1 марта 1881 г. на престол вступил император Александр III. Восшествие нового монарха означало наступление новой эпохи в жизни Российского государства, и в частности, в жизни армейской. За годы его правления много внимания уделялось военно-учебным заведениям. Александр III сразу же принял на себя звание шефа Павловского и Александровского военных училищ. Вскоре гимназии военного ведомства снова были преобразованы в кадетские корпуса. Пост военного министра занял генерал П.С. Ванновский, человек необычайно твердый и последовательный в действиях. Новый военный министр железной рукой навел должный порядок в военно-учебных заведениях.
Изданная в 1883 г. «Инструкция по учебной части» совершенно изменила и саму систему ведения занятий: общие аудиторные лекции уступили место 22-часовым лекциям в каждом классе отдельно; практические занятия велись по-прежнему в классных отделениях, а проверка знаний юнкеров производилась на репетициях.
Летом воспитанники военных и юнкерских училищ вывозились в лагеря. Здесь юнкера младшего класса производили полуинструментальную съемку, а юнкера старшего класса — съемку глазомерную и решали тактические задачи.
Поражение России в русско-японской войне 1904–1905 гг. заставило правительство вновь начать реформу армии и флота. Военные реформы этого периода длились долго: с 1905 по 1912 гг. В результате была усилена централизация военного управления, сокращены сроки службы, омоложен офицерский корпус, приняты новые уставы, новые образцы оружия, создана корпусная и полевая тяжелая артиллерия, усилены инженерные войска, улучшено материальное положение офицеров. Реформы, безусловно, не обошли стороной и военные училища. Началось постепенное преобразование юнкерских училищ в военные. Для этих военно-учебных заведений были приняты новые программы, разработкой которых занимался целый ряд комиссий. Наконец, 28 июля 1910 г. программы были утверждены военным министром. Основной их идеей стала необходимость «приблизить военные знания юнкеров к войсковой жизни и подготовить их к обязанностям воспитателя и учителя солдата и к роли руководителя вверенной ему малой части (взвода, полуроты) в поле». Выпускаемый из военного училища офицер должен был не только знать, но и уметь по выпуску из училища применять свои знания. Предстоящая юнкеру служба взводного командира требовала от него прежде всего самой серьезной практической подготовки, хороших инструкторских способностей и лишь затем — общего военного образования. Поэтому особое внимание в программе военных училищ было обращено на преподавание тактики: 8 часов в неделю в младшем классе и 10 часов в старшем. Курс военной топографии был также максимально приближен к тактике. Все вопросы математического характера и подробное изучение инструментов были исключены из курса, взамен была введена маршрутная съемка.
Новые программы практически уравняли курсы военных и юнкерских училищ, что и вылилось в Приказ по военному ведомству № 243, по которому все юнкерские училища переименовывались в военные.
С началом Первой мировой войны число военных училищ увеличилось. В 1914 г. были учреждены 2 новых пехотных училища: Ташкентское и 2-е Киевское. В июне 1914 г. создано Николаевское артиллерийское училище в Киеве. В марте 1915 г. там же было открыто второе инженерное училище — Алексеевское, в октябре 1915 г. — еще одно пехотное училище — Николаевское.
Осенью 1914 г. были введены в действие «Положение об ускоренной подготовке офицеров в военное время в военно-учебных заведениях с четырехмесячным ускоренным курсом» и «Положение об ускоренной подготовке офицеров в военное время в специальных военно-учебных заведениях с восьмимесячным ускоренным курсом».
На четырехмесячный курс обучения перешли пехотные и казачьи училища, а на восьмимесячный — кавалерийские, артиллерийские, инженерные и военно-топографическое училища. Ускоренная подготовка офицеров продолжалась в течение всей войны.
К концу царствования Николая II в России насчитывалось 25 военных училищ: 13 пехотных, 4 артиллерийских, 2 инженерных, 3 кавалерийских, 2 казачьих и 1 военно-топографическое.
По окончании курса наук и летних практических занятий юнкера разделялись на 3 разряда, соответственно которым юнкерам присваивались при выпуске следующие права: окончившие по 1-му разряду выпускались в части армейской пехоты подпоручиками с 1 годом старшинства в чине; отличники, имеющие по наукам средний балл не менее 9, и по строевой подготовке — не менее 11 баллов, удостаивались права быть произведенными в подпоручики гвардии.
Окончившие по 2-му разряду выпускались в части армейской пехоты подпоручиками без старшинства, а по 3-му разряду — переводились из училища в части армейской пехоты унтер-офицерами, с правом на производство по представлению своего начальства в подпоручики без экзамена, но лишь через 6 месяцев.