Недостатком Николаевского порта была малая глубина бухты, не допускавшая в те годы входа судов осадкой более 4 футов (1,2 м). Поэтому морские суда были вынуждены останавливаться на открытом для ветров рейде в 2 верстах от Николаевска. Товары выгружались на баржи, а с них — на речные суда. Из-за мощного ледового покрытия порт функционировал лишь с конца мая до конца октября.
Первоначально вооружение береговых батарей Николаевска-на-Амуре было относительно слабым и состояло в основном из орудий, снятых с вооружения Кронштадтской и других крепостей. Наши адмиралы наивно полагали, что англичане тоже пошлют в Татарский пролив устаревшие корабли. Так, к началу 1895 г. на вооружение Николаевска состояло: 14—3-пудовых гладких бомбовых пушек, 4—9-фунтовые стальные пушки обр. 1867 г., 6—12-фунтовых батарейных (нарезных, с дула заряжаемых) пушек, 6—6-дюймовых медных мортир (тоже с дула заряжаемых), а также 4—3-фунтовые горные пушки обр. 1867 г. Как видим, большинство этих орудий годилось лишь для артиллерийского музея. В течение последующих четырех лет на вооружение поступило 14—8-дюймовых пушек обр. 1867 г. на станках Семенова и 10—8-дюймовых стальных мортир обр. 1867 г. Скажем, пополнение состояло не из новейших орудий, но, тем не менее, противнику без больших броненосцев появляться в Амурском лимане теперь стало рискованно.
Отсутствие достаточно глубоководных подходов к Николаевску-на-Амуре, длительность зимнего ледостава в Амурском лимане, значительное удаление порта от южных районов русского Дальнего Востока снизили его значение. Это в немалой степени усугубляла продажа Александром II Аляски и Алеутских островов.
В феврале 1871 г. русское правительство приняло решение о переносе главного порта Сибирской флотилии из Николаевска-на-Амуре во Владивосток, а в 1880 г. областное и войсковое управление Приморской области перевели в село Хабаровка, переименованное в 1893 г. в Хабаровск.
Во Владивостоке в бухте Золотой Рог, длина которой больше 7,5 км, имелась хорошо защищенная естественная гавань с глубинами 8,5—21 м, в которой мог укрыться самый крупный флот того времени. Рядом с Владивостоком в районе современного Артема были найдены запасы бурого угля, а в районе Находки — каменного угля. Лучшего места для военно-морской базы на всем русском Дальнем Востоке было не сыскать.
В 1875 г. Владивосток официально был объявлен городом. Как и каждому русскому городу, ему был присвоен герб: выгравированный на серебряном щите уссурийский тигр держал за рымы два скрещенных золотых якоря. Герб символизировал неразрывную связь города с флотом, с моряками, его зависимость от мореплавания.
В связи с отправкой на Дальний Восток очередного отряда кораблей Балтийского флота, в составе корвета «Аскольд» и клипера «Всадник», Александр II 27 июня 1868 г. в порядке исключения разрешил передать флоту из Военного ведомства шесть 6,03-дюймовых береговых стальных пушек на станках комитетского чертежа (общий вес системы 5587 кг). Эксплуатация этих 6,03-дюймовых пушек на судах оказалась неудобной, и их отгрузили во Владивосток, где установили на береговых батареях. Это были первые современные орудия в обороне Владивостока. А корвет «Аскольд» вновь получил гладкоствольные чугунные пушки: 16—36-фунтовых № 2 и одну 60-фунтовую № 1. После 1875 г. «Аскольд» был перевооружен нарезными пушками обр. 1867 г. — восемью 6-дюймовыми и четырьмя 9-фунтовыми.
В 1876 г. в связи с событиями на Балканах и возможностью вооруженного конфликта с Англией русское правительство приступило к укреплению Владивостока. В 1877 г. во Владивосток доставили десять 6-дюймовых медных мортир обр. 1867 г. на станках Семенова и двести морских мин Инженерного ведомства. В том же году во Владивостоке были построены новые береговые батареи, вооруженные как уже нарезными, так и корабельными гладкими чугунными пушками калибра 36 и 60 фунтов. У входа в бухты Диомид и Золотой Рог были поставлены инженерные мины. Эти мины переводились в боевое положение с берега электрическим импульсом по специальному подводному кабелю. В обычном же положении они были полностью безопасны для проходящих кораблей.
Гарнизон Владивостока к тому времени состоял из 1-го Восточно-Сибирского линейного батальона в составе 550 человек, 3-го Восточно-Сибирского линейного батальона (440 человек), Сибирского флотского экипажа (808 человек), конной Уссурийской казачьей сотни (60 человек), полевой батареи при восьми 4-фунтовых нарезных пушках обр. 1867 г. и трех взводов горной артиллерии при шести 3-фунтовых нарезных горных пушках. Кроме того, в Южно-Уссурийском крае в районе поселка Камень-Рыболов и села Никольского располагался Амурский пеший казачий батальон и одна конная сотня того же полка. В Новгородском посту в заливе Посьета и на реке Янчихе находился общий отряд, состоящий из Уссурийского пешего казачьего батальона и Новгородско-Уссурийской местной команды с одним взводом 3-й горной батареи.