Петербург был недоволен, что Черняев предпринял такой важный шаг, даже не объяснив причин, но в то же время исполнился решимости не уступать Музаффар ад-Дину ни дюйма. 23 июля Горчаков пожаловался на действия Черняева военному министру Милютину, хотя подтвердил: «Мы не можем сейчас отступить. Склониться перед эмиром было бы немыслимо». Министерство иностранных дел чувствовало, что ситуация стремительно ускользает из рук гражданских властей, переходя в руки военных, но его беспокоило только, чтобы армия была уверена в своих силах, когда дело дойдет до столкновения с Бухарой. Несмотря на то что приказы Черняева и Крыжановского получили подтверждение, в ожидании поступления дальнейших указаний их действие ограничили Оренбургским генерал-губернаторством. Уведомляя об этом Крыжановского, Милютин добавил, что «необходимо любой ценой обеспечить наше влияние и сохранить наше достоинство». 29 июля военный министр разъяснил политику правительства в отношении Бухары на длительную перспективу: «Честь империи и интересы России не позволяют нам даже рассматривать возможность отступления или уступок высокомерным требованиям эмира Бухары. Наше будущее во всей Центральной Азии зависит от той позиции, которую мы займем в отношении Бухары, и Его Величество Император надеется, что ваше превосходительство не преминет приложить все усилия для поддержания чести России и нашего влияния в Центральной Азии». Там же Милютин передал Крыжановскому предостережение Горчакова использовать силу только в крайнем случае и избегать любых военных поражений, которые могут ударить по престижу России.