Однако самая серьезная угроза для правящей церкви зародилась в ее собственных рядах, среди людей, чья догматическая и обрядовая ортодоксия была вне всяких подозрений. В конце XV в. среди монахов, живших на горе Афон, центре православного иночества, пошли разговоры о неминуемом конце света. Некоторые монахи ушли из монастырей и приняли схиму. Они жили в большой простоте, молились, читали и предавались созерцанию. Это движение исихастов было ввезено в России монахом Нилом Сорским, побывавшим на Афонской горе. Около 1480 г. Нил ушел из своего монастыря и выкопал себе келейку в болотистой лесной чаще в верхнем течении Волги, где стал жить в одиночестве, молитвах и изучении Св. Писания и святоотеческих книг. Его примеру последовали другие монахи и стали селиться поблизости от его обители или дальше к северу. Поначалу «заволжские старцы», казалось, не представляли угрозы для правящей церкви, поскольку проповедуемая ими жизнь была слишком сурова, чтобы привлечь многочисленных приверженцев. Однако со временем Нил Сорский ввязался в полемику о принципе монастырского землевладения, и церковь после этого поразил кризис.
К концу XV в. притязания московской монархии на самодержавное владычество были вполне удовлетворены, и она уже не так остро нуждалась в мирских услугах церкви. Она даже стала плотоядно поглядывать на церковные владения, — умножению которых сама немало способствовала, — поскольку они не приносили ни податей, ни службы и могли бы быть использованы куда лучше, если б их можно было поделить на части и раздать в поместья. Иван III достаточно ясно выразил свое отношение к церковным имуществам, забрав большую их часть в покоренном Новгороде себе. Теплый прием, оказанный при его дворе жидовствующим, возможно, объяснялся отчасти активными нападками ереси на монастырские богатства. Сын Ивана Василий III стал придирчиво надзирать за монастырскими доходами и, бывало, запускал в них руку. Он, по всей видимости, издал какой-то указ, запрещающий монастырям прикупать землю без царского разрешения, поскольку данное в начале царствования Ивана IV (1535 г.) распоряжение на этот счет ссылалось на некий предыдущий закон. Многие бояре также симпатизировали идее церкви-бессеребренницы, отчасти чтоб отвлечь внимание монархии от своих собственных владений, отчасти чтоб помочь ей обзавестись новой землей для раздачи служилым людям. Есть подозрение, что либо царь, либо близкие ко двору бояре убедили пр. Нила покинуть свою лесную обитель и выступить с резким осуждением монастырского землевладения. Это случилось в 1503 г., когда пр. Нил неожиданно появился на соборе и призвал церковь отказаться от своих богатств и жить подаянием. Призыв его привел собравшихся в панику; синод единогласно отверг его предложение и в своем решении вновь подтвердил неделимость и святость церковных имуществ. Однако так легко от этого вопроса избавиться не удалось. Речь пр. Нила была лишь первым выстрелом в протянувшейся до середины XVI в. войне между двумя церковными партиями, окрещенными позднее нестяжателями и любостяжателями.