В конце мая — начале июля 1904 г. эскадра в Порт-Артуре занималась обороной и тралением внешнего рейда, «Амур» выставил несколько минных заграждений в бухтах, фланкирующих оборонительные позиции сухопутных войск. Крейсер 2 ранга «Новик», канонерские лодки и миноносцы входили для борьбы с кораблями противника. В их боевых столкновениях с японскими миноносцами не было одержано успеха, также безрезультатно закончились попытки лейтенанта К.В. Ломана и мичмана И.И. Рентгартена атаковать японские корабли минными катерами. Так или иначе, русским не удалось прервать минно-заградительные операции японцев на ближайших подступах к крепости. Очевидно, для этого требовались активные действия главных сил эскадры, которая могла воздействовать на коммуникации японского флота. Наконец, даже частный успех эскадры в бою с японским флотом мог предотвратить дальнейшее усиление войск противника на Квантуне. Это понимали сухопутные военачальники, но контр-адмирал Витгефт и большинство командиров крупных кораблей, как выяснилось на многочисленных совещаниях, были готовы всеми силами поддерживать оборону, но скептически оценивали шансы эскадры на успешность активных действий в открытом море.
В основе пассивности морского командования в Порт-Артуре лежали неверные представления о роли флота в войне, подкрепленные впечатлениями от неудач первых боевых столкновений. Только капитан 2-го ранга Н.О. Эссен последовательно отстаивал необходимость выхода эскадры, считая опасным пребывание в крепости. Он предлагал, в частности, прорваться во Владивосток и, соединившись с большими крейсерами, отвлечь флот противника в Японское море. Стратегическое значение прорыва во Владивосток, наряду с тщательным тактическим его обеспечением, обосновал в своей записке от 19 мая 1904 г. и флагманский штурман штаба В.К. Витгефта лейтенант Н.Н. Азарьев. К сожалению, мнения этих выдающихся офицеров оказались исключением и не были приняты во внимание.
Между тем, соотношение сил на море, наконец, изменилось в пользу русских. В конце мая 1904 г. окончились работы по исправлению броненосцев «Цесаревич» и «Ретвизан». Ожидалось и скорое вступление в строй «Победы», пробоина которой временно, но надёжно заделывалась деревом по предложению корабельного инженера Н.Н. Кутейникова. 25 мая В.К. Витгефт перенёс свой флаг с «Севастополя» на «Цесаревич», самый мощный броненосец эскадры.
В начале июня крупный успех на коммуникациях противника был достигнут и Владивостокским отрядом крейсеров, выполнявшим активные планы нового командующего флотом. 31 мая «Россия», «Громобой» и «Рюрик» под командованием нового начальника эскадры вице-адмирала П.А. Безобразова вышли из Владивостока в Корейский проливши через двое суток буквально под носом у эскадры X. Камимуры атаковали японские войсковые транспорты. Японские транспорты, следуя без охранения, отнюдь не всегда останавливались для досмотра, оказывая пассивное, а порой активное сопротивление. Поэтому русские крейсера были вынуждены применять артиллерию и минное оружие, не имея возможности спасать экипажи и солдат с гибнущих транспортов. Стремление П. А. Безобразова избежать уничтожения пароходов с людьми привело к тому, что первому из обнаруженных судов даже удалось скрыться. Второй — «Идзумо-Мару» (3229 брт) — был настигнут крейсером «Громобой» под командованием капитана 1-го ранга Н..Д. Дабича и потоплен 6" снарядами. С него спаслось 105 человек, которые попали в плен.
В тот же день, 2 июня, южнее острова Окиносима Владивостокский отряд встретил ещё два войсковых транспорта — «Хитаци-Мару» и «Садо-Мару». «Хитаци-Мару» (6175 брт) пытался таранить «Громобой» и был потоплен артиллерией и миной Уайтхеда. На этом транспорте находилось 1095 солдат и офицеров, 120 человек экипажа, 320 лошадей и 18 осадных 11" гаубиц, предназначенных для армии М. Ноги под Порт-Артуром и потерянных вместе с судном.
Значительными оказались и потери японцев в людях на «Садо-Мару» (6226 брт), который перевозил рабочих, носильщиков тяжестей для тыла армии, а также лошадей, десантные понтоны и катера. Этот пароход был поражён двумя минами Уайтхеда с крейсера «Рюрик» под командованием капитана 1-го ранга Е. А. Трусова. Однако разрушения от минных взрывов оказались недостаточными для уничтожения транспорта, и «Садо-Мару», брошенный русскими, японцам удалось спасти. С него попали в плен 23 человека, в том числе трое англичан. На трёх транспортах японцы потеряли больше личного состава, чем в сражении при Вафаньгоу, где было убито и ранено 1163 человека.