Министр князь A. M. Горчаков безоговорочно поддержал этот тезис. Он потребовал прекратить военные операции и заняться обустройством завоеванных территорий, утверждая непререкаемую власть России вместо того, чтобы ввергать ее в авантюры, чреватые созданием внешнеполитических проблем с Англией, равно как вовлекать Россию в ряд военных походов с риском вызвать восстание населения на уже завоеванной территории. Важно, полагал он, ослабить Коканд изнутри, постоянно провоцируя отделение Ташкента. Россия возьмет затем город под свое покровительство. 25 января 1865 года специальная комиссия после дебатов приняла решение передать ведение политических и торговых дел со Средней Азией в Оренбург. Решено было также объединить завоеванную территорию по Кокандской и Сырдарьинской линиям – от западного края Иссык-Куля к Аральскому морю – в один регион, который войдет в Оренбургскую губернию. Первым военным губернатором нового региона, облеченным особыми полномочиями в связи с отдаленностью территории и особенно со сложностью обстановки, должен был стать генерал Черняев.
Следствием этих решений стало, с одной стороны, предоставление Черняеву расширенных полномочий, достаточных для того, чтобы получить одобрение его предложения продолжить наступление. С другой стороны, решение вопроса было передано под контроль людей, находившихся далеко от Санкт-Петербурга, в первую очередь под юрисдикцию генерал-губернатора Оренбурга. Черняев мог заявить открыто, что вопрос состоит не в том, чтобы раздвинуть границы Российской империи мирным путем, как предлагает правительство, поскольку, по его словам, у Западного Туркестана нет естественных границ. По его мнению, весь регион следует подчинить военным путем. И его покорение нужно начать с Ташкента, владение которым важно для России.
События благоприятствовали Черняеву. В то время как российское правительство обсуждало свои намерения, эмир Бухары воспользовался перемирием, чтобы двинуть свои войска в Фергану. В начале 1865 года он сосредоточил их в Самарканде, откуда совершил марш на Ура-Тюбе и оттуда в Фергану. Обратив себе на пользу столкновение армий Бухары и Коканда, Черняев 28 апреля 1865 года предпринял штурм Ниязбека, крепости в Чирчике, которая контролировала водоснабжение Ташкента. Затем, несмотря на неравенство в соотношении сил (у Черняева было 1300 солдат и 12 пушек, у Алимкула – около 6 тыс. солдат и 40 пушек), он двинулся на Ташкент, где 9 мая встретил войска Алимкула. Состоялось кровопролитное сражение. Особенно большие потери понесла армия Коканда, которая потеряла 300 человек, включая своего предводителя, в то время как русские войска понесли лишь незначительные потери.
Затем Черняев обратился к правительству за инструкциями относительно того, как поступить с Кокандом, лишившимся предводителя, а также с алчными устремлениями эмира Бухары, которые еще больше разожгла гибель Алимкула. Ответ правительства свидетельствовал о неопределенности его позиции. Горчаков подтвердил необходимость решительного отпора претензиям эмира Музаффар эд-Дина на Коканд, но в то же время он призвал Черняева к сдержанности, напоминая, что Россия стремится прежде всего к миру в Азии с тем, чтобы развивать торговлю с регионом, а состояние войны и беспорядки могут только помешать этому.
Правительство Российской империи направило в Бухару своих представителей, чтобы решить вопрос о предоставлении равных прав торговцам России и Бухары. Горчаков тем временем послал генерал-губернатору Оренбурга генералу Н. А. Крыжановскому весьма разумную декларацию о намерениях для гражданских и военных властей в Кокандском ханстве, разъясняющую цели политики России. Горчаков указал также на необходимость соблюдения осторожности, поскольку «текст могли ошибочно интерпретировать как призыв к неподчинению законным властям, поэтому документ следует использовать с максимальным благоразумием и только тогда, когда успех предприятия не ставится под сомнение».
Между тем в Ташкенте голод и засуха вызвали конфликт между народом и властями. 10 июня султан Коканда Сеид-хан бежал из города просить помощи у Бухары. Поэтому Черняев решил покончить с проблемой раз и навсегда. Послав войска под командованием А. К. Абрамова блокировать дорогу на Бухару, он окружил Ташкент и поздно ночью 14 июня начал штурм города. 17 июня 1865 года Ташкент капитулировал. Войдя в город, Черняев издал прокламацию. Чтобы успокоить население, он обещал уважать исламскую веру и местные обычаи, а также не зачислять мусульман на службу в русскую армию. Эти обещания и обязательство не взимать в течение года налоги успокоили людей.