В атмосфере взаимного недоверия, подозрительности, страха быть арестованным ни за что наша страна жила и после Великой Отечественной войны. Сталинские репрессии затронули и самых видных, самых авторитетных советских врачей. Активная «чистка» началась с 1952 г., увольнялись ведущие специалисты, рядовые сотрудники Кремлевской больницы. 4 ноября 1952 г. был арестован личный врач-терапевт И. В. Сталина профессор В. Н. Виноградов, 14 ноября – профессор М. С. Вовси. Вскоре ночные аресты стали привычным делом. 13 января 1953 г. во всех газетах было опубликовано сообщение ТАСС «Арест группы врачей-вредителей», где говорилось, что органами госбезопасности раскрыта террористическая группа врачей, документально установлено – преступники, являясь скрытыми врагами народа, «осуществляли вредительское лечение больных и подрывали их здоровье». Они, оказывается, были наемными агентами иностранных разведок. И сами «признались», что умертвили товарища А. А. Жданова, назначив неправильное лечение, и так же сократили жизнь товарища А. С. Щербакова. Эти врачи-убийцы хотели подорвать здоровье советских руководящих военных кадров, но не успели – арест расстроил их злодейские планы. В эту террористическую группу попали: профессор М. С. Вовси, врач-терапевт; профессор В. Н. Виноградов, врач-терапевт; профессор М. Б. Коган, врач-терапевт; профессор Б. Б. Коган, врач-терапевт; профессор П. И. Егоров, врач-терапевт; профессор А. И. Фельдман, врач-отоларинголог; профессор Я. Г. Этингер, врач-терапевт; профессор А. М. Гринштейн, врач-невропатолог; Г. И. Майоров, врач-терапевт. После второго «дела врачей» в 1938 г. это было уже третье «дело врачей». Оно стало отправной точкой в ходе развернувшейся кампании против медицинской интеллигенции. Аресты врачей шли не только в Москве, но и других городах и продолжались несколько месяцев – с конца 1952 г. до марта 1953 г. Эти массовые репрессии против медиков были направлены, по мнению вождя народов, на раскрытие «заговора» с разветвленной сетью «заговорщиков и тайных агентов». Сталинские карательные органы не только лишали свободы тех, кто подвергался аресту, но допрашивали их и истязали, выбивая признания «во вредительской и шпионской деятельности». Только после смерти И. В. Сталина, в апреле 1953 г., во всех газетах было опубликовано сообщение о полной реабилитации всех обвиняемых «дела врачей» 1953 года в связи с несостоятельностью «обвинений».
В конце июня 1953 г. С. С. Юдин «с оказией» посылает письмо Б. В. Петровскому, известному советскому хирургу и общественному деятелю:«… второй год работал на 17 койках в областной больнице Новосибирска. Оперировал и в других учреждениях (гастроли). Научная работа совершенно не возможна, да ее мне фактически не разрешают. Лишь бы кто-нибудь из товарищей, особенно хирургов, проявил хоть какую-нибудь инициативу… помогите мне, пожалуйста, вернуться к активной научной работе в Москве с прежним коллективом! Одно Ваше доброе слово в данный момент решит мою участь…»
Б. В. Петровский, по его утверждению, сразу же связался с Н. А. Булганиным и поручился за С. С. Юдина и только благодаря его заботам обвинение с С. С. Юдина было снято. В сентябре 1953 г. хирург возвратился в Москву. Решением Особого Совещания при министре Внутренних дел СССР от 29.07.53 С. С. Юдин был полностью реабилитирован.