Самодержцу гетман не нужен. Выиграв информационную войну со шведами и победив противника на поле битвы, царь Петр довольно скоро сменил свое отношение к украинской правящей верхушке. Измена Мазепы надолго поселила в умах и сердцах русских предвзятое отношение к малороссам. Та же часть украинской старшины, которая пошла за Петром I, считала себя вправе претендовать на обещанные льготы. После избрания гетманом Ивана Скоропадского царь приставил к нему великоросса Андрея Измайлова, которому было велено управлять всеми делами наравне с гетманом и следить за тем, чтобы гетман не сносился самостоятельно с иными державами. В июле 1709 года гетман Скоропадский обратился по этому поводу к царю, но получил отказ практически по всем пунктам. Недавние события обе стороны расценивали по-разному. Царь считал, что малорусский народ должен быть обязан Великороссии за освобождение от шведского нашествия, Скоропадский же считал, что именно участие широких украинских масс в войне против шведов помогло русским одержать победу.
Что же просил Скоропадский у царя? Чтобы во время военных походов малороссийские войска не подчинялись великорусским воеводам и генералам, чтобы казаки на несколько лет были освобождены от служб. Гетман просил вернуть орудия, отнятые у изменников, в войсковое достояние, просил разрешения торговать с запорожцами (что строго запрещалось царским правительством). Но вместо желаемых послаблений и льгот царь ужесточил свои требования к управлению делами в Малороссии. В 1715 году Петр указал гетману, чтобы полковая старшина назначалась им исключительно при участии великорусского чиновника, находящегося при гетмане. Освободив казаков только на одно лето от государевой службы, царь приказал направить несколько тысяч казаков на строительство канала, соединяющего Волгу с Доном.
В 1717 году Скоропадский вновь обратился к царю с новыми просьбами о льготах и облегчениях, царь ответил (но только через два года) в том смысле, что малороссийский народ несравненно меньше несет тяготы военного времени, чем великорусский. А в 1720 году последовали новые ущемления украинского самоуправления: были ограничены права Генерального судьи и писаря. В том же году произошло новое событие, свидетельствующее о намерениях царя окончательно считать Малороссию как неотъемлемую часть России. Царь приказал послать 12 тысяч казаков на строительство Ладожского канала. Скоропадский выполнил и это указание, за время этого строительства (1721 – 1724 г.г.) на канальных работах в условиях чужого и гибельного для украинцев климата погибли тысячи казаков. Руководили отправкой казаков черниговский полковник Павло Полуботок, лубенский полковник Андрей Маркович и Генеральный хорунжий Иван Сулима.
В 1721 году, наконец, закончилась Северная война, и в городке Ниештадте был подписан мир, по которому Россия получала выход к Балтийскому побережью от Выборга до Риги. Россия становилась великой Европейской державой, а Петр приобрел полное право называться императором. Гетман Скоропадский с ближайшим окружением прибыл в Москву для поздравления царя с новым титулом, он был принят с почетом и лаской, был посажен рядом с императором на торжественном приеме. Ожидая по такому знаменательному событию милостей, Скоропадский подал прошение о выводе за пределы Украины великорусского войска. Но Петр отказал, а на прошение об утверждении прав и вольностей Украины последовал императорский манифест об основании Малороссийской коллегии, состоящей из шести великорусских штаб-офицеров во главе с президентом бригадиром Степаном Вельяминовым. По статусу коллегия была выше гетмана, последний обладал лишь правом совета. Коллегия вводилась под благовидным предлогом защиты простого народа от своеволия гетманской старшины. Конечно, это имело место, поскольку вся старшина владела множеством земель и крепостных, но русские помещики ничем не отличались в этом смысле от украинских. Поэтому введение Малороссийской коллегии преследовало, прежде всего, только одну, главную цель – навечно включить Украину в сферу российских интересов. Причем коллегия должна располагаться не в Петербурге или Москве, а в казацкой столице – Глухове. Этот манифест стал для гетмана Скоропадского настоящим ударом, от которого он не смог оправиться.