Однако нельзя не отметить и недостатков корабельного состава японского флота. Из шести линейных кораблей два — типа «Фудзи», проекты которых были основаны на британских аналогах 1889–1890 гг., к 1904 г. уже нельзя было считать вполне современными. Защита корпуса и артиллерии «Фудзи» не соответствовала средствам поражения начала XX в. С тактической точки зрения не выдерживала критики и конструкция башен крейсеров типа «Асама», где во вращающейся части выше верхней палубы хранилась почти половина снарядов. Быстроходные крейсера 2-го класса типа «Титосе» имели неудачное сочетание калибров артиллерии и слишком тесное расположение самих орудий. Погоня частных фирм за скоростью хода здесь также отрицательно сказалась на мореходных качествах и прочности корпусов. Пять крейсеров 3-го класса, построенные в Японии в 1895–1903 гг., уступали в скорости своим современникам — большим броненосным крейсерам, что делало небезопасным их использование для разведки и поддержки миноносцев.
Около половины всех японских бронепалубных крейсеров 1904 г. были вообще тихоходны. Истребители в естественной эксплуатации далеко не достигали своих нормальных скоростей, показанных на приёмных испытаниях.
Япония не имела собственного подводного кораблестроения, а руководство японского флота до начала войны не озаботилось приобретением подводных лодок. Отсутствие последних, а также некоторых типов специальных кораблей (например, быстроходных минных заградителей) позволяет сделать вывод о том, что флот Страны Восходящего солнца далеко не во всех отношениях был на уровне мировых достижений.
Наконец, в 1904 г. японский флот практически не имел резерва на случай длительной войны. В постройке на английских верфях находились два новых 16500-тонных броненосца («Касима» и «Катори») со сроком готовности не ранее 1906 г. Один новый броненосный крейсер («Цукуба») строился в Японии и мог быть спущен на воду в 1905 г. Только крейсера 3-го класса «Цусима» и «Отова» достраивались на плаву соответственно в Куре и Йокосуке, и ожидались в строю флота до 1905 г. В Японии также строились три истребителя типа «Харусаме» и лишь готовилась к постройке большая серия истребителей типа «Асакадзе». Таким образом, японское морское командование в своих оперативных планах могло рассчитывать только на наличный состав флота к началу 1904 г. и серьёзное усиление его в ходе войны было маловероятным.