Вследствие этого в августе 1880 г. по рекомендации генерала Лорис-Меликова Третье Отделение было вообще ликвидировано и заменено центральной политической полицией, сперва именовавшейся Департаментом государственной полиции, а с 1883 г.— просто Департаментом Полиции. Административно новое ведомство входило в состав Министерства Внутренних Дел, которое отныне стало главным стражем государственной безопасности в России. Список обязанностей нового Департамента был замечательно обширен. Департамент должен был печься об охране общественной безопасности и порядка и пресечении государственных преступлений. В дополнение к сему на него возлагалась ответственность за охрану государственной границы, выдачу паспортов, надзор за проживающими в России иностранцами и евреями, а также кабаками, противопожарными инструментами и взрывчатыми веществами. Он также имел широкие полномочия «по утверждению уставов разных обществ и клубов и разрешению публичных лекций, чтений, выставок и съездов.» [Свод Законов Российской Империи, т. I, ч. I. кн. V. СПб.. 1892, стр. 10. Статья 362]. Департамент был разбит на несколько отделов, один из которых занимался «тайными» делами, т. е. политическим сыском. Под началом Департамента находились три жандармские дивизии со штабами в Санкт-Петербурге, Москве и Варшаве, а также целый ряд специализированных подразделений. Штат его оставался небольшим: в 1895 г. Департамент Полиции имел 161 постоянного служащего, а численность жандармского корпуса продолжала составлять менее 10 тыс. человек. В 1883 г., однако, полиция, насчитывавшая около 100 тыс. чинов, получила приказ всячески содействовать жандармерии, что резко увеличило личный состав последней. Министр Внутренних Дел был по должности шефом жандармов, но в действительности руководство ими осуществлял один из его заместителей, именовавшийся Директором Департамента Полиции и Командиром Корпуса жандармов. 9 июня 1881 г. был издан приказ, по которому жандармерия выходила из-под начала губернаторов и генерал-губернаторов и должна была подчиняться исключительно шефу полиции. Эта мера ставила жандармский корпус вне обычного административного аппарата и давала ему возможность жить по своим собственным законам. Департамент Полиции и Корпус жандармов продолжали заниматься исключительно политическими преступлениями, и когда их члены нападали на след уголовного правонарушения, они передавали дело полиции. Раз в год шеф жандармов представлял императору отчет о кампаниях, проведенных его ведомством против подрывных элементов, читавшийся, как военная сводка.
Чтобы облечь своевластные действия Департамента Полиции в покровы законности, Министр Внутренних Дел ввел в его состав особый «Судебный отдел». Этот орган занимался юридической стороной дел, попадавших в сферу деятельности Министерства Внутренних Дел, т. е. преступлений, наказуемых на основании политических статей Уложения о наказаниях и не передававшихся в обычные суды, а также совершенных в нарушение многочисленных чрезвычайных и временных законов, изданных в те годы.
В 1898 г., когда после многих лет затишья вновь появились признаки оживления политической жизни и возникло опасение возобновления терроризма, «тайный» отдел Департамента Полиции образовал «Особое отделение» сверхсекретный орган, который должен был служить нервным центром кампании против подрывных элементов. Это отделение вело непрерывную слежку за революционерами в России и за границей и устраивало хитроумные провокации для их выявления. Штаб-квартира отделения располагалась на четвертом этаже дома № 16 на Фонтанке и охранялась с большой строгостью; доступ в него имели только сотрудники.
В связи с «Временными Правилами» (о которых ниже, стр. #398-#400) 14 августа 1881 г., правительство упорядочило статус охранных отделений (или, сокращенно, охранок), образованных в 1870-х гг.; они также боролись с революционерами, причем делали это на довольно высоком профессиональном уровне. Формально являясь частью жандармского корпуса, они, видимо, действовали совершенно самостоятельно.
У Департамента Полиции было несколько заграничных отделений, главное из которых находилось в русском посольстве в Париже; в их задачу входила слежка за русскими эмигрантами. Местные полицейские власти нередко оказывали этим заграничным филиалам содействие из политических симпатий или корысти.