Далее, как указывают историки В.В. Зверев и В.П. Сапон, ссылающиеся на полицейские документы, Аполлон Андреевич решил восстановить «подмоченную» репутацию, дав согласие на сотрудничество с полицией: «В Северной столице Карелин узнал, будто нижегородский губернатор Баранов дал слово, что он может быть принят в любой университет, если отдастся в руки правительства. Окрыленный этой новостью, направился Аполлон в охранное отделение прямо к подполковнику Г.П. Судейкину. Отправился не просто так, а с конкретным предложением. Осенью 1882 г. стало известно ему […] о желании Судейкина издавать орган мирного социализма как противовес печатным органам радикалов. Аполлон Карелин не только был согласен участвовать в издании, но и покаялся в прошлых грехах: принадлежал-де ранее к „преступному сообществу“, но разочаровался и осознал, что „…цели и стремления, преследуемые социально-революционною партиею, – неосновательны и несбыточны…“. А затем и вовсе предложил свои услуги охранному отделению „в качестве секретного розыскного агента“. В доказательство представил программу собственного журнала»705
. Новоявленному агенту вручили паспорт на чужое имя и деньги, на которые Карелин размножил на гектографе 100 экземпляров программы «издания о мирном социализме»706.Вскоре, с целью проверки его искренности, Карелину предложили ненадолго выехать за границу. В то же время произошла утечка информации о его сотрудничестве с Судейкиным. Выполняя задание, Карелин был 28 апреля 1882 г. задержан при переходе границы. Ему были предъявлены обвинения в бегстве из под надзора полиции, проживании без паспорта, связях с революционерами-нелегалами, попытке самовольного выезда за границу и внедрении в полицию для передачи сведений о ее деятельности революционерам. Карелин признал вину во всех пунктах, за исключением последнего. Он утверждал, что «намерения его были самые искренние, принести пользу правительству»707
. Во время следствия, как пишет В. Зверев, показания Карелина с упоминанием связей его знакомых с революционными кругами «втягивали в раскинутую сеть других людей, неповинных в его злоключениях»708. Среди них был бежавший поднадзорный Н.К. Паули709.В результате в 1883 г. Карелин был выслан в город Шульбинск в Западной Сибири710
. С конца 1880-х гг., после возвращения в Нижний Новгород, он поддерживал связи с народовольческими кружками, затем вел революционную пропаганду среди петербургских рабочих и студентов, призывая к давлению на правительство «путем проведения в жизнь систематического террора». Считая главной задачей революционных сил свержение самодержавия, Карелин призывал марксистов и народников к созданию единой революционной организации711.Здесь в деятельности молодого революционера впервые проявились элементы «нечаевщины», связанные с попыткой манипулировать товарищами по борьбе. Объявив себя представителем несуществующей «Российской рабочей партии», в 1888 г. Карелин создал руководящий центр петербургских студенческих революционных групп («кадровиков»), вскоре распавшийся из-за бездействия. В том же году, окончив юридический факультет Санкт-Петербургского университета, он сдал в Казанском университете экзамен на степень кандидата права. С конца 1880-х гг. Карелин выступает как адвокат на судебных процессах. В феврале 1892 г. за связи с петербургским террористическим кружком К.Р. Качоровского и Н.Н. Беляева его выслали на 4 года в Вологодскую губ. По окончании ссылки, в 1898 г., он переселился в город Юхнов Смоленской губ., где служил секретарем земской управы, а с 1900 г. жил в Иркутске712
.Со времени первой ссылки Карелин исследовал различные аспекты крестьянского вопроса и в конце 1880-х – 1890-х гг. публиковал исследовательские работы о крестьянской общине, социально-экономическом положении рабочих-отходников и кустарном производстве в журналах «Русская мысль», «Северный вестник», «Юридический вестник» и «Экономический журнал». Кроме того, он печатался в газетах «Восточное обозрение», «Волжский вестник», «День» и «Казанский биржевой листок». Выходят его книги «Фабричные законы» (1893 г.), «Общинное владение в России» (1893 г.) и «Краткое изложение политической экономии» (1894 г.). Последние две публикации получили следующую оценку П.Б. Струве: «В теоретическом отношении обе эти работы не представляют ничего выдающегося, но обилие интересного материала, подчас мало доступного, составляет их крупное достоинство»713
. В центре внимания исследований Карелина оказалась судьба крестьянской общины. Для него был характерен взгляд на эту проблему в духе реформистского народничества. «Национальной задачей» правительства Российской империи Карелин считал принятие мер для защиты общины от разрушения714.