Столь безоговорочно поставив свой авторитет на сторону самодержавия, церковь Достигла своих ближайших целей: она искоренила опасные ереси и сохранила (по крайней мере, на какое-то время) свои имущества. Однако победы эти дались ей ужасной ценой. Отказ провести проповедовавшиеся нестяжателями реформы имел отрицательные последствия двоякого рода: он все больше усиливал косность церковной жизни и приводил церковь во все возрастающую зависимость от государства. В первой половине XVI в. русская церковь по сути дела добровольно поставила себя под опеку светской власти. В этот судьбоносный момент церковной истории возглавители русской церкви избрали чрезвычайно близорукую политику. Результаты ее не заставили себя долго ждать, и церковное управление быстро попало в руки государственных органов. В XVI в. цари взяли в обычай назначать епископов и митрополитов, решать, кому участвовать в соборах, и вмешиваться в церковное судопроизводство: В 1521 г. Василий III сместил не угодившего ему митрополита — такое на Руси случилось впервые. Он также присваивал церковные деньги. К концу XVI в. от византийского идеала «симфонии» не осталось почти ни следа. Насколько раболепной сделалась церковь, видно из того, что она сама поддерживала правительственные меры, ограничивающие ее право на приобретение новой земли. Созванный в 1551 г. собор одобрил царские указы, запрещающие монастырям делать новые приобретения без царского дозволения (см. выше, стр. #302), а собор 1584 г. вновь их подтвердил. То были первые шаги к экспроприации церковных земель. В конечном итоге, русская церковь добровольно отказалась от автономии, однако эта уступка не спасла ее богатств.
Раскол, в 1660-х гг. разделивший русскую церковь надвое, представлял собою религиозный кризис, лишь стороною затронувшей вопрос об отношениях между церковью и государством. И все равно он оказал непреходящее влияние на политическое положение русской церкви. Приведшие к расколу реформы патриарха Никона оттолкнули от правящей церкви наиболее ревностные ее элементы и лишили ее большей части энтузиазма, который с тех пор устремлялся в движения религиозного иноверчества. Конечный результат был тот, что церковь попала в полную зависимость от государства. После раскола она нуждалась в мощной государственной поддержке для предотвращения массового бегства из своих рядов; сама по себе устоять на ногах она уже не могла. Даже консервативный историк эпохи Николая I M. П. Погодин признал, что не будь государственного запрета на выход из православия (в XIX в. переход в другую веру считался в России уголовным преступлением), половина крестьян перешла бы к раскольникам, а половина образованного общества обратилась бы в католичество. [Vladimir Soloviev L'idee russe (Paris 1888). стр 25].
Раскол произошел из-за реформ, которым подвергли русскую религиозную жизнь для приближения ее к греческой. Сравнивать русскую религиозную жизнь с ее греческим образцом начали в XVI в. и с особым рвением продолжили это занятие в первой половине XVII в. Эта сверка не оставила никакого сомнения в том, что в русской религиозной практике с годами обозначились серьезные отступления от этого образца; менее очевиден был вопрос о том, хороши или плохи эти несоответствия. Пуристы, возглавляемые Никоном, утверждали, что все отклонения от греческих прототипов представляют собою порчу, и посему от них должно избавиться. Под его руководством поправляли богослужебные книги и изменяли обряд. Консерваторы и националисты, к числу которых принадлежало большинство русского духовенства, доказывали, что русская церковь в своем тогдашнем виде была еще непорочнее и святее греческой, впавшей у них в немилость из-за своего согласия на соединение с Римом на Флорентийском соборе в 1439 г. После этого акта вероотступничества центр православия переместился в отвергшую унию Москву. Как сказал столетием ранее Волоцкий, Русь благочестием всех одолела, и всякая порча ее религиозной жизни навлекла бы на голову ее небесный гнев. Разделявший стороны вопрос был весьма серьезен для каждого в эпоху, когда все верили в бессмертие души и связывали спасение с неукоснительным выполнением религиозных обрядов. Посетивший Россию в 1699 г. австриец Корб (Korb) был несомненно прав, поместив во главе списка вещей, которых россияне «больше всего боятся», «изменение веры своих предков». [J. G. Korb, Diary of an Austrian Secretary of Legation at the Court of Czar Peter the Great (London 1863). II, p. 161].