В России рассчитывали, что с роспуском Организации Варшавского Договора НАТО рано или поздно также будет распущено, тем более что руководство США давало гарантии того, что блок не будет расширяться на восток. Однако в 1999 году в НАТО были приняты Чехия, Польша и Венгрия, а в 2004 году – Эстония, Латвия, Литва, Румыния, Словакия, Словения и Болгария. Этот факт, а также операции США и их союзников против Югославии, Афганистана и Ирака вызвали в России замешательство по поводу выстраивания отношений с США. С одной стороны, после террористического акта 11 сентября 2001 года в США Россия присоединилась к антитеррористической коалиции, возглавляемой США, рассчитывая на то, что под понятие «терроризм» удастся подвести и действия чеченских сепаратистов, а значит, получить хотя бы молчаливую поддержку Запада; с другой – уже 13 июня 2002 года США денонсировали Договор по ПРО 1972 года, мотивируя это необходимостью защиты от «стран-изгоев».
В 2003 году Россия совместно с Францией и Германией фактически возглавили «лагерь несогласных» с действиями США в отношении Ирака. В конце 2004 года в российско-американских отношениях наступило небывалое похолодание, связанное с событиями на Украине («оранжевая революция»), а своего пика противоречия между США и РФ достигли после государственного переворота на Украине и воссоединения Крыма с Россией в 2014 году.
К основным проблемным вопросам между Россией и США относятся помощь России Ирану в осуществлении ядерной программы, энергобезопасность, ситуация в Грузии, Украине и Палестине, а также развертываемая Соединенными Штатами в Европе система противоракетной обороны. Под предлогом развития демократии США финансируют некоторые российские неправительственные организации и политические партии.
Вице-президент США Ричард Чейни, находясь в Вильнюсе, 4 мая 2006 года произнес речь, которую многие теперь называют «вильнюсской» по примеру «фултонской» речи Черчилля. По его словам, США не устраивает «использование Россией своих минеральных ресурсов в качестве внешнеполитического оружия давления, нарушение в России прав человека и деструктивные действия России на международной арене». Требование отказа России от прекращения сотрудничества с Ираном, Сирией, КНДР, Белоруссией и другими государствами, «вызывающими тревогу» у США, приводит к постоянным российско- американским конфликтам в Совете Безопасности ООН.
В начале 2007 года между США и Россией с новой силой разгорелся конфликт по поводу намерения США разместить в Польше и Чехии элементы своей системы ПРО. По словам руководства США, этот шаг направлен на защиту Европы от северокорейских и иранских ракет. Российское руководство категорически отвергает такое объяснение.
Министр обороны США Роберт Еейтс 8 февраля 2007 года заявил, что «Соединенным Штатам Америки следовало быть готовыми к возможному вооруженному конфликту с Россией». В свою очередь, на Мюнхенской конференции по безопасности 10 февраля 2007 года Владимир Путин с жесткой критикой обрушился на внешнюю политику США.
Президент России Владимир Путин 14 июля 2007 года подписал Указ «О приостановлении Российской Федерацией действия Договора об обычных вооружениях в Европе и связанных с ним международных договоров». Наблюдатели полагают, что это решение стало первым шагом российского руководства в сторону коренного изменения военно-политической обстановки на Евразийском континенте, складывающейся с начала 1990-х годов не в пользу России.
В сопровождающей документ справке указывается, что данное решение было вызвано «исключительными обстоятельствами, влияющими на безопасность Российской Федерации». К таковым, в частности, отнесены:
превышение восточноевропейскими государствами – участниками ДОВСЕ, присоединившимися к НАТО, «групповых» ограничений ДОВСЕ в результате расширения альянса;
невыполнение странами НАТО, принятого в 1999 году политического обязательства об ускоренной ратификации Соглашения об адаптации ДОВСЕ;
отказ Латвии, Литвы и Эстонии, вступивших в НАТО, от участия в ДОВСЕ и в результате появление на северо-западной границе РФ территории, «свободной» от ограничений на размещение обычных вооружений, в том числе и вооружений других стран;планируемое размещение военных баз США на территориях Болгарии и Румынии.
В августе 2008 года новый виток противостоянию России и США дало вторжение грузинских войск в Южную Осетию. Российские войска очистили территорию почти полностью захваченной непризнанной республики от грузинской армии и в течение нескольких дней продолжали бомбардировки военных объектов на всей территории Грузии, после чего Россия официально признала Южную Осетию и Абхазию независимыми государствами. Под вопросом оказалось дальнейшее существование Совета Россия – НАТО.