Окончательное закрепощение крестьян и лишение их даже малейших прав перед дворянским сословием породило в середине XVIII века серию народных восстаний. Самым крупным из них было восстание под руководством Емельяна Пугачева, начавшееся в сентябре 1773 года и закончившееся в январе 1775 года казнью предводителя. Основной силой восставших было яицкие казаки, к которым в ходе боевых действий присоединялось нерусское население (калмыки и башкиры), а также крестьянство. Крестьянская война разразилась во время русско-турецкой кампании, вследствие чего правительство было крайне раздражено. поскольку приходилось отвлекать значительные силы на погашение внутреннего пожара. В начале восстания Пугачев одерживал победу за победой, были взяты Казань, Саранск, Пенза, страна была на грани военно-политической катастрофы. Но на последнем эапе крестьянской войны снятые с турецкого фронта правительственные войска под командованием полковника Михельсона разбили восставших. Самого Пугачева схватили его же соратниками, пытавшиеся предательством сохранить себе жизнь. Ценой невероятных усилий самодержавие «казанской помещицы» было сохранено, но «пугачевский урок» не прошел даром. И, хотя запорожские казаки не участвовали в пугачевском восстании, страх перед повторением трагических для империи событий был настолько велик, что императрица приняла решение о разрушении Запорожской Сечи, как потенциального источника возмущения. Естественно, припомнились и жалобы на запорожцев со стороны сербов и поляков.
Этому решению предшествовала посылка официального историка Герарда Мюллера изучить историю Запорожья и доказать, что запорожцы никогда не имели прав на владение своими землями. Именно его изыскания стали научным обоснованием разрушения Сечи. Фаворит императрицы новороссийский генерал-губернатор граф Потемкин поручил это деяние генералу Петру Текелию (сербу по национальности) и князю Прозоровскому. Генерал Текелий должен был окружить Сечь, а князь Прозоровский с большим войском – занять паланки казаков. В это время в большая часть казаков находилась на хозяйственных работах вне Сечи, в самойСечи было не более 10 тысяч сечевиков. В жарком июле, на Троицу к Сечи подошло более 8 полков конницы, 17 эскадронов пикинеров, 10 пехотных полков, 20 эскадронов гусар и 13 полков донских казаков, –всего более 40 тысяч. Князь Прозоровский занял паланки, а генерал Текелий пригласил на встречу последнего кошевого атамана Петра Калнишевского. Атаман созвал последнюю раду, на которой голоса разделились, но Калнишевский и сечевой архимандрит склонил казаков покориться силе. Казацкая старшина отправилась с хлебом-солью к Текелию, надеясь заслужить себе милость от правительства. После этого были вывезены боеприпасы, войсковой скарб, клейноды и знаки отличия. Сдавшаяся старшина была принята генералом, но после арестована и отправлена в Петербург. Позднее Петр Калнишевский был сослан в Соловецкий монастырь, где провел более 25 лет и умер в 1803 году, будучи уже свободным после помилования Александром I. Других отправили в различные монастыри и крепости, в которых они провели остаток жизни. В самой Сечи все паланки и курени, в которых проживали запорожцы были разрушены, войсковые деньги, зимовники, все хозяйство было передано в казну. Запорожские земли были разделены: часть из них забрал сам Потемкин, более 100 тысяч десятин было подарено князю Прозоровскому, множество земли было роздано другим российским вельможам. Остальные земли были взяты в казну, а после розданы немецким колонистам, приехавшим по приглашению императрицы Екатерины.