На время Ивана Грозного приходится резкое обострение отношений церкви и государства. Следует иметь в виду, что положение церкви осложнялось борьбой различных идеологических течений среди церковников. Господствующим было воинствующее направление — иосифляне, получившие название от главы этого течения — Иосифа Волоцкого (1439–1515). Они решительно выступали в защиту земельных богатств церкви и тезиса о том, что духовная власть выше светской, отстаивали внешнее благочиние и букву церковных писаний. Они создали теорию о божественном происхождении великокняжеской власти. Их противники — так называемые нестяжатели — для укрепления позиций церкви склонны были допускать некоторые реформы, в частности ликвидировать владение монастырей населенными землями. Вопреки иосифлянам они не придавали существенного значения формальному благочинию, подчеркивая роль мистических элементов веры. Отрицали они и многие сочинения отцов церкви. Они утверждали, что «писаний» много, но не все они «истинны». Наконец, только на время было притушено, но не заглохло окончательно пламя «еретических» движений, охватившее полувеком раньше всю страну.
Идейный разброд в церкви давал возможность великокняжеской власти лавировать между различными группами церковников, используя в своекорыстных интересах то одну из них, то другую, неуклонно проводя политику централизации страны.
Наряду с положением уделов и церкви насущным вопросом политической жизни страны была организация управления. В условиях централизации территориальный принцип, по которому прежде строился правительственный аппарат, был недостаточно пригоден.
Зародышем новых органов управления страной, отвечавшего интересам широких кругов дворянства, была государева казна с ее штатом дьяков, распределение дел между которыми происходило по функциональному признаку. Казна была центральным финансовым ведомством, государственным архивом, занималась организацией дипломатической службы, вооруженных сил и обеспечением землей дворян-помещиков. Во главе казны стоял казначей, назначаемый из лиц, близких великим князьям, хорошо знавших финансовые вопросы и вопросы внешнеполитических сношений. Помощником казначея был печатник, ведавший государевой печатью, которой скреплялись важнейшие документы. Текущую работу вели дьяки, под руководством которых начали формироваться будущие приказы.
Значение этого процесса нельзя преувеличивать. Складывание приказной системы относится к более позднему времени. В первой половине XVI в. дьяки еще входили в состав казны и двора. Отдельные отрасли казенного управления еще не обособились и не сформировался определенный штат для исполнения каждой из них. Задача формирования центрального аппарата власти до середины XVI в. в полной мере осуществлена не была.
Великокняжескую власть в городе как центре основной территориально-административной единицы страны уезда, а также в волости — полусамостоятельной единице внутри уезда — представляли наместники и волостели, осуществлявшие основные функции местного управления. Им, как правило, было подведомственно население в области суда, включая дела о разбое и убийстве. Наместники часто ведали сбором таможенных, проездных (мыто) и некоторых других пошлин. Наместник с его штатом тиунов и доводчиков (слуг и судебных исполнителей) обеспечивался за счет «корма», собиравшегося с местного населения (по приезде в город или волость — «въезжий» корм, а также корм на три праздника — рождество, пасху и Петров день) и за счет судебных пошлин, сбора с торговых мест и других пошлин. Размер наместничьего корма фиксировался в доходных списках.
Если в период образования единого Русского государства появление наместничьей администрации представляло собою крупный шаг по пути подчинения бывших удельно-княжеских территорий центральной власти, то к середине XVI в. институт наместников уже изжил себя и не соответствовал новым задачам укрепления власти на местах.
Система бесконтрольного хозяйничанья на местах ложилась тяжелым бременем на крестьянство и посадский люд. Она не давала возможности сосредоточить финансы в центральном ведомстве — казне и мешала укреплению государственного аппарата.
В первой половине XVI в. принимались меры к ограничению власти наместников. Постепенно утверждается правило их погодной смены. Из юрисдикции наместников изымалось население монастырских и светских вотчин — «оприч душегубства (убийства) и розбоя с поличным». Для решения совместных тяжб подданных великого и удельных князей великий князь часто назначал собственных представителей, тем самым сужая компетенцию суда наместника. Судом по делам, касающимся непосредственно светских и духовных феодалов, ведал теперь сам великий князь или «боярин введенный» (часто дворецкий). Суд наместника в черносошных волостях и на посадах ограничивался обязательным участием в судопроизводстве старост и «лучших людей» из числа местных жителей.