Представление о религии как одном из орудий властвования над общественной массой, о церковной организации как органе государства в управлении страной унаследовано им от XVIII в. Такое назначение церкви в государстве получило твердую постановку в синодальной реформе Петра Великого, который, в значительной мере под прямым влиянием протестантских воззрений на роль светской власти в религиозном быту населения, окончательно ввел церковное управление в ряд правительственных учреждений империи. А эта петровская церковная реформа получила полное свое развитие именно в начале царствования Александра I, с тех пор как он назначил своего статс-секретаря князя А.Н. Голицына на должность синодального обер-прокурора и сделал его своим докладчиком по церковным делам. «Царский наперсник» – вопияли тогда церковные иерархи – стал править всеми делами церкви, и «все утихло, а дух монарха водворится в Синоде». Александр обсуждал с Голицыным и Сперанским планы коренных преобразований в Русской церкви, с целью поднять положение белого духовенства, освободить его от зависимости по отношению к прихожанам, поднять его материальное обеспечение и уровень его образования. Реформа духовных училищ проведена Голицыным и Сперанским вне влияния Синода, а заведование ими возложено на особую комиссию; состав самого Синода определялся очередными вызовами архиереев, по представлениям обер-прокурора, т. е. в полной зависимости от него. Бюрократизация церковного управления захватила не только «ведомство православной церкви», но также «инославных» – с учреждением в 1810 г. главного управления духовных дел иностранных исповеданий, под ведением того же обер-прокурора. Это делало его органом государственного управления не только господствующей церковью, русской и православной, но религиозным бытом населения вообще. Так еще в первой половине царствования Александра были заложены основы всей его дальнейшей церковной политики. Принцип этой политики – вероисповедный индифферентизм государства. Его крайним организационным выражением явилось учреждение в 1817 г. Министерства духовных дел и народного просвещения (в соответствии такому же министерству царства Польского), первый департамент которого делился на 4 отделения: 1) по делам греко-российского исповедания; 2) по делам исповеданий римско-католического, греко-униатского и армяно-григорианского; 3) по делам всех протестантских исповеданий и 4) по делам еврейским, магометанским и всех прочих нехристианских религий.
Вероисповедный индифферентизм был, прежде всего, принципом полицейского государства. Власти просвещенного абсолютизма, подчиняя себе организацию всего быта подчиненного населения, в частности и народного просвещения, видели в разноголосице исповеданий лишь досадное препятствие для планомерного воспитания общества согласно своим предначертаниям, а в их суетливых раздорах – ненужное и вредное нарушение общего успокоения на полной покорности государству. Но дело не только в этом. В духовной культуре русского общества накопилось к началу XIX в. немало веяний, которые вели к тому же результату. Рационализм с его учением о «естественной» религии, единой в основе для всего человечества, и с его преодолением теизма в пользу отвлеченного философского деизма сходился с реакцией в пользу прав «чувства и веры» и с масонством, искавшим самоусовершенствования «на стезях христианского нравоучения», но при освобождении людей «от предрассудков их родины и религиозных заблуждений их предков», от фанатизма и суеверия, от всех причин международной вражды, какие мешают слиянию человечества в «одно семейство братьев, связанных узами любви, познания и труда».
Александр вырос в атмосфере не только екатерининского двора, вольнодумного и рационалистического, но и гатчинского дворца, с его симпатиями к масонству, его немецкой, не чуждой пиетизма закваской. Его друг А.Н. Голицын, ставший из светского вольнодумца религиозным человеком в годы своего обер-прокурорства, однако, не втянулся в православную церковность, но признавал, что все исповедания, все религии и секты – «явления одного и того же духа Христова».