Раскол явился бедствием для русской православной церкви, ибо увел за собою ее наиболее крепких в вере приверженцев и еще более, чем когда-либо, отдал ее на милость государства. «После Никона в России больше не было церкви, там была религия государства. Отсюда оставался один лишь шаг до государственной религии. Государственная религия была введена властью, которая в 1917 г заменила власть императоров». [Pierre Pascal, Avvakum et les debuts du raskol (Paris 1938), стр. 574].
Хотя русская церковь была в большой степени слита с государственным аппаратом и находилась в подчинении у монархии, до Петра Великого она все еще сохраняла кое-какие черты отдельного института и подобие автономии. Византийский принцип «симфонии», вновь утвержденный на соборе 1666 г., все еще теоретически оставался в силе. Церковь стояла отдельно от государства, имела патриарха, свои административные, судебные и налоговые органы и свои владения, обитателей которых она облагала податями и судила. Петр покончил с этим полуавтономным статусом, упразднив патриархию, превратив ее ведомства в филиалы органов светской администрации, отменив ее судебные иммунитеты и, быть может, самое важное, конфисковав ее доходы. После петровского царствования русская церковь оказалась всего-навсего одним из подразделений гражданской администрации. Coup de grace был нанесен жертве, которая и так дышала на ладан, и поэтому почти не дернулась: протестов не было — было одно лишь безмолвное повиновение. Ни одна церковь христианского мира не дала себя секуляризовать с таким равнодушием, с каким это сделала церковь русская. Петр сильно недолюбливал православную церковь, а в особенности ее великорусское ответвление; он больше предпочитал украинское и тем паче протестантское духовенство. Он был недоволен тем, что в силу привилегий, пожалованных духовным лицам в Средние века, десятки тысяч их избегают податей и государственной службы и в то же время прибирают к рукам добрую часть богатства страны в форме барщины и оброка. Он смотрел на них как на тунеядцев. Его враждебность по отношении к церкви усугублялась тем, что она оказала поддержку его сыну царевичу Алексею. Поэтому он в любом случае был настроен урезать ее привилегии. Но его еще подтолкнули к тому соображения налогового характера, игравшие столь решающую роль во всех его реформах. При вступлении Петра на престол церковь все еще была богата, несмотря на неоднократные запрещения приобретать новые земли. В служилом сословии крепко укоренился обычай не забывать церковь в своих завещаниях, да и сами цари продолжали делать щедрые подарки своим излюбленным монастырям уже после того, как запретили это помещикам. Из-за стремительной русской экспансии процент национального богатства во владении духовенства уменьшился, однако в абсолютных цифрах оно оставалось весьма значительным: подсчитано, что при воцарении Петра оно имело 750 тысяч крестьян из общего числа в 12–13 миллионов.
Уже в 1696 г. Петр принялся ущемлять право приходского и монастырского духовенства нестесненно распоряжаться доходами от церковных имуществ. Четыре года спустя, после смерти патриарха Адриана, он воспользовался образовавшейся вакансией, чтобы упразднить всю отдельную церковную администрацию. Вместо того, чтобы назначить преемника Адриану, он подобрал местоблюстителя, ученого, но бесхребетного украинского священника Стефана Яворского. Петр передал реальное управление церковными имуществами и прочими мирскими делами Монастырскому Приказу, поручив ему администрацию, судопроизводство и налогообложение в церковных вотчинах. Церковное имущество секуляризовано не было, однако было до такой степени вписано в общую административную структуру государства, что когда полвека спустя произошла настоящая секуляризация, она выглядела уже простой формальностью. Начиная с 1701 г. утвердился принцип, что монастырям положено отдавать в казну все свои доходы в обмен на установленное жалованье (хотя принцип этот, как и любая иная линия правительственной политики, проводился в жизнь не слишком регулярно).