В то самое время, когда спецслужба следила за окружением императора, в недрах российского общества стремительно нарождалась новая сила, замешанная на идеях марксизма и народничества, объединившая в своих рядах интеллектуалов А. Герцена, Н. Чернышевского, М. Бакунина и разночинцев. К лету 1862 года из этого симбиоза возникла одна из самых зловещих подпольных террористических организаций — «Русский центральный народный комитет», более известный как «Земля и воля». Его возглавили Н. Утин, Г. Благосветлов, Н. Курочкин. Свою главную миссию они видели не в возведении на трон «доброго царя», а в уничтожении самого института самодержавия. К концу года сеть подпольных кружков организации возникла в Москве, Петербурге, Нижнем Новгороде, Перми, Твери и других городах. Идеи, провозглашенные лидерами «Земли и воли» нашли широкую поддержку в либеральной, университетской среде.
Прокламация «Молодой России», написанная в 1862 году сыном помещика, студентом Московского университета П. Зайчневским, ходила по рукам не только молодежи, а и профессуры. В прокламации он, ни много ни мало, а призывал к ниспровержению существующих устоев власти и теоретически обосновывал терроризм как средство достижения конечной цели — низложения самодержавия.
Эта идея получила распространение даже в среде, являвшейся опорой трона — среди офицеров. В конце 1862 года к «Земле и воле» присоединилась нелегальная военная организация «Комитет русских офицеров в Польше». В ее руководство входил выпускник академии Генштаба Я. Домбровский и ряд других офицеров.
В начале 1863 года в Царстве Польском вспыхнуло восстание, в нем приняло участие около 25 тысяч человек. К маю решительными действиями виленского генерал-губернатора Н. Муравьёва, подержанного белорусскими и украинскими крестьянами, помнящими издевательство над собой польских панов, оно было подавлено.
События 1862–1863 гг. в Польше наглядно показали низкую эффективность работы Третьего отделения по выявлению и пресечению государственных преступлений. К сожалению, верховная власть и руководство спецслужбы должных выводов из этого не сделали. Быстрое подавление восстания и волна ура-патриотизма, поднявшаяся в России, нивелировали проблемы в системе безопасности. Расплата последовала незамедлительно.
Ваше слово, маузер
4 апреля 1866 года в Летнем саду во время прогулки Александра II — «Освободителя», давшего свободу крепостным крестьянам, боевик Д. Каракозов совершил на него покушение. В тот раз Провидение сохранило жизнь императору, но оказалось бессильно перед таким явлением как терроризм. Для противников самодержавия он стал основным средством достижения политической цели — свержения существующей власти в России, а само явление стало модным в среде либеральной интеллигенции. Подавляющее число террористических актов совершалось выходцами из этой среды.
Угроза личной жизни вынудила Александра II обратить внимание на состояние спецслужб и принять срочные меры по их укреплению. Первым делом он отправил в отставку Долгорукова с поста главы Третьего отделения и вместо него назначили графа П. Шувалова, до этого исполнявшего обязанности начальника штаба Корпуса жандармов и имевшего представление о сыскной работе. Одновременно с кадровыми перестановками была усилена личная охрана императора и его семьи. Эти и другие меры не могли остановить волну террора, захлестнувшего Россию. Террористы плодились, как грибы после дождя и развернули настоящую охоту на Александра II.
25 мая 1867 года во время пребывания императора в Париже произошло очередное неудавшееся покушение. Его совершил участник восстания в Польше А. Березовский. Судьба в очередной раз была милостива к Александру II. По возвращение в Россию он занялся масштабной организационно-кадровой перестройкой спецслужб. Помимо Главного управления Корпуса жандармов, были образованы управления Варшавского, Кавказского и Сибирского округов, а также 55 губернских управлений. Для их усиления им придали Петербургский, Московский конные дивизионы и еще 15 отдельных конных команд. Сбор и анализ информации о политических настроениях и террористических организациях возлагался на Наблюдательный совет. 9 сентября 1867 года вступило в действие новое «Положение о Корпусе жандармов», существенно расширявшее его полномочия.