторон, против же прорыва у нас имеются всегда сильные резервы, которые успеют вовремя опрокинуть врага и закрыть прорыв. Необходимо во что бы то ни стало держаться на всех местах до дневного света. С рассветом же наш страшный ружейный и пушечный огонь отгонит не только шестидесятитысячную, но хотя бы и стотысячную вражью силу, после чего войска крепости перейдут в наступление и добьют дерзкого врага".
Такие приказы начальника сухопутного участка обороны крепости генерал-майора Р.И. Кондратенко зачитывались в стрелковых ротах и батальонах, на артиллерийских батареях. Они не только воодушевляли защитников Порт-Артура, но и поднимали авторитет их военачальников, обеспечивали уверенность в собственных силах. Последнее было исключительно важно в те долгие месяцы, когда русская крепость оказалась в глухой осаде. Один из участников порт-артурской эпопеи, Я.У. Шишко, с любовью писал о Кондратенко:
"В Артуре не было места, куда бы он не заглянул, не было высоты, куда бы он не поднялся, чтобы указать, где немедленно должны явиться форты, укрепления, батареи... Генерал Кондратенко для Артура был все: и сила, и душа, и мысль, и дух героизма".
Благодаря стараниям защитников Порт-Артура крепость к началу прямой блокады оказалась готовой выдерживать самые яростные штурмы японской армии и долговременную осаду. Русская приморская крепость на Квантуне отличалась прежде всего не величием своих незавершенных оборонительных сооружений, а силой духа ее гарнизона и мощностью вооружения.
Общая протяженность оборонительной линии крепости Порт-Артур к началу осады составила 29 километров. Из них 9 километров занимал Приморский фронт с 22 долговременными батареями. В их задачу входила борьба с японским Соединенным флотом и прикрытие стоявшей во внутренней гавани Тихоокеанской эскадры, крепости и города от бомбардировок со стороны моря.
Главным же являлся сухопутный фронт, который подвергался штурмовым усилиям японской осадной 3-й армии. К началу осады он состоял из пяти долговременных фортов (№ I, II, III, IV и V), трех укреплений (№ 3, 4 и 5) и пяти отдельных литерных батарей (литера "А", "Б", "В", "Г" и "Д").
Впереди линии фортов находились передовые укрепления (окопы и полевые редуты), располагавшиеся на высотах Дагушань, Сяогушань, Панлуншань, Высокая, Длинная и Угловая, которые господствовали над близлежащей местностью. Центр сухопутной обороны "географически" располагался близ деревни Шуйшин, который прикрывали полевые редуты Кумирненский, Водопроводный и Скалистый.