В 1864 году, в то время когда Китай уже был объят восстанием и все его Застойные владения отпали, русскими и китайскими уполномоченными был подписан так называемый Чугучакский протокол, 25 октября 1864 года. Этим протоколом определялась граница России с Китаем даже в той части, где Китай в то время еще граничил с Кокандским ханством. Общее начертание границы не было выгодно для России, и такие местности, как, например, долина Эмиля, оставались в руках Китая. Насколько заключение этого протокола было преждевременно, видно из того, что приведение его в исполнение могло последовать только через 20 лет.
В 60-х годах прошлого столетия, когда Китаю пришлось переживать тяжкие внутренние мятежи, китайцы снова становятся предупредительными к русским. В особенности русские оказались нужны китайцам, когда китайские войска с Цзо Цзунтаном во главе стали продвигаться в Зас-тенном Китае вперед, усмиряя мусульманское и дунганское восстания, и должны были одолеть пустыню Гоби. Наиболее тяжелый для них участок составлял путь от Хами до Кульджи в 1300 верст. Вся местность была разорена. К безводию присоединилось отсутствие продовольствия. Русские торговцы из сибирских местностей, смело продвинувшиеся до пунктов сбора китайских войск, встречались на этот раз как дорогие гости.
Но, несмотря на трудность положения, когда русские были вынуждены в 1871 году занять Кульджу, китайцы, еще отделенные от нее местностями, находившимися в руках восставших, свыше чем на 2000 верст, уже заявили требования о возврате им Кульджи.
Население Кульджи оказало русским войскам при занятии Илийского края очень слабое сопротивление и покорилось, получив обещание, что занимаемый русскими край никогда не будет передан китайцам. Несмотря на такое обещание, данное в Кульдже, в Пекине, за 4900 верст от Кульджи, каш посол Блангали обещал китайцам возвратить им Кульджу, когда в отложившихся от Китая областях китайцы восстановят свою власть и безопасность пограничных русских владений будет обеспечена на будущее время. Потом такое решение оправдывалось существовавшею уверенностью, что китайцы никогда до Кульджи не дойдут. Но сами русские и помогли им преодолеть пустыню, отделявшую Хами от Кульджи. При деятельном содействии полковника Сосновского сибирский купец Каменский поставил в 1876—1880 годах в Гучен, в пункт сбора китайских войск, один миллион пудов пшеницы, вывезя ее из Кульджи. Китайцы охотно заплатили ему за пуд по 5 руб. Всего Каменский брался поставить три миллиона пудов. Пшеница в Кульдже в 1876 году стоила 15 коп. за пуд, а вследствие скупки ее Каменским, в 1877 году, поднялась до 60 коп., что отозвалось на стоимости продовольствия наших войск.
Бывший туркестанский генерал-губернатор Кауфман ясно сознавал невыгодность для России соседства в Туркестане с Китаем и был сторонником присоединения Кульджи к России и поддержания власти Якуб-бека в Кашгарии, где этот даровитый хан уже правил 13 лет. Кауфману с основанием представлялось более выгодным для России иметь в соседстве с Туркестаном слабое мусульманское государство-буфер подобно Афганистану, чем сомкнуться в Туркестане с Китаем, располагающим неистощимыми материальными ресурсами.
Посланному генералом Кауфманом с дипломатической миссией к Якуб-беку капитану Куропаткину в 1876 году, в целях определения границы между Ферганской областью и Кашгарией, пришлось выслушать в г. Курля от Якуб-бека горькие упреки в двоедушии русских. Якуб-бек с основанием указывал, что не может верить словам русского посланца, когда недалеко от Курля, в Урумчи, в лагере его врагов-китайцев «такой же русский офицер, Сосновский, ставит провиант китайцам, без которого они не могли бы продвинуться вперед».
Но как только китайцы с помощью русских достигли пределов Кульджи и разбили Якуб-бека, тон их по отношекию к русскому правительству быстро изменился. Они стели требовать возвращения им Кульджи, а в случае отказа грозили войной. Для ведения переговоров в Петербург прибыл один из самых высших сановников, родственник царствовавшего дома Чунхау. После очень долгих переговоров, в течение которых китайский уполномоченный постоянно сносился со своим правительством, был выработан так называемый Ливадийский трактат, подписанный в октябре 1879 года в Ливадии. По этому договору часть Кульджи с Музартским проходом оставалась в русских руках.
Но затем произошел еще небывалый в истории сношений России с Китаем случай: богдыхан отказался от ратификации этого договора. Дипломатические сношения были прерваны, и обе державы начали готовиться к войне. Русский флот с Лисовским появился у китайских берегов: значительный отряд войск спешно сосредоточивался в Кульдже.
По мнению Ф. Мартенса, достоверные известия доказывают, что национальная партия пекинского двора с Цзо Цзунтаном во главе желала воспользоваться Ливадийским трактатом как поводом, чтобы вызвать общий кризис в сношениях с европейскими державами. Начав кровавую борьбу с Россией, партия эта намеревалась произвести общее избиение иностранцев.