В начале 1566 г. у князя Владимира Андреевича, главного, по мнению царя, виновника крамолы, были переменены все земли его удела: вместо Старицы, Алексина он получил Боровск, вместо Вереи и замосковных волостей — Дмитров, Звенигород и Стародуб Ряполовский, т. е. старинные удельные земли, разбросанные в различных частях государства. Обмен землями, а также обмен слугами, произведенный в 1563 г., лишал князя Владимира последней опоры в лице старицких феодалов. К этому времени Иван Грозный уже разгромил тех представителей феодальной аристократии, которые могли бы оказать поддержку старицкому князю. Одновременно царь «пожаловал» Владимира Андреевича, «велел ему поставити двор на старом месте», в Москве. Себе же он велел соорудить двор на опричной территории, между Арбатом и Никитской.
В целом к первой половине 1566 г. обстановка в стране несколько стабилизировалась. Поутихли опричные репрессии. Из ссылки был возвращен один из виднейших полководцев — князь М. И. Воротынский. Получила разрешение вернуться на старые земли значительная часть опальных казанских жильцов. Все это создавало предпосылки для рассмотрения вопроса об условиях мира с Великим княжеством Литовским. Русская сторона, так же как и в 1563 г., обусловила заключение мира передачей России Киева, Любеча, Орши, Могилева, Луцка, Ровно, Бреста, Галича, Каменца, Львова, а также всей Ливонии. Правительство придерживалось той же программы воссоединения украинских и белорусских земель, что и позднее, в XVII–XVIII вв. Однако в 60-х годах XVI в. это выглядело гораздо скромнее. Грозный соглашался на получение Киева, Гомеля, Витебска, Любеча и Ливонии. Поскольку для Литвы эти условия были неприемлемы, было решено ограничиться только перемирием. Спор вызывали определение полоцких границ и размеры литовских владений в Ливонии. Стремясь заполучить Ригу, русское правительство готово было пойти на территориальные уступки в других районах.
Для решения вопроса о заключении перемирия был созван собор, который в литературе по аналогии с позднейшими получил название Земского. На нем были представлены бояре, дворяне, торговые люди и гости, в основном московские и смоленские. Как представители дворянства принадлежали по преимуществу к государеву двору, так и третье сословие, представленное на соборе, образовывало своеобразный государев торговый двор.
Этот орган сословно-представительной монархии действовал в сложных внутри- и внешнеполитических условиях. Собор 1566 г. не только заслушал правительственные декларации, как это было в 1549 г., но и выступил с суждениями по жизненно важному внешнеполитическому вопросу. Одни, охваченные торговой лихорадкой после присоединения Нарвы, другие в жажде новых земельных приобретений в Ливонии, третьи из соображений престижа, четвертые с оглядкой на царя — словом, все единодушно высказались за продолжение войны. Особенно решительны были помещики пограничных районов Великих Лук и Торопца, наряду с новгородцами и псковичами выносившие основные тяготы войны: «Мы, холопи его государевы, за одну десятину земли Полотцкого и Озерищского повету головы положим… за его государское дело с коня помрем». Купцы и гости выразили готовность положить «за государя» не только «животы» (имущество. —
Борьба за Прибалтику отвечала интересам царя — главы государства и крупнейшего поставщика экспортных товаров, бояр и монастырей как поставщиков пушнины и воска, шедших за границу, дворянства, для которого открывалась возможность наделения землей на новых территориях, верхушки посада, участвовавшей во внешней торговле, и, наконец, ремесленников, в первую очередь тех, которые были заняты металлообработкой. Таким образом, Ливонская война с ее целью выхода на Балтику отвечала общегосударственным интересам.
Многие участники собора полагали, что в качестве платы за согласие на продолжение войны можно потребовать ликвидации ненавистной опричнины. С подобной петицией обратилась группа дворян, возглавленная костромичом князем В. Ф. Рыбиным-Пронским. Итогом была новая волна репрессий. Были казнены В. Ф. Рыбин-Пронский и другие челобитчики, а Кострома в 1567 г, передана в государев удел. Остальные участники выступления были подвергнуты торговой казни (публичному телесному наказанию). Половина бояр, заседавших на соборе, в последующие годы сложила свои головы.
Земский собор 1566 г. на полтора десятилетия определил политику русского правительства вовне и внутри страны.