Тяжелее всего было отступление русских с участков между станциями Хинган и Фуляэрди. Пост со станции Няньцзышань урядника Золотарева с 12 казаками и 10 служащими около станции Чингиз-хан был встречен китайским огнем и повернул на станцию Фуляэрди. Но узнав, что и та станция уже оставлена, русские двинулись к Хайлару, соединившись с рабочими с лесозаготовок. Казаки спрятали оружие и тоже назвались рабочими, и китайские солдаты пропустили русский отряд, дав им даже провожатых до границы. Посты со станций Ялу, Барим и Халасу несколько раз попадали под обстрел китайских войск, убиты были несколько казаков и десятник, около 50 человек бежали и пропали в горах. На станции Бухэду русские посты были задержаны, от них требовали сдачи оружия, но, получив взятку, китайский полковник пропустил железнодорожников. Главным отрядом, который собирал посты вдоль дороги, был отряд Смолянинова с 60 казаками и обоз со 100 русскими служащими с семьями, выходившими с 5-го участка дороги инженера С. Ц. Оффенберга. Он выступил 28 июня со станции Чжаланьтунь в сопровождении китайских солдат. Пройдя за 10 дней 420 верст, собрав разрозненные посты и встретив в конце пути еще 50 русских рабочих с семьями, 5-й участок 8 июля прибыл в Старо-Цурухайтуй. Этим закончилось отступление русских с железной дороги западнее Цицикара.
Отступление с участков западной линии, расположенных восточнее Цицикара, производилось в Харбин. Утром 28 июня командир 5-й сотни охранной стражи штабс-капитан Ивашкевич приехал в Цицикар, там он узнал, что ночью цзянцзюнь провел торжественное богослужение в кумирне с окроплением кровью пушек и другого оружия. Китайский отряд занял здание Русско-китайского банка и наложил арест на серебро. Там же посыльные передали Ивашкевичу сообщения из Хайлара и Харбина о начале военных действий. В тот же день начальник 6-го участка инженер А. А. Гершов получил приглашение от цзянцзюня на обед, но не поехал. Вечером русские загрузились в поезд и отправились на восток, оставив до утра на мосту 10 казаков дожидаться отставших. Подобрав посты по дороге, поезд 30 июня прибыл к Сунгари, и служащие переправились на пароходе в Харбин.
Отступление с восточной линии складывалось по-другому. Получив 27 июня приказ А. А. Гернгросса, полковник Денисов сосвоей сотней и служащими 11-го участка отступил к 29 июня от Вэйшахэ к Муданьцзяну. Все 450 служащих 11-го участка инженера М. А. Амосова затем выехали в Россию, и там, за исключением 63 человек, сразу уволились. Служащие 12-го и 13-го участков инженера Н. С. Свиянина стали также выезжать на станцию Пограничная. Однако в связи с тем, что русские войска вступили в Маньчжурию и заняли дорогу до реки Муданьцзян, решено было продолжить работы на этих участках. Но 12 июля Н. С. Свиягин телеграфировал С. Ю. Витте: „Ввиду полной невозможности производить работы приказал 12 участку привести в порядок имущество дороги, поставить при нем караулы охранной стражи под прикрытием войск и выехать со станции Муданьцзянь в Мо-до-ши. Штат участка сохраняется“. Для усиления охраны оставляемого имущества в этот район была направлена 17-я сотня охранной стражи полковника Фон-Виннинга. Китайцы пытались остановить ее движение, 27 июня около Мурени в лесу произошел бой. Казаки, потеряв в бою троих убитыми, разбили китайцев и заставили их отступить. Участок Муданьцзян—Пограничная остался под контролем России.
Отступление с трех западных участков восточной линии производилось в Харбин. 28 июня на двух поездах выехали служащие инженера Тихомирова со станции Имяньпо. Вечером этого же дня они забрали со станции Маоэршань участок инженера Варгасова. Паническое отступление сопровождалось пьянством, но благодаря решительным действиям штабс-капитана Скарятина все спиртное в вагонах было уничтожено и порядок восстановлен. Вечером 30 июня поезда забрали служащих со станции Сяолин с С. Н. Хилковым во главе. При отступлении все имущество сразу же растаскивалось китайцами, которые заранее занимали места у дверей и окон русских домов. Ключи от некоторых складов сдавали китайским властям. Собрав по дороге посты, благополучно миновав Ашихэ, уже оставленный охраной, поезда прибыли в Харбин.
1 июля А. И. Югович приказал восстановить линию Харбин — Эрценцзянцзы, старшим назначался С. Н. Хилков. Переговоры с властями Ашихэ 10 июля оказались бесполезными, и поздно вечером от станции Ашихэ начала отступление охранная стража штабс-капитана Баркана. Поскольку дорога уже была разрушена и около Харбина стояли китайские войска, охранники бросили поезда и пробивались в обход. Вся дорога восточнее Харбина была оставлена и разрушена.