Через несколько дней управляющий Морским министерством направил Н.В. Копытову еще одно секретное письмо. Командующему эскадрой предлагалось лично осмотреть не только указанные острова, но и другие пункты. И.А. Шестаков разъяснял, что цель посылки кораблей к островам Тихого океана «состоит в приобретении пункта, на который мы могли бы заявить права на владения и поднять на нем свой флаг». Это могло быть осуществлено либо «непосредственным завладением острова от имени Правительства», либо устройством на нем частной торговой фактории «под нашим покровительством, со складами угля, провизии и запасов для нужд нашего флота». Особое внимание обращалось на сохранение всех действий в тайне.
Понимал секретность экспедиции и Н.Н. Миклухо-Маклай. Отправляясь в Сидней, он предложил И.А. Шестакову коды для телеграмм, которые будет давать «только в крайних случаях». Desided — означало его готовность к экспедиции; depered — невозможность участия в экспедиции по состоянию здоровья; possible — согласие участвовать в экспедиции, letters — послано важное письмо, жду инструкции.
Между тем, будучи человеком энергичным и решительным, получив приказание управляющего Морским министерством, Н.В. Копытов начал действовать. Находясь в начале января 1883 года с фрегатом «Герцог Эдинбургский» в Гонконге, он запросил по телеграфу у И.А. Шестакова разрешения «для выигрыша времени Маклаю послать к сроку в Сидней “Африку” или одно из судов по Вашему назначению, на котором мне перейти в Сингапур, пересесть на “Скобелева” и на нем осмотреть острова теперь же самому». И.А. Шестаков ответил согласием.
В середине февраля 1883 года, перенеся свой флаг на корвет «Скобелев», Н.В. Копытов прибыл в столицу Батавию (Джакарта. — Ю. К.)
Существовавшее первоначально у адмирала предубеждение к путешественнику вскоре исчезло. В одном из своих писем жене Н.В. Копытов писал: «Без Миклухо-Маклая я бы мог выполнить чрезвычайно поверхностно свое дело. Теперь же, имея его с собой, мне будет вдесятеро легче. Он же сам по себе человек чрезвычайно интересный, проделавший вещи почти невероятные во время жизни с дикарями и при различных путешествиях по всем углам Тихого океана… часто не верится, чтобы такой маленький и слабенький человек мог бы делать такие дела. Он говорит на 12 языках и… не только образованный, но ученый. В России, Англии, Франции, Германии он познакомился и даже в некоторых случаях подружился со всеми современными знаменитостями и людьми чрезвычайно высокостоящими.
Думая найти дикаря, убежавшего от людей на Новую Гвинею, я встретил человека, у которого теперь учусь светскости и общительности. Кого он не знает и с кем он не друг? В здешних колониях различных государств он приятель со всеми генерал-губернаторами, вице-королями и магараджами. В то же время до сих пор я кроме отличного ничего другого про него сказать не могу… Весьма строгой нравственности, серьезных правил и вообще во всех отношениях выдающийся человек».
На пути к Новой Гвинее Н.Н. Миклухо-Маклай напомнил адмиралу «о большой пользе, которую может принести подарок нескольких пар домашних животных для установления прочных дружеских отношений между русским и туземным населением берега Маклая. Я не сомневаюсь, что туземцы берега Маклая вполне оценят важность такого подарка и сохранят о посещении “Скобелева” самую лучшую память — молодого бычка и телку».