Несмотря на подобный поворот во внешней политике России, который спровоцировала просьба, переданная в 1780 году бухарским правителем Абул Гази (пр. 1758–1785) через своего посланника в Санкт-Петербурге муллу Ир Назар-бека Максудова, от русских властей не поступило ответа на запросы о свободном проходе паломников через Россию. Они продолжали относиться сдержанно к каждому такому обращению. Министр иностранных дел России граф К. В. Нессельроде мог в 1842 году только потянуть время с ответом хану Коканда Шир Али (пр. 1842–1845) по аналогичному запросу. «Считаю необходимым заявить вам, что прохождение паломников может не ограничиваться подданными Коканда, но также относиться к жителям других азиатских владений. Следовательно, возникает необходимость более широкого предварительного взгляда на этот вопрос, и когда будут найдены средства удовлетворения этой петиции без ущерба существующим в России полицейским правилам, власти Коканда будут извещены… Однако из уважения к вашей личной просьбе в прошлом году было дано разрешение прохождения через территорию России Мухаммаду Шариф Ходжа Касиму Ходжа-оглы».
Другая религиозная проблема, часто поднимавшаяся в дипломатической переписке, – браки между жителями Средней Азии и российскими подданными – возникала из-за затягивавшегося пребывания в России азиатских купцов, которые обычно брали в жены татарских и башкирских женщин. Упрямство царских властей, которые запрещали азиатам забирать с собой мусульманских жен и детей в Хиву или Бухару, вызывало поток официальных петиций с просьбами разрешить этим семьям эмигрировать. Авторам петиций отказывали скорее не по религиозным соображениям, а из-за нежелания позволить людям ускользнуть из-под российского государственного контроля.
Такое положение сравнимо в некотором отношении с проблемой тех русских, которые прожили всю жизнь рабами в Бухаре и Хиве, нередко принимали ислам и женились на местных девушках. Вероотступничество – смертный грех по канонам ислама – также противоречило и канонам русского православия, обращение в которое для мусульманина было хуже, чем обращение в язычество. Для русских церковных иерархов, имевших сильное влияние в правительственных учреждениях, потеря любого русского, который стал мусульманином
После 1800 года, видимо, ни один повод, касавшийся Средней Азии, не возбуждал общественного негодования в России больше, чем воображаемая судьба христиан под «варварским» гнетом и чувство священного долга по их освобождению. Весьма вероятно, что национальная гордость, как и благочестие, являлись для официальных лиц мотивами особого внимания к судьбе русских пленников в Хиве. Религиозный фанатизм, которого Россия всегда справедливо или несправедливо опасалась в Бухаре, древнем мусульманском религиозном центре, вспыхнул сразу после вторжения царских войск, но еще раньше он разразился в наиболее опасной форме в Кокандском ханстве, расположенном южнее Хивы и Бухары.
Жестокий хан Коканда Алим (пр. 1800–1809) после подчинения большинства соседних территорий, присоединения их к своему владению и замирения с другими азиатскими соседями определил, кто был его реальным врагом. В конце своего правления, осознав, что царская Россия является главной угрозой власти Коканда, как и независимому существованию исламской Азии, Алим-хан заявил: «У нас нет более опасных врагов на этих землях, кроме неверных русских. Теперь нам надлежит проводить кампании во имя ислама, газават, так же как джихад против этого нечестивого стада, и опоясаться боевым поясом в борьбе против них».
Следуя такому предписанию, его наследники укрепили северную границу Коканда, прежде чем русская и кокандская армии не пришли во взаимодействие. Религиозная война, провозглашенная Алим-ханом, отсрочилась почти на два десятилетия, до тех пор, пока противники не определили общие границы и пока не возросла их взаимная неприязнь.
Шагом в этом направлении стал отказ российского МИДа послу Коканда ходже Миркурбану посетить Петропавловск в 1831 году. Отказ допустить посла на территорию России вызвал негодование и призыв кушбеги Ташкента к казахам Среднего джуза и к Коканду вести войну за веру против неверных русских. К священной войне подстрекала также мусульманская Турция в связи с ее конфликтом с Россией в 1828 году и в связи с напряженностью в начале 1860 года, особенно после захвата Россией Токмака.