В феврале 1920 года в Уфимской и смежных губерниях вспыхнуло «вилочное восстание» (от слова «вилы» — основного оружия повстанцев). Начавшееся в деревне Новая Елань, оно, как и другие, было вызвано жестокостью продотрядов. Коммунисты заперли отказавшихся выдавать хлеб крестьян с женщинами и детьми, без теплой одежды, в ледяной амбар и отправились на выпивку. Во время пьянки родственники посаженных в амбар их закололи вилами. Восстание захватило г. Белебей и прилегающую территорию с 400 тысячами жителей. Дзержинский лично подбирал карательные отряды, пустившие против восставших артиллерию.
На Алтае с мая по октябрь 1920 года возобновили действия анархисты под руководством Г. Ф. Рогова и И. П. Новоселова. С лозунгом «Долой любую власть!» они легко убивали и священников, и коммунистов.
Независимо от них в Степном Алтае действовали крестьянские отряды партизан Ф. Д. Плотникова, который ранее тоже выступал против Колчака. Они выдерживали бои с крупными соединениями красных, уничтожали карательные отряды. Отступив в район Славгорода, они образовали Повстанческую народную армию численностью до 18 тысяч человек. Остатки повстанцев Плотникова отступили осенью 1921 года в Китай, а сам он вернулся на Алтай организовывать новые восстания.
В июне в Омске В. И. Игнатьев создал Сибирский крестьянский Союз: хотел согласовать действия разных крестьянских армий для свержения власти коммунистов. Губернские комитеты Союза возникли в Новониколаевске, Барнауле, Красноярске, Тюмени, Тобольске.
К западу, в Семипалатинской губернии, тоже действовали отряды крестьянской самообороны. Восставшие взяли Павлодар. Летом 1920 года к ним примкнул казачий отряд подъесаула Д. Я. Шишкина, ушедший затем мимо Павлодара в Китай.
15 июля в Бухтарминском крае вспыхнуло восстание, известное как «Сибирское беловодье». В нем участвовали русские крестьяне, казаки, киргизы и восстававшие ранее против Анненкова «степные орлы». После начальных успехов и последовавших затем ожесточенных боев коммунисты подавили восстание к концу августа. Отдельные отряды, укрываясь на китайской территории, действовали до конца 1922 года.
В Томской губернии летом 1920 года вспыхнуло Колывановское восстание (по названию города Колывань). Оно охватило много деревень до самого Новониколаевска (Новосибирска), длилось с 6 по 11 июля 1920 года и открыто отождествляло себя с белым движением. Восставшие, около 6,5 тысячи человек, убили 300 коммунистов, захватили два парохода. Красные бросили против них целую дивизию. Крестьяне были слабо вооружены и оказались быстро разбиты. За каждого своего убитого большевики обещали убивать 10 крестьян.
«Лубковщиной» назвали восстание в Мариинском уезде — по имени крестьянина-партизана П. К. Лубкова. Лубков вел партизанскую войну против белых еще с 1918 года. 20 сентября Лубков захватил красный бронепоезд и несколько военных эшелонов, разобрал пути. Потерпев поражение в конце сентября, раненый Лубков ушел в тайгу, откуда продолжал сопротивление до зимы 1921 года.
В Енисейской губернии в сентябре — октябре 1920 года вспыхнули восстания, названные по селам, где они начались: Зеледеевское, Сережское и Голопуповское. В них участвовали крестьяне и енисейские («белоярские») казаки. Отряды численностью в 500–600 человек зачастую возглавляли белые офицеры, сообщавшие им дисциплину и военный профессионализм, которых часто не хватало повстанцам. Особенно отличился отряд полковника А. Р. Олиферова, совершавший рейды в Ачинский и Красноярский уезды и разбивший несколько превосходно вооруженных карательных отрядов.
Другое подразделение, которым руководили четверо белых офицеров, успешно выдержало 40-минутный штыковой бой, разбив красный полк и отряд особого назначения. На зиму повстанцы отступили через тайгу в Нарымский край и до конца лета 1921 года возобновили свои действия вместе с великим Западно-Сибирским восстанием.
Белые офицеры превратились в белых партизан после отступления армии Каппеля мимо Красноярска в январе 1920 года. Во время бунта генерала Б. М. Зиневича некоторым не удалось уйти на восток, но удалось избежать советского плена, скрыться среди населения и потом примкнуть к партизанам.
В Иркутской губернии в октябре 1920 года вспыхнули восстания Балаганское, Верхоленское и Голуметское. Руководили ими люди разного происхождения, от крестьянина-бедняка Донскова до штабс-капитана Черепанова, и участвовало в них около 2 тысяч русских поселенцев, казаков и бурятов. Восставшие были подавлены к концу года; часть из них ушла в тайгу.
В начале февраля 1921 года вспыхнуло самое крупное крестьянское восстание — Западно-Сибирское. Оно началось в Ишимском уезде Тюменской губернии в ответ на реквизиции семенного зерна. Для выполнения разверстки по шерсти большевики заставляли стричь овец зимой; те дохли от холода. Крестьянам это казалось безумием.