Заинтересована в таком шаге была и Россия. Готовясь к активному вмешательству в европейские дела, император, являвшийся к тому же еще и генерал-адмиралом, то есть лицом, возглавляющим флот, прекрасно понимал стратегическое положение Мальты как возможной базы русского флота. По его замыслу Мальта должна была стать форпостом русского влияния на Средиземном море. В лице Павла I, таким образом, слились воедино интересы и устремления трех лиц: императора России, Великого Магистра Мальтийского ордена и генерал-адмирала русского флота.
К середине 1798 года в Европе сформировалась вторая антинаполеоновская коалиция. Ее основными участниками стали Англия, Россия, Австрия и Турция. Главной целью коалиции являлось изгнание французов из Италии. Одновременно Павел I стремился изменить обстановку в Средиземном море, где еще до захвата Мальты французы овладели и Ионическими островами. Их освобождение, как и Мальты, принадлежавшей ордену, Великим Магистром которого он являлся, Павел I считал главной задачей Ф.Ф. Ушакова. Кстати, именно захват Мальты, воспринятый Павлом I как вызов, и явился непосредственным поводом объявления войны Франции.
25 июля 1798 года, еще до образования столь неожиданного для России «союза» с Турцией Ф.Ф. Ушакову последовал высочайший приказ: «Немедленно отправиться в крейсерство около Дарданеллей». Далее указывалось — ждать, когда Порта попросит русской помощи против французов, и как «буде Порта потребует помощи», войти в Босфор и действовать совместно «с турецким флотом противу французов, хотя бы и далее Константинополя».
25 августа 1798 года эскадра Ф.Ф. Ушакова из 6 линейных кораблей и 5 фрегатов вошла в Босфор. На борту кораблей находилось также 1700 солдат черноморских гарнизонов. Переговоры с турками начались на следующий же день. Две главные задачи ставил перед собой Ф.Ф. Ушаков: во-первых, — получить в подчинение более сильную турецкую эскадру и, во-вторых, после изгнания французов с Ионических островов не брать на Россию обязательств по их присоединению к владениям султана. И то и другое Ф.Ф. Ушакову удалось. Ему была выделена эскадра из четырех линейных кораблей и шести фрегатов под командованием старого турецкого адмирала Кадыр-Бея. Что же касается Ионических островов, то никаких авансов Турция не получила. Как и Россия, над островами она могла осуществлять лишь временный протекторат.
Итак, первой целью Ф.Ф. Ушакова в Средиземном море стало освобождение Ионических островов от французов. Расположенные у юго-западного побережья Греции, они с давних пор имели еще одно название — Архипелаг Семи островов. В архипелаг входили: Корфу, Кефалони, Св. Мавры, Итака, Занте, Цериго, Паксо и еще несколько мелких островов. Почти четвертьмиллионное население архипелага в абсолютном большинстве исповедовало православие.
Первым из остров, к которому подошел 28 сентября 1798 года Ф.Ф. Ушаков, был самый южный остров Цериго. В тот же день на остров был высажен десант. Французы укрылись в крепости. Однако после упорного, но непродолжительного сопротивления они вывесили белый флаг. Население, преимущественно православные греки, встретило русских с необычайным радушием. Первое же распоряжение Ф.Ф. Ушакова еще больше усилило прорусские настроения на острове. Адмирал объявил, что управление островом, который поступил в его полное подчинение, он поручает лицам «из выборных обществом дворян и из лучших обывателей и граждан, общим голосованием признанных способными к управлению народом». Острову, таким образом, предоставлялось самоуправление, хотя верховную власть Ф.Ф. Ушаков оставил за собой.
14 октября сдался гарнизон острова Занте. На следующий день встреченный громадной ликующей толпой, под звон церковных колоколов Ф.Ф. Ушаков сошел на берег. Русских моряков во время шествия забросали цветами. Солдат и матросов угощали вином и сладостями. «Матери, имея слезы радости, выносили детей своих и заставляли целовать руки наших офицеров и герб российский на солдатских сумках. Из деревень скопилось до 5000 вооруженных поселян. Они толпами ходили по городу, нося на шестах белый флаг с Андреевским крестом». Такое ликование отнюдь не нравилось туркам, «неохотно взиравшим на сию чистосердечную и взаимную привязанность двух единоверных народов», — вспоминал один из офицеров.