Эскадра была обеспечена углем и припасами, но на кораблях не хватало орудий верхней палубы, снятых с кораблей для усиления крепостной обороны. Выйти в море с эскадрой не смог только крейсер "Баян", двумя неделями раньше подорвавшийся на вражеской мине. В базе оставались также канонерские лодки, необходимые для обороны крепости, и большая часть миноносцев, которым было не под силу совершить такой длительный переход.
Никаких прямых указаний командирам кораблей контр-адмирал В.К. Витгефт не дал. Он только предложил им пользоваться в бою инструкциями, которые в свое время были выработаны погибшим вице-адмиралом С.О. Макаровым. На совещании флагманов и командиров кораблей временно исполняющий обязанности командующего Тихоокеанской эскадрой сказал: "Кто может, тот и прорвется".
Японский Соединенный флот во всей своей силе поджидал русских в Желтом море. Вице-адмирал Хейхатиро Того имел преимущество в артиллерии и скорости хода своих броненосных, более современных кораблей. Морское сражение началось в 12 часов 20 минут: японцы с дистанции 80 кабельтовых первыми открыли огонь. Русские корабли открыли ответный огонь только тогда, когда сблизились с противником на дистанцию 65 кабельтовых.
Через полчаса после начала сражения в Желтом море японский 12-дюймовый (305-миллиметровый) снаряд ударил в фок-мачту флагманского броненосца "Цесаревич" и разорвался прямо над адмиральским мостиком. При взрыве погиб контр-адмира В.К. Витгефт и почти весь его штаб. После повторного попадания японского снаряда, угодившего в боевую рубку броненосца, и гибели командира флагмана капитана 1-го ранга Н.М. Иванова управление Тихоокеанской эскадрой было окончательно утрачено.
По иронии судьбы гибель командующего русской эскадрой произошла в тот самый момент, когда вице-адмирал Хейхатиро Того, считая, что прорыв русских удался и воспрепятствовать их дальнейшему движению практически невозможно, уже приказал кораблям Соединенного флота отходить в Сасэбо. В это время японские снаряды дважды поразили эскадренный броненосец "Цесаревич" и он вышел из общего кильватерного строя. Того, видя такое, сразу же отменил только что продиктованный им приказ, который в ту минуту еще не успели передать.
Сражение в Желтом море закончилось без потерь в кораблях для сразившихся сторон. Наибольшие боевые повреждения получили флагманские эскадренные броненосцы: в японский "Микаса" попало 22 крупнокалиберных снаряда, в русский "Цесаревич было 9 попаданий. Большие повреждения оказались на броненосном крейсере "Ниссин". Больше всего флагману "Микасе" досталось от меткого огня эскадренного броненосца "Ретвизан", которым умело командовал капитан 1-го ранга Э.Н. Щенсанович.
Моряки порт-артурской эскадры, несмотря на боевые потери, показали высокую стойкость в сражении. "Настроение команды было прекрасное... Было полное спокойствие, уверенность в своих силах, решимость драться насмерть", - доносил позже старший офицер эскадренного броненосца "Полтава". Командир "Севастополя" отмечал, что в бою каждый свое дело выполнял спокойно и без суеты, пожары тушились без всякого шума.
С наступлением темноты японские броненосные корабли прекратили огонь по русской эскадре, которая в своем большинстве повернула обратно к Порт-Артуру. В атаку против отходившего противника вице-адмирал Хейхатиро Того направил большой отряд эскадренных миноносцев, а сам с броненосными кораблями пошел в Корейский пролив. Атаки японских миноносцев из-за их слабой подготовки к ночным действиям носили нерешительный характер и ущерба русским кораблям они не нанесли.
Восемь из восемнадцати кораблей Тихоокеанской эскадры вернулось в Порт-Артур. Остальные корабли, за исключением крейсера "Новик", прорвались в нейтральные порты, где были задержаны (интернированы) до официального окончания русско-японской войны. Крейсер "Аскольд" и эскадренный миноносец "Гремящий" прорвались в китайский порт Шанхай. Поврежденный броненосец "Цесаревич" и миноносцы "Бесшумный", "Бесстрашный" и "Беспощадный" - в порт Циндао, арендованный Германией. Эскадренный миноносец "Бурный" - в порт Вэйхайвэй (аренда Великобритании). Крейсер "Диана" - во вьетнамский порт Сайгон французского Индокитая. Миноносец "Решительный" - в китайский порт Чифу (современный город Яньтай).
Крейсер "Новик", пытавшийся прорваться к Владивостоку, почти достиг его. Близ Корсаковского поста (японский Отомари, современный город Корсаков на острове Сахалин) крейсер, который хотел здесь произвести бункеровку, то есть пополнить запасы угля, вступил в неравный бой с подошедшими двумя японскими крейсерами. Во время боя "Новик" получил серьезные повреждения, что заставило команду затопить свой корабль. Экипаж крейсера сошел на берег Сахалина, сняв с корабля часть артиллерийского вооружения для обороны Корсаковского поста в случае нападения на него вражеского десанта.