В апреле 1682 г. царь Федор Алексеевич, никогда не отличавшийся крепким здоровьем, скончался, не оставив никаких распоряжений насчет наследника престола. В связи с кончиной бездетного царя остро встал вопрос о выборе его преемника. Юридические права на престол были на стороне следующего по старшинству царевича Ивана, родившегося в августе 1666 г. Но поскольку он тоже не отличался крепким здоровьем, да и здравым умом тоже, то по подсказке Льва Кирилловича Нарышкина и патриарха Иоакима бояре решили передать престол его сводному брату, царевичу Петру, матерью которого была вторая жена Алексея Михайловича, вдовствующая царица Наталья Кирилловна Нарышкина.
Согласно традиционной точке зрения (В. Соловьев, В. Ключевский, Н. Павленко, В. Буганов, А. Богданов) предстоящее вступление на престол развитого и смышленого не по годам царевича Петра, родившегося в мае 1672 г., вызвало резкое недовольство клана бояр Милославских, которые при подобном развитии событий, безусловно, теряли все свое прежнее влияние при дворе и реальную власть. Этим обстоятельством и решила воспользоваться энергичная царевна Софья, которая нашла опору не только среди Милославских, но и видных представителей знатнейших княжеских родов — В.В. Голицына и А.И. Хованского, болезненно воспринявших возвышение худородного клана Нарышкиных, тем более что сразу после кончины царя произошло совершенно беспрецедентное событие, когда юный Иван Кириллович Нарышкин не по годам был пожалован двумя высокими чинами — думного боярина и придворного оружничьего. Впрочем, ряд современных авторов (П. Седов, Л. Хьюз) полагают, что подобная трактовка тех событий является не вполне корректной, поскольку главную роль в стрелецком мятеже сыграли совершенно иные лица, не принадлежавшие к «партиям» Милославских и Нарышкиных.
Воспользовавшись накаленной обстановкой в среде московских стрельцов, которым за несколько месяцев не выплатили жалование, сторонники Милославских пустили слух, что Нарышкины уморили царевича Ивана, что и стало главным поводом для знаменитого стрелецкого бунта. 15 мая 1682 г. разъяренная толпа стрельцов во главе с князем Иваном Андреевичем Хованским ворвалась в Московский Кремль и учинила там кровавую расправу над сторонниками вдовствующей царицы и ее сына Петра. В результате этой бойни, продолжавшейся три дня, погибли многие члены Боярской думы, в том числе глава правительства боярин А.С. Матвеев, князья Ю.А. и М.Ю. Долгорукие, князь Г.Г. Ромодановский, бояре А.К. и И.К. Нарышкины, боярин И.М. Языков и другие. 23 мая 1682 г. под прямым давлением стрельцов Боярская дума и Освященный собор приняли «соломоново решение»: 1) соправителями государства становятся сводные братья Иван Алексеевич (1682–1696) и Петр Алексеевич (1682–1725); 2) до их совершеннолетия правительницей государства становится их старшая сестра Софья Алексеевна (1682―1689).
Реальная власть в эти дни оказалась отнюдь не в руках новоиспеченной регентши, а в руках амбициозного князя И.А. Хованского, который, став новым главой Стрелецкого приказа, решил начать собственную игру. В течение трех месяцев царевна Софья и ее ближайшее окружение постоянно находились под угрозой нового стрелецкого бунта и «мятежа старообрядцев», с которыми стал активно заигрывать князь И.А. Хованский. После завершения теологического диспута патриарха Иоакима с одним из лидеров раскольников Никитой Пустосвятом регентша пошла на решительные действия и решила положить конец авантюрным планам главы Стрелецкого приказа. В августе 1682 г. под благовидным предлогом князь И.А. Хованский был вызван к государям в Троицкую обитель, но по дороге был схвачен боярином М.Б. Лыковым, обвинен в государственной измене и тут же обезглавлен.
После этих драматических событий реальная власть оказалась в руках Софьи и ее ближайшего окружения, где особую роль стали играть две персоны — ее фаворит, новый глава Посольского приказа князь Василий Васильевич Голицын и новый глава Стрелецкого приказа думный дьяк Федор Леонтьевич Шакловитый. В исторической науке до сих пор не прекращается спор о личности царевны Софьи и князя В.В. Голицына и их политической программе. Одни авторы (А. Кузьмин, А. Богданов), основываясь на «Записках о Московии» польского дипломата французского происхождения маркиза де ля Невилля, который был лично знаком и с самой Софьей, и с ее фаворитом, утверждают, что у них была целостная программа государственных реформ, которая предусматривала многие новации, в том числе отмену крепостного права. Их оппоненты (Н. Павленко, Е. Анисимов) отрицают этот факт и считают, что делать подобного рода выводы на основании всего одного источника, и то явно сомнительного происхождения, составленного «не выходя из кабинета» не самим де ля Невиллем, а плодовитым французским литератором Адрианом Байе, крайне опрометчиво.