В 1901–1902 гг. Балтийским заводом в Кронштадте под руководством корабельного инженера Н.Н. Кутейникова была построена небольшая (водоизмещение 20 т) разборная подводная лодка с электродвигателем «Пётр Кошка». Проект её был предложен лейтенантом Е.В. Колбасьевым. Лодка вооружалась двумя минными аппаратами для мин Уайтхеда и имела дальность плавания всего 15 миль. На шесть-семь часов 5-узлового полного хода хватало ёмкости аккумуляторов у лодки, приобретенной по инициативе великого князя Александра Михайловича у французского инженера Т. Губэ. Этот маленький подводный кораблик водоизмещением всего 10 т в конце 1903 г. был доставлен в Порт-Артур, на его вооружение состояли два решетчатых минных аппарата. 63
Такое же вооружение имела и старая лодка — одна из 50 единиц, построенных по проекту С.К. Джевецкого, привезённая в Порт-Артур еще в 1901 г. по запросу контр-адмирала В.К. Витгефта.В 1903 г. И.Г. Бубнов и М.Н. Беклемишев на основе опыта создания «Дельфин» спроектировали новую лодку с увеличенным запасом плавучести и усиленным вооружением. 2 января 1904 г. по этому проекту Балтийскому заводу заказали одну лодку, позднее названную «Касатка». Во время русско-японской войны завод получил заказ ещё на пять однотипных подводных лодок, из которых одна строилась на добровольные пожертвования. Одновременно шесть лодок начали строить на Невском заводе по проекту Голланда, у которого в готовом виде приобрели «Фультон» («Сом»). У американского предпринимателя Лэка Морское ведомство купило лодку «Протектор» («Осётр»), по его типу фирма обязалась построить ещё пять кораблей со сборкой в Либаве. Наконец, три лодки (типа «Карп») заказали в Германии компании «Крупп», подарившее по этому случаю России маленькую опытную лодку «Форель».
Уже в 1905 г. ГМШ поставил вопрос о строительстве подводных лодок-крейсеров для «продолжительной крейсерской службы в море или у удалённых неприятельских берегов». 64
Такое задание было положено в основу проектирования лодок типа «Кайман» и «Акула» водоизмещением 400 и 300 т. Но, как это уже случилось в прошлом, пик деятельности Морского ведомства, в данном случае, в области подводного кораблестроения пришёлся на военное время. К началу же войны подводные силы российского флота оказались в зачаточном состоянии и не смогли принять в ней должного участия. Правда, японский флот вообще не имел подводных лодок, первые японские лодки были заказаны в США фирме «Голланд» во время войны и вступили в строй после заключения мира.Особого внимания заслуживает опыт создания крупных вспомогательных судов специальной постройки. Так, в 1900 г. были заказаны учебное судно «Океан» для подготовки котельных и машинных команд и транспорт «Камчатка» (7200 т) для перевозки войск и угля. В 1904 г. «Камчатку» оборудовали плавучей мастерской для 2-й эскадры флота Тихого океана, в качестве которой она принесла большую пользу на переходе.
В 1897–1900 гг. по инициативе вице-адмирала С.О. Макарова и при поддержке известного учёного Д.Н. Менделеева и С.Ю. Витте был создан первый в истории полярный ледокол «Ермак» водоизмещением 10000 т. Ледокол принадлежал Министерству финансов, но оказал большие услуги военному флоту. С помощью «Ермака» стала возможной зимняя проводка кораблей в Финском заливе: лёд толщиной до 70 см ледокол уверенно преодолевал на 5-узловой скорости. Зимой 1899/1900 гг. «Ермак» обеспечил работы по спасению броненосца береговой обороны «Генерал-адмирал Апраксин», севшего на камни у острова Гогланд.
Во время русско-японской войны были приобретены несколько быстроходных грузопассажирских судов, мобилизованы и зафрахтованы различные транспорты. Часть из них переоборудовало вспомогательные крейсера, в том числе — носители аэростатов («Русь»), другие — в госпитальные суда, плавучие мастерские, вооруженные транспорты.
Наиболее важные достижения этого периода в технике кораблестроения выразились в переходе к закалке вертикальной брони по способу Круппа и к броневым палубам из хромоникелевой стали. Чисто деревянный палубный настил окончательно уступил место стальному с деревянным покрытием. На кораблях внедрялись металлическая — негорючая-мебель, а иногда и металлические шлюпки («Варяг»).