При Симоновом монастыре открылась «чумная больница» на 2 тыс. мест, и он переехал к больным, которых было более тысячи, ему приходилось работать в тяжелейших условиях почти без обслуживающего персонала.
Отважный врач и ученый Д. Самойлович разработал множество профилактических мер, проверив их на себе. Так, по его предписанию, медперсонал должен был работать с больными в пропитанном уксусе халате и обуви, смазанной дегтем. Предложив состав для окуривания, он проверил его эффективность на себе – снимал одежду с больных, окуривал ее дымом, затем надевал на себя. Так же испытывались и обеззараживающие средства, предложенные своим коллегам. «Знаки рытвин и разрывов, до смерти» остались на его руках после многократного полоскания в дезинфицирующих растворах. Правдивая картина страшной эпидемии чумы была отражена через 20 лет после этих событий на картине, нарисованной художниками по заказу Данилы Самойловича, по его записке «Начертание для изображения в живописи пресеченной в Москве 1771 года моровой язвы».
Ко времени, когда была создана Противочумная комиссия, куда вошел Данила Самойлович – единственный представитель лекарского сословия, он уже знал об эффективности испытанных на себе окуривательных средств, обеззараживающей одежды, об особенностях транспортировки и лечения больных. Многие медики Москвы советовали талантливому доктору обобщить накопленный опыт, подготовить диссертацию. Поэтому после того, как опасность миновала: моровая язва отступила, в 1776 г. бедный ученый на средства, учрежденные фондом княгини Н. Д. Голициной для изучающих акушерскую науку, едет в Страсбургский университет и осваивает науку повивального искусства на медицинском факультете. Преподаватели отметили высокие способности российского ученого и ходатайствовали перед Екатериной II о материальной помощи Даниле Самойловичу.
Так наряду с главной темой, которая интересовала его – изучением чумы, он занимается, притом успешно, вопросами акушерства. Именно эти две важные проблемы – детская смертность и эпидемии чумы были в центре внимания отечественных медиков XVIII в.
В 1778 г. Данила Самойлович составил пособие «Городская и деревенская повивальная бабка», написал научно-популярные книги, имеющие большой спрос в России.
Он продолжает свое медицинское обучение в Лейденец 1980 году защищает докторскую диссертацию и в течение 3 лет знакомится с организацией медицинского дела в Австрии, Голландии, Германии, Англии, Париже. По возвращении в Россию Данилу Самойловича в Петербурге ждал холодный прием. При острой нехватке специалистов доктор медицины 7 месяцев оставался без работы, а значит, и без средств к существованию.
Но тут о нем вдруг вспомнили. С весны 1783 г. юг Украины охватила чума. Екатерина II с апреля 1784 г. уже не приказывала, а просила помощи у Г. А. Потемкина: «Пронесся слух по здешнему народу, будто язва в Херсоне по-прежнему свирепствует и будто пожрала большую часть адмиралтейских работников. Сделай милость, примись сильной рукой за истребление херсонской язвы».
Князь и без напоминаний императрицы был осведомлен о том, как беспощадно чума косит херсонцев. Он в самых вежливых выражениях взывает о помощи к известному врачу-эпидемиологу, имеющему опыт борьбы с чумой, доктору медицины Даниле Самойловичу Самойловичу: «Известное искусство и прилежание в отправлении звания вашего побудили меня вам поручить главное, по должности медика, наблюдение всех тех способов, которых употребление есть нужно коутушению и искоренению открывающихся иногда прилипчивых болезней. Херсон, потерпевший от заразы и по соседству с турками, близкий к сему нещастию, должен быть первейшим предметом попечения вашего…»
Так почетный член многих зарубежных академий, в том числе Марселя, Дижона, Нима, Тулузы, Лиона, широко известный в европейских ученых кругах, становится губернским доктором Екатеринославского наместничества и Таврической области. Он отправляется в 1700-верстный путь, туда, где не затихали чумовые очаги: Херсон, Кременчуг.
Чума в Кишеневе, Бендерах, Очакове, Кременчуге – страшные дни 1785 года. Доктор Самойлович не только врачует больных, но занимается научной деятельностью, переписывается с зарубежными учеными, академиями наук. В 1786 г. за свои исследования Данила Самойлович получил от императора Иосифа II большую золотую медаль, его избирают членом 4 иностранных академий. Издаются новые работы по чуме, речи к ученикам госпитальных школ Российской империи.
Высок отзыв о нем правителя Екатеринославского наместничества: «Самойлович – об нем иначе промолвить нельзя, как герой чумной, или истинный эскулапий, или, когда хотите, Гиппократ».