Потемкин писал Екатерине: «Порта, встревоженная его предприимчивостью и мужеством, старалась уловить его разными обещаниями, которые он отверг с презрением. В самой неудаче высказывает он неустрашимую смелость. Он потерпел в этом сражении с турками, но сам почти со всеми спасся и, оправясь, пойдет опять. Он один только дерется». Далее Потемкин ходатайствовал перед императрицей о награждении Ламброса Качиони за его боевые заслуги в должности командующего легкой российской флотилией перед Российской империей: «Всемилостивейшее пожалование в полковники умножает ревность его, а если еще Вашему Величеству благоугодно будет позволить мне отправить к нему знаки военного ордена 4-й степени, то сие, разнесшись повсюду, много произведет действия в народе греческом к пользе высочайшей Вашего Императорского Величества службы».
29 июля 1790 г. Ламбро Качиони за военные заслуги и личную храбрость был произведен в полковники. В указе Екатерины II говорилось, что очередной чин дается ему «в награждение усердной службы, отличной его храбрости и мужества, неоднократно оказанных в сражениях с турецким морским вооружением».
В соответствии с Высочайшим указом от 12 сентября 1790 г. полковник Ламбро Качиони «в награждение его храбрости и подвигов и в ободрение его к дальнейшим действиям против неприятеля» становится кавалером российского ордена Святого Георгия 4-го класса.
После гибели флотилии Ламбро попытался создать новую. Ему удалось захватить две вооруженные шебеки, принадлежавшие грекам с острова Идра. Но по приказанию генерал-майора Псаро Качиони был вынужден вернуть захваченные призы идриотам. Все же Ламбро удается собрать отряд из нескольких малых судов, базировавшихся на острове Итака. Конфликт Ламбро с руководством «казенной» флотилии продолжался.
В конце концов взбешенный Потемкин решил «сменить коней на переправе». В Ордере от 24 декабря 1790 г. он вызвал в Петербург для отчета контр-адмирала Гибса.
В конце 1790 г. Качиони, передав управление оставшимися судами флотилии своему заместителю Николаю Касими, прибыл в Вену, чтобы встретиться там с главнокомандующим князем Потемкиным-Таврическим. Для выяснения, где находится главнокомандующий, Качиони направил в Яссы несколько офицеров с письмом к генерал-фельдмаршалу, а сам с оставшимися тринадцатью офицерами остался в Вене ждать сообщений. Ждать пришлось долго, поскольку Потемкин в это время находился в Петербурге.
Суда флотилии Качиони и «казенной» флотилии генерал-майора Псаро в это время ремонтировались в бухтах Ионических островов, в основном у острова Занте, готовясь к кампании 1791 г. По приказу Ламбро в начале 1791 г. его флотилия в составе пяти судов под командованием Николая Касими убыла в Архипелаг, а затем пошла к южным берегам Македонии, чтобы захватить там суда с хлебом, идущие в Константинополь.
Согласно донесению Касими, его отряд сжег «в заливе Воло, ниже Салоники, множество турецких судов с пшеницею, для Константинополя нагруженных, и три сантины [разновидность полаки. –
В начале 1791 г. прибывший в Вену генерал-майор Томара нашел там Качиони в затруднительном материальном положении, но не сломленного духом. Томара в присутствии офицеров вручил Ламбро указы императрицы о производстве его в чин полковника и награждении орденом Святого Георгия и лично прикрепил на грудь полковника орден. Потом Томара передал устные и письменные наставления и указания князя Потемкина лично Ламбро Качиони. Генерал-майор оплатил все венские долги в сумме «1436 червонцев» «полковника и кавалера Ламбро Качони и находившихся при нем 13 человек офицеров».
В начале апреля 1791 г. Качиони и его спутники возвращаются в Триест. Там Ламбро энергично приступил к формированию новой флотилии. В мае Качиони купил у судовладельца Куртовича за 24 тысячи флоринов два судна, получившие названия «Святой Спиридон» и «Святой Стефан». «Святой Спиридон» был вооружен 24 пушками, а команда его насчитывала 45 человек. По одним документам судно это числилось малым фрегатом, а по другим – корветом. «Святой Стефан» имел 20 пушек и 35 человек команды. Вооружены оба судна были за казенный счет.
В Триесте у австрийцев Ламбро купил две канонерские лодки (барки) «Сила» и «Святая Варвара». Они были вооружены двумя медными 24-фунтовыми пушками, взятыми взаймы у австрийцев. Команда каждой лодки состояла из 12 человек.
В состав флотилии Качиони вошел и турецкий кирлангич, захваченный ранее «казенной» флотилией. Он был вооружен на казенный счет у острова Каламо. Судно стало называться шебекой (по другим документам – полакой) «Святой Иоанн ди Патмос». Вооружение его составляли 20 пушек, команда – 67 человек.
Кроме того, к 1 сентября 1791 г. в составе флотилии Качиони были следующие суда:
Фрегат «Святой Георгий». Команда 99 человек.
Корветы «Святой Матвей» и «Святой Николай». Команды каждого 55 человек.
Полака «Святая Елена». Длина 26,2 м, ширина 7,9 м, осадка 2,3 м. 28 пушек. Парусное вооружение фрегата (3 мачты).