Несмотря на предостережение врача не перегружать себя чрезмерными занятиями, скоро Н. И. Пирогов приступил к работе – кропотливому труду в анатомичке, а также к изданию «Полного курса прикладной анатомии человеческого тела». Приходилось вкладывать свои собственные средства, выбивать льготы по изданию у высокопоставленных лиц, ходить по инстанциям. Н. И. Пирогов пытается также при академии создать Анатомический институт, у одного только попечителя Веймарна он побывал на приеме 20 раз. В 1846 г., несмотря на ожесточенное сопротивление противников Н. И. Пирогова, был утвержден проект Анатомического института при Петербургской академии, а ее директором назначен Н. И. Пирогов. Это хоть немного смягчает горе безутешного ученого, потерявшего любимую жену Екатерину Дмитриевну, которая с первых минут совместной жизни поняла мужа и старалась жить только его интересами. Она умерла на следующий день после родов второго сына, так и не придя в сознание. Вечерами он уходил из дома, чтобы хоть как-то забыться, смерть жены преследовала его. Он уезжает за границу для ознакомления с заграничными анатомическими отделениями во Франции, Австрии, Италии и Швейцарии. Именно за границей он узнает об эфирном наркозе. Приехав в Петербург, сразу с головой погружается в работу – занимается его изучением.
Получены положительные результаты на животных – и он подвергает «эфированию» самого себя и своих помощников. Лишь убедившись в незначительности его вреда, Н. И. Пирогов активно начинает его применять: за 1847 год было выполнено более 600 операций под наркозом. Сразу же после издания его работы, посвященной наркозу, Н. И. Пирогов отправляется испытывать его на Кавказ, где шла война против горцев. Как ни странно, но трудности, которые возникали в его работе, и были тем самым стимулом, который помогал ученому двигаться дальше. Только преодолевая препятствия, отдавая себя целиком своему делу, Н. И. Пирогов чувствовал себя счастливым.
После смерти жены, Екатерины Дмитриевны, он остался один: «У меня нет друзей». А дома его ждали мальчики, сыновья, Николай и Владимир. Дважды неудачно пытаясь жениться по расчету, он не скрывал этого от себя самого, от знакомых, вероятно, и от девиц, намечаемых в невесты.
У своих знакомых, где Н. И. Пирогов иногда проводил вечера, ему рассказали про 22-летнюю баронессу Александру Антоновну Бистром, восторженно читающую и перечитывающую его статью об идеале женщины. Девушка чувствует себя одинокой душой, много и серьезно размышляет о жизни, любит детей. В разговоре ее называли «девушкой с убеждениями».
Для Н. И. Пирогова его дело всегда было на первом месте. Поэтому когда Н. И. Пирогов сделал предложение баронессе А. А. Бистром и она согласилась, то он, заранее уверенный, что будет вспыльчивым и раздражительным, если медовый месяц нарушит его привычную работу, просит баронессу подобрать к приезду в имение его родителей (там решили сыграть свадьбу) увечных бедняков, нуждающихся в операции. Только помогая тем, кто нуждается в его помощи, Н. И. Пирогов мог по-настоящему ощутить радость, насладиться первой порой любви!
Самым большим испытанием для него явилась война, сначала на Кавказе, где он воочию увидел огромное количество раненых и больных, и операции проводил в крайне неблагоприятных условиях, часто стоя на коленях или в согнутом положении тела: шалаш-операционная был сделан из древесных ветвей, покрытых соломою. Вместо матрасов стелили солому, а койками служили скамьи из камней, крайне низкие. По этой причине хирургу и приходилось оперировать в столь неудобном положении. В других шалашах и палатках также лежали раненые, и Н. И. Пирогов с риском для здоровья спал прямо на холодной земле. Он вспоминал, «что утомленные до изнеможения днем при производстве операций и перевязок (по большей части в согнутом положении), пропитанные эфирными парами и нечистотою, мы сами терпели еще много и ночью от вшей, которых приносили мы с собою от больных… но мы могли по крайней мере утешить себя тем, что совестливо исполняли наши обязанности и не пропустили ни одного случая устранить страдания раненых…» У большинства солдат были очень тяжелые раны. «Мириады мух, привлеченных смрадными испарениями, облепливали тяжело раненных и тех особливо, которые лежали без чувства; вши и черви гнездились в соломе и белье». Чтобы облегчить страдания раненых при их перевозке в госпиталь, Н. И. Пирогов применил неподвижную крахмальную повязку. Она создает покой, особенно в дороге, и часто делает ненужной ампутацию», – советовал он врачам. И боль, и отечность после наложения повязки в месте перелома быстро исчезала.
Н. И. Пирогов видел, в каких условиях работали военные врачи, да и он сам, впервые оказавшись на войне. По его мнению, это были патриоты России. Таким был и Н. И. Пирогов.