За время полувековой врачебной работы он наблюдал около 30 тысяч больных туберкулезом детей, сделал огромное количество вскрытий и разработал свою теорию. А. А. Кисель опроверг существующее мнение, что у детей встречаются только локальные формы этого заболевания. В детском возрасте, по его мнению, чаще всего встречается «общее» поражение организма без явных локальных изменений», такую форму болезни он назвал «хронической туберкулезной интоксикацией». Это не столько местное, сколько общее заболевание. А. А. Кисель дал клиническую картину изменений в организме под воздействием туберкулезной интоксикации, которые происходят во всех его тканях и органах.
Появление в педиатрии нового клинического понятия «хроническая туберкулезная интоксикация» позволило врачам-педиатрам ставить диагноз у инфицированного ребенка независимо от местонахождения очага. Оно опровергло распространенное во врачебных кругах мнение о предрасположенности детей к туберкулезу. Таким образом, заставляло врачей более внимательно, детально исследовать ребенка и всесторонне оценивать имеющиеся симптомы.
Александр Андреевич Кисель не ограничился лишь теоретическими разработками. Он, по примеру своих предшественников, в духе традиций лучших передовых российских врачей, сочетал научную работу с практической: не только изучал туберкулез, но и настойчиво добивался практических мероприятий по борьбе с этой болезнью. Им при Московском обществе борьбы с детской смертностью была организована комиссия по изучению туберкулеза у детей, для ослабленных детей созданы две летние школьные колонии, четыре площадки. А. А. Кисель принял участие в сборе средств в «День белой ромашки», читал лекции населению, врачам. Позже, в мае 1918 г., он возглавил научную комиссию по детскому туберкулезу, и вместе с ним пришли его ученики и друзья, которые с большим энтузиазмом принялись за работу А. А. Кисель был умелым организатором, он заражал молодых врачей своим примером, доказывая, как можно и должно трудиться, чтобы быть полезным своему Отечеству Он вырастил многих врачей, которые продолжили его научную и практическую работу по борьбе с туберкулезом у детей в разных уголках своей родины.
В поле его научной деятельности было также исследование ревматизма у детей. Он первым из русских педиатров указал, что ревматизм, вопреки распространенному мнению, болезнь не стариков, а детей. Это типичное хроническое инфекционное и общее для всего организма заболевание, причем висцеральный ревматизм, его кардиальная (сердечная. – Авт.) форма, которая часто бывает у детей, может привести и к инвалидности. Многие во врачебной среде были не согласны с его концепцией, и только через 30 лет она стала общепризнанной. Возникла необходимость не только в углубленном научном изучении ревматизма, но и широкой профилактической работе по борьбе с ним. И снова А. А. Кисель – вдохновитель и организатор комиссии по ревматизму в Обществе детских врачей.
Человек и врач – как тесно в одно целое слились в личности Александра Андреевича и его высокие профессиональные качества, и его активная гражданская позиция. Не считаясь со своим временем, он самозабвенно трудится – старается облегчить страдания больных детей.
В 1934 г. Александр Андреевич Кисель создает специально оборудованную ревматологическую клинику для детей в Москве в одном из корпусов Первой клинической детской больницы. Он потребовал, чтобы была пристроена веранда и применил один из своих излюбленных методов – лечение «свежим воздухом»: больные в меховых шапках спали зимой на открытой веранде. Это была аэротерапия.
Он также занимался малярией и организовал «комиссию по изучению вопроса о ликвидации отдельных случаев малярии». В течение многих лет изучал рахит у детей, был инициатором и непосредственным организатором мероприятий по борьбе с эндокринными заболеваниями.
А. А. Кисель особое значение придавал лечению детей свежим воздухом, солнцем, водой, а также гимнастике, массажу, правильному питанию. Именно он стал назначать полноценное питание детям, больным брюшным тифом, дизентерией и доказывал огромный вред длительной ограниченной диеты при этих заболеваниях. Он часто читал публичные лекции, писал брошюры для населения.
А. А. Кисель в течение всей своей жизни занимался и педагогической деятельностью. В 1890–1911 гг. преподавал в Московском университете, был бессменным председателем Московского общества детских врачей, много внимания уделял студенческим кружкам. Он был педагогом по призванию. Молодым врачам он говорил, что «секрет знания заключается не в том, чтобы много знать, а в том, чтобы хорошо знать».