Как уже отмечалось, предложение о передаче Японии Хабомаи и Шикотана было сделано по личному указанию Хрущева, который, однако, считал это «большой уступкой» Японии. В ходе состоявшихся 16, 17 и 18 октября 1956 г. бесед Хрущева с прибывшим в составе японской делегации министром сельского и лесного хозяйства Коно выяснилось, что японская сторона желала получить острова Хабомаи и Шикотан «немедленно, не связывая это с другими вопросами». То есть речь шла о том, чтобы СССР возвратил эти два острова безотносительно к вопросу о заключении мирного договора, а затем стороны обсуждали проблему принадлежности других Курильских островов. Хрущев же считал, что «передача Хабомаи и Шикотана представляет собой окончательное решение территориального вопроса». При этом он решительно отверг попытки выторговать у СССР другие территории. Хрущев заявил Коно 16 октября: «Японская сторона хочет получить Хабомаи и Шикотан без заключения мирного договора и решить впоследствии какие-то другие, не известные нам, территориальные вопросы, которых в действительности не существует. Советское правительство хочет как можно скорее договориться с Японией, и оно не использует территориальный вопрос для торга. Но я должен еще раз совершенно определенно и категорически заявить, что никаких претензий Японии по территориальному вопросу, кроме Хабомаи и Шикотан, мы принимать не будем и отказываемся обсуждать какие бы то ни было предложения в этом отношении… Мы не можем и не пойдем ни на какие дальнейшие уступки. Хабомаи и Шикотан можно было бы передать Японии по мирному договору, но с передачей указанных островов территориальный вопрос целиком и полностью следует считать разрешенным».
Хрущев не скрывал своего намерения использовать нормализацию советско-японских отношений для внесения противоречий между Токио и Вашингтоном, в частности по территориальному вопросу, и по возможности для ослабления американского влияния на политику Японии. С этой целью он настаивал на том, чтобы передача островов Хабомаи и Шикотан «последовала после заключения мирного договора и после того, как США передадут Японии Окинава и другие исконно японские территории, которые захвачены США». Советский лидер убеждал собеседника: «Г-н Коно должен понять, что наше предложение дает фактическое и юридическое право Японии вести борьбу за возвращение Окинава и других территорий. Я знаю, что в Японии есть проамериканская группа, которая недовольна нашими переговорами, но с этим можно и не считаться. Главное заключается в том, что в итоге решения вопроса по нашему варианту Япония получит возможность оказать сильное давление на США. Имейте в виду, что без борьбы вам не вернуть ваших территорий, находящихся в руках американцев».
Отвечая на вопрос Коно, «согласно ли Советское правительство вернуть нам Кунашир и Итуруп, если Соединенные Штаты уйдут с Окинавы», Хрущев заявил: «Кунашир и Итуруп здесь совершенно ни при чем, вопрос о них давно решен. Экономически эти территории не имеют никакого значения. Наоборот, они нам приносят сплошной убыток и ложатся тяжелым бременем на бюджет. Но тут играют решающую роль соображения престижа страны, а также стратегическая сторона дела». Разгадав намерение Хрущева разыграть «американскую карту» и опасаясь бурной реакции США, Коно высказал настоятельную просьбу удалить из представленного советской стороной проекта соглашения упоминание о передаче Соединенными Штатами Японии островов Окинава. В конце концов Хрущев был вынужден с этим согласиться.
На беседе с Хрущевым 18 октября Коно предложил следующий вариант соглашения: «Япония и СССР согласились на продолжение после установления нормальных дипломатических отношений между Японией и СССР переговоров о заключении Мирного Договора, включающего территориальный вопрос.
При этом СССР, идя навстречу пожеланиям Японии и учитывая интересы японского государства, согласился передать Японии острова Хабомаи и Сикотан с тем, однако, что фактическая передача этих островов Японии будет произведена после заключения Мирного Договора между Японией и СССР».