Период 1915–1916 годов был отмечен, таким образом, растущим недовольством коренных жителей, осознанием того, что ухудшение их положения связано на самом деле с российским присутствием. В эти годы Средняя Азия превратилась в обширный лагерь для военнопленных – факт, который создал еще больше проблем для региона. Далее, в начале 1916 года в Хивинском ханстве туркменские племена во главе с Мухаммадом Курбаном Джунаид-ханом (1860–1938), безуспешно совершившие налет три года назад на хивинскую столицу, воспользовались отвлечением внимания России на другие территории и вновь вторглись. Русские войска под командованием правителя Сырдарьинской области генерала А. С. Галкина прибыли на помощь хану, отбросили туркменов в пустыню и подвергли их суровым карательным мерам. Но так они лишь усугубили повсеместное недовольство.
Бочку с порохом поджег административный декрет от 25 июня 1916 года, по которому невоеннообязанные жители подлежали мобилизации в рабочие команды. Анализируя последующие события, генерал Куропаткин пришел к выводу, что крайне двусмысленные формулировки текста декрета во многом спровоцировали агрессивный ответ на него. Люди не могли понять, что означало деление их на «категории». Мужчины от 19 до 45 лет не чувствовали себя в безопасности. Бесцеремонная фальсификация и манипулирование списками новобранцев усиливали оппозицию власти.
Первые беспорядки вспыхнули 4 июля 1916 года в узбекской провинции, в Ходженте. Распространившись 13 июля на Джизак, они превратились в настоящее восстание. Были убиты некоторые местные чиновники и русские, других арестовали, средства связи уничтожались. 21 июля военная экспедиция разгромила мятежников. В большинстве городов Туркестанского края также происходили волнения, но они не достигали той степени насилия, которая имела место в Джизаке. И все же погибли люди в Маргилане и Намангане. Чрезвычайно жестокие инциденты происходили в Андижане. Против декрета поднялась Фергана. Мятеж, несмотря на попытки сдержать его, перекинулся за пределы узбекской территории и захватил киргизские и казахские степи.
Киргизы Семиречья пострадали больше всех от экспроприации земли, обогатившей русских и украинских поселенцев. Даже до декрета от 25 июня обстановка в регионе была крайне напряженной, когда же декрет был обнародован, поползли слухи, что поселенцы захватывают последние земли, оставшиеся у киргизских семей. Многочисленная группа дунганов, прибывших в Семиречье в XIX веке, бежала назад в Китай. 6 августа восстали киргизы города Пишпека (Фрунзе), а из него мятеж губительно распространился на весь регион. Напуганные русские поселенцы воспользовались поддержкой армии, чтобы лишить азиатов всех их владений. Там, где армейских подразделений не было или было недостаточно, поселенцы создавали вооруженные отряды, которые терроризировали местное население. Азиаты нанесли ответный удар, и до конца августа регион оставался ареной кровопролитной борьбы. Поселенцы укрылись в Пржевальске, где местный русский военачальник организовал оборону и отбил атаки азиатов. После подавления мятежа воинским подкреплением насчитали погибших 2 тыс. поселенцев, еще большее количество – местных жителей. Были преданы огню целые киргизские деревни, почти треть киргизского населения убежала в Китай. В казахских степях беспорядки, имевшие более локальный характер, приобрели трагические масштабы в Тургайской области. Объединившись вокруг Амангельды Иманова (1873–1919), который позже стал одним из лидеров казахского коммунизма, казахи вступили в настоящие бои с русскими отрядами и затем осадили Тургай. Войска генерала Лазарева выбили их, но Амангельды Иманов не складывал оружия до тех пор, пока Временное правительство не провозгласило всеобщую амнистию.
Беспорядки затронули и Закаспийскую область, правда запоздало. Туркмены отнеслись к мобилизации довольно миролюбиво, особенно потому, что их оставили нести сторожевую службу на месте, в то время как текинцев отправляли на действительную службу. Лишь йомудские туркмены отказались выполнять новые обязанности, и после нескольких столкновений с русскими войсками во время призыва некоторые из них укрылись в Персии и Афганистане. Другие систематически нападали на русские колонии, спасаясь в крепости Ак-Кала. Эти туркмены продолжали борьбу даже после умиротворения всего Туркестанского края. До конца 1916 года существовала серьезная угроза линиям коммуникации и деловым учреждениям. Приведение туркменов к покорности потребовало участия хорошо вооруженных войск под командованием генерала Мадридова. Репрессии сопровождались полным захватом собственности кочевников. В конце 1916 года мятеж, видимо, прекратился, продолжали сопротивление лишь казахи Иманов и Алиби Джангильдин.