Параллельно с работой МПК в каждой стране – члене СЭВ, осуществляющей строительство и эксплуатацию АЭС, проводились контроль и координация деятельности всех участвующих в сооружении АЭС организаций, предприятий и заводов. Например, в СССР была образована из представителей всех министерств в ранге заместителей министров советская часть межправительственной комиссии по каждой стране сотрудничества, которая координировала и контролировала деятельность соответствующих организаций и предприятий каждого министерства по выполнению обязательств по контрактам, заключенным в рамках межправительственных соглашений.
В странах – членах СЭВ, сооружавших АЭС, осуществлялись, кроме того, постоянный контроль и координация работ со стороны головного министерства по сооружению АЭС. Не менее раза в месяц непосредственно на строительстве АЭС проводились совещания уполномоченным заместителем министра с руководителями организаций и заводов, участвующих в строительстве АЭС, для рассмотрения хода работ, решения оперативных и проблемных вопросов. В работе совещаний принимали, как правило, участие представители группы советских специалистов на данной АЭС. Решения этих совещаний по проблемам, касающимся обязательств советской стороны, были предметом обсуждения и принятия решения на межправительственном уровне.