Этот раскол просуществовал до 1989 года, когда М. С. Горбачев и его коллеги приняли решение «отпустить» Восточную Европу, содержать которую дальше было уже невозможно экономически, а пытаться удерживать под политическим контролем – чрезвычайно рискованно. В ходе встречи с президентом Дж. Бушем-старшим у берегов Мальты в декабре 1989 года Горбачев окончательно отказался от советской зоны влияния в Восточной Европе, включая ГДР. Такой ценой Советский Союз выходил из конфронтации с Западом.
Окончание противостояния было воспринято советским военно-политическим руководством с облегчением: даже теоретическая угроза широкомасштабной войны радикально снижалась. Договор об обычных вооруженных силах в Европе (ДОВСЕ, 1990 год, заключенный еще на межблоковой основе) фактически сделал невозможным скрытное сосредоточение войск для внезапного нападения. Объединение Германии (1990 год) предусматривало, что бундесвер не будет увеличен, а силы, подчиняющиеся командованию НАТО, не будут дислоцированы восточнее бывшей границы ГДР и ФРГ. Эти положения, однако, оставались в силе лишь до тех пор, пока не был завершен вывод советских войск из Восточной Германии.
В условиях разрушения политической основы своего военного присутствия в Восточной Европе СССР согласился на вывод своих войск из ГДР, Польши, Чехословакии и Венгрии и на роспуск Организации Варшавского договора (май 1991 года). Через несколько месяцев перестал существовать Советский Союз, а вместе с ним и Советская армия. Наиболее крупные и боеспособные группировки на территории СССР – Белорусский, Киевский, Одесский и Прикарпатский военные округа – стали основой вооруженных сил независимых Белоруссии и Украины. Прибалтийский округ ликвидировался, Балтийский флот терял базы и инфраструктуру в Эстонии, Латвии и Литве, Черноморский флот подлежал разделу между Россией и Украиной. Военные расходы РФ резко упали, оборонный заказ в 1992 году сократился в шестьдесят восемь раз.
После этого наступил период неопределенности. Холодная война была объявлена законченной без победителей и побежденных. ДОВСЕ снял угрозу внезапного массированного нападения. Де-факто нейтральный статус бывших участников Варшавского договора поначалу сохранял подобие геополитического буфера между вернувшимися домой советскими (российскими) войсками и оставшимися на своих позициях силами НАТО. В то же время попытка Москвы решить проблему безопасности радикально – путем вступления России в НАТО или заключения военного союза с США – не удалась. Черно-белое прежде стратегическое видение сменилось широким спектром проблем и богатым набором сценариев.
Основы Военной доктрины РФ (1993 года), отражая реальность окончания противостояния и налаживания сотрудничества с Западом, не содержали четкого указания на конкретного потенциального противника. Вместо этого в них перечислялись потенциальные риски, опасности и угрозы. В это время главная угроза военной безопасности России возникла внутри страны – на Северном Кавказе. Растянувшаяся почти на десятилетие (1994–2001 годы) чеченская война на некоторое время коренным образом изменила представления россиян о проблемах безопасности страны. Эти проблемы «ушли вовнутрь» государственной территории.
Неопределенность на «внешнем контуре» сохранялась до 1999 года, когда НАТО развязало войну против Югославии. Российские дипломатические усилия и даже готовность применить вето в Совете Безопасности ООН оказались не способны предотвратить войну. Воздушная операция НАТО была осуществлена по решению самого альянса, без санкции Совбеза ООН. Силовая акция Запада на Балканах вернула российскому военно-политическому руководству традиционное представление о потенциальных противниках.
Символом изменений стал знаменитый «разворот над Атлантикой» самолета в марте 1999 года, в момент начала бомбардировок Югославии, на котором в США летел председатель правительства РФ Евгений Примаков. В Москве сделали вывод, что решающее различие между косовским конфликтом и чеченским заключалось в том, что у России было ядерное оружие, что исключило вмешательство извне, а у Югославии его не было, и потому ее бомбили. «Слабых бьют», – позднее резюмировал Владимир Путин. Урок он усвоил.
К началу бомбардировок Югославии было наконец оформлено первое после окончания холодной войны расширение НАТО на Восток. В 1999 году членами альянса стали Польша, Чехия и Венгрия. Территория НАТО распространилась до границ РФ (Калининградская область) и стран СНГ – Белоруссии и Украины. Вторая «волна» расширения (2004 год) включила три бывшие республики СССР – Латвию, Литву и Эстонию, третья (2007 год) добавила Румынию и Болгарию. На севере блок НАТО вышел к Петербургу и Пскову, на юге занял господствующее положение на Черном море.