Образ жизни и манеры поведения Е.И. Алексеева на Дальнем Востоке напоминали европейский двор средней руки. С подчинёнными, правда не со всеми, держался высокомерно, мог вспылить и накричать (многие командиры его боялись), а иногда и припомнить «проступки» против его особы. Старался иногда избавиться от «слишком самостоятельных» (Я.А. Гильтебрант), и нёс моральную ответственность за назначение накануне войны начальником эскадры бесцветного О.В. Старка, во всём послушного его воле. В то же время, был против учреждения наместничества, и ещё до войны просил о назначении полномочных командующих армии и флотом на Дальнем Востоке. Реально оценивал угрозу внезапного нападения японцев и был сторонником упреждающего удара, но при этом оказался ограниченным в средствах и полномочиях, а потом и дезориентированным Петербургом (Николаем II, генерал-адмиралом, министром иностранных дел). Во время войны проявил стремление вмешиваться в распоряжения ближайших подчинённых и на этой почве несколько конфликтовал с любившими самостоятельность генералом от инфантерии А.Н. Куропаткиным и вице-адмиралом С.О. Макаровым. Однако он же и поддерживал все достаточно обоснованные планы и предложения последних.
Некоторое время после гибели С.О. Макарова лично командовал флотом, правда, в море не выходил, ожидая окончания исправления половины (трёх из шести) своих линейных кораблей. Отъезд Е.И. Алексеева из Порт-Артура, по мнению очевидцев, напоминал бегство. Однако, следует признать, что как главнокомандующий он поступил мудро, не желая оставаться без связи в осаждённой крепости. Настойчиво требовал от А.Н. Куропаткина и контр-адмирала В.К. Витгефта, которому вверил судьбу флота в Порт-Артуре, активных действий против японцев. Оба командующих, к сожалению, не оказались на высоте положения, и упустили представлявшиеся им возможности. После наступившего кризиса в войне выехал в Санкт-Петербург, и был отмечен в числе очень немногих участников войны орденом Св. Георгия 3-й степени. В 1905 г. назначен членом Государственного Совета.
Известно, что Николай II очень высоко ценил Е.И. Алексеева даже после окончания войны, хотя адмирал стал объектом критики в печати, а в советской историографии был объявлен одним из главных виновников поражения.
Командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Степан Осипович Макаров
(1848–1904) — выдающийся флагман рубежа XIX–XX столетий, подобно французскому адмиралу Фурнье, германскому Тирпицу, английскому Фишеру и японским Ита и Того, имел мировую известность и признание. Воспитанник Морского училища в Николаевске-на-Амуре и адмиралов А.А. Попова, И.А. Ендогурова, П.В. Казакевича, Ф.С. Керна и Г.И. Бутакова, герой русско-турецкой войны 1877–1878 гг., благодаря своим личным заслугам и достоинствам, сделал необычайно быструю карьеру и обогнал по службе не только ровесников, но значительно более старших офицеров, многие из которых были у него в подчинении. С 1876 г. самостоятельно командовал кораблями, с 1894 г. — эскадрами. Единственный из наших флагманов, который стремился проводить боевую подготовку, исходя из возможных условий действительного боя и свойств техники и оружия. Считал необходимым базировать практику плаваний и учений флота на прочной теоретической основе, создал ряд оригинальных научных трудов в области тактики, наиболее важными из которых были «Рассуждения по вопросам морской тактики» (1897). Имел значительный флагманский опыт — младшим флагманом Практической эскадры Балтийского моря (1894) и Соединенных эскадр (фактически — флота) в Тихом океане (1895), начальником эскадры Средиземного моря (1894–1895), начальником эскадры Балтийского моря (фактически — боевой частью Балтийского флота — в 1896 и 1898 гг.). Однако, в силу сложившейся практики цензового прохождения службы не смог создать передовой школы морской и тактической выучки. Поэтому понятие «ученик Макарова» является несколько условным, хотя адмирал лично знал в деле многих офицеров флота, а некоторых, действительно, воспитал сам и ставил очень высоко (К.Ф. Шульц, М.П. Васильев).С.О. Макаров имел широкие научные интересы и добился результатов мирового уровня в океанологии, исследованиях непотопляемости, полярных льдов и т. п. В то же время он отличался увлекающейся натурой, которая постоянно «уводила» его в сторону от флотских вопросов или заставляла с редким упорством отстаивать свои же сомнительные идеи («безбронные суда»). Обладал энергичным «беспокойным» характером, иногда бывал вспыльчив, но практически никогда не наказывал подчинённых, сам стремясь исправить их ошибки.
Был честолюбив и в вопросах чести и нарушения чинопочитания с редкой настойчивостью требовал полного удовлетворения. Пользовался любовью подчиненных (благодаря заботе о них, справедливости и личному примеру), авторитетом и доверием у старших начальников. С редким упорством и смелостью отстаивал собственное мнение и не пользовался служебным положением для личной выгоды, не говоря уже о присвоении казенных денег. В личных расходах был даже скуповат.