Наряду с земской создавалась и опричная Боярская дума, осуществлявшая верховное управление и суд на территории государева удела. В нее входили кн. М. Т. Черкасский (брат царицы), Плещеевы, Алексей и Федор Басмановы, Вяземский и Зайцев. Территориальное разделение земщины и опричнины по-разному истолковывалось в исторической литературе. С. Ф. Платонов считал, что опричнина включила основные центры княжеского землевладения. С. Б. Веселовский полагал, будто в число опричных вошли лишь земли с развитым поместным землевладением. Если первый видел в ней государственную реформу, то второй лишал ее политического смысла, видя в опричнине лишь борьбу с отдельными лицами. К этой точке зрения присоединился и Р. Г. Скрынников. Он выдвинул гипотезу о том, что опричнина пережила два этапа: на нервом (в 1565–1566 гг.) ее основной удар был направлен против княжеско-боярской оппозиции (его результатом были начавшиеся казни и ссылка в Казанский край множества феодалов), а на втором, во время массового террора (1567–1572 гг.) пострадали е первую очередь представители старомосковского боярства. Нам этот вывод не представляется раскрывающим в достаточной мере существо опричнины. Целью введения опричнины, на наш взгляд, была борьба с пережитками политической децентрализации (удельным княжеством Владимира Старицкого и его сторонников, обособленностью Великого Новгорода и прерогативами «князей церкви»). Географическое распределение опричных земель позволяет дать ответ на вопрос о целях создания «государева удела». Север опричнины занимала полоса земли, расширявшаяся к Белому морю, начиная к востоку от Александровой слободы и включая Суздальский уезд, Плесскую волость, Буйгород, Городец и Юрьевец на Волге, Галич, Вологду, Великий Устюг, Каргополь и Холмогоры, т. е. бассейн Северной Двины, Онеги, небольшую часть бассейна Волги. Опричные земли делили бывшие новгородские владения на две части, отрезая новгородцам путь на север. Они перерезали и путь по Волге, отдавая часть его в руки опричников. В опричнину переходили важнейшие торговые пути на север и восток, значительная часть побережья Белого моря, где располагались центры русско-английской торговли (Холмогоры). Большая часть этих земель была населена черносошным или дворцовым крестьянством, платившим в государеву казну пушнину за «наместнич и волостелин корм». Передавая эти земли в опричнину, Грозный подрывал основы самостоятельной новгородской торговли. В его же руках оказывались и основные центры соледобычи в районе Галича и Соли Галицкой. Суздаль и Шуя принадлежали к районам поместного и вотчинного землевладения, как и большинство западных опричных земель (Вяземский уезд, окрестности Рузы и Можайска, Медынский уезд, Белев, Козельск, Перемышль). Это были стратегически важные форпосты — заслоны на западных и юго-западных границах государства от частых нападений крымского хана. Вязьма и Можайск, кроме того, граничили с владениями старицкого князя. Именно здесь предполагалось наделить землей основную массу опричников, выселив отсюда прежних владельцев.
Опричными землями стали и владения дворцового хозяйства, которые должны были поставлять соль из Балахны, Старой Русы и Тотьмы, рыбу — из волости Вселуки на озере Селигер, железо — из погоста Ошта на одноименной реке, притоке Онежского озера. Пастбища для многочисленных табунов находились на р. Пахре в Домодедовской волости Московского уезда.
За пределами опричнины оставались центральные, так называемые земские, уезды, изобиловавшие вотчинами феодальной аристократии (Московский, Стародубский, Ярославский, Переславль-Залесский и др.).
В самой Москве в состав опричнины вошли Чертольская улица с Семчинским селом, Арбат с Сивцевым вражком до Дорогомиловского всполья, левая от Кремля сторона Никитской улицы, кроме Новинского и Савинского монастырей. Все они вели на запад, к опричным Можайску и Вязьме. Разделение Москвы на опричную и земскую должно было создать дополнительную опору царской власти в самом городе, предотвратить возможные выступления городского населения и уничтожить подворье старицкого князя в Москве.
Северной резиденцией царя и как бы второй столицей должна была стать Вологда, где с 1565 г. под руководством выдающегося инженера Размысла начали создавать новый опричный кремль. Сюда свозились «всякие запасы» на царский обиход.