Такой количественный рост, однако, не сопровождался соответствующим улучшением обучения и воспитания. Директора корпуса в 1896–1901 гг. контр-адмирала А.Х. Кригера воспитанники видели только на парадах или в театре, заботы его ограничивались улучшением материальной базы. 78
Между тем, естественный процесс развития техники приводил к перегрузке учебных программ специальными дисциплинами, а военно-морской подготовке гардемарин уделялось явно недостаточное внимание. Так, курс Морской тактики, изданный для Морского корпуса в 1898 г. лейтенантом Н.А. Кладо, даже не был вынесен на выпускные экзамены. Дисциплина вообще оставляла желать лучшего, а осенью 1898 г. двое воспитанников покончили самоубийством. После А.Х. Кригера несколько месяцев в 1901–1902 гг. Морской корпус возглавлял контр-адмирал A.M. Доможиров, недавний командир крейсера «Россия» и участник войны в Китае, имевший репутацию одного из выдающихся офицеров флота. Скоропостижная смерть помешала ему провести намеченные преобразования. Сменивший A.M. Доможирова контр-адмирал Г.П. Чухнин (1902–1904 гг.) всё своё внимание сосредоточил на дисциплине, лучшим средством укрепления которой он считал различные наказания. Противоположностью педантичному Г.П. Чухнину был контр-адмирал Н.А. Римский-Корсаков (1904–1906 гг.), известный заботливостью и сердечным отношением к воспитанникам. Им обоим не суждено было приблизить подготовку флотских офицеров к реальным потребностям войны на море. И это при наличии сильного состава преподавателей, в числе которых были такие офицеры, как А.Н. Крылов, В.М. Сухомель, А.П. Шершов, Н.О. Эссен, Н.Л. Кладо и другие.Важным событием в жизни Морского корпуса стало празднование его 200-летнего юбилея, состоявшегося в январе 1901 г. с участием императора, генерал-адмирала и отца Иоанна Кронштадского. Корпус получил новое знамя и особый нагрудный знак. В параде участвовал взвод кадет, одетых в исторические формы одежды. Памятник основателю Навигационной школы — Петру Великому торжественно открыли в Столовом зале, где состоялся бал с участием шести тысяч гостей. Многочисленные питомцы старейшего учебного заведения страны и гардемарины, принимавшие участие в торжествах, всего через три года оказались в водовороте трагических событий, стоивших жизни десяткам морских офицеров. Война, в свою очередь, вызвала патриотический порыв молодежи — в 1905 г. на 40 вакансий младшего специального класса было подано 300 заявлений. Из ста человек прекрасно выдержавших экзамены особым распоряжением в корпус зачислили семьдесят.
В сентябре 1898 г. 100-летний юбилей отмечало и Морское техническое училище императора Николая I, которое в этом месяце было переименовано в Морское инженерное училище с сохранением «императорской принадлежности». Старшим на сравнительно скромных торжествах в Кронштадте оказался вице-адмирал П.П. Тыртов. Штат училища был доведен до 240 воспитанников и впервые предусматривал должности ротных командиров. Училище испытывало постоянные трудности с набором, так как лучшие выпускники-реалисты и гимназисты предпочитали гражданские учебные заведения. Сказывалась известная неопределённость служебного положения инженер-механиков и кораблестроителей во флоте. Ежегодный выпуск специалистов в 1900–1905 гг. вырос с 28 до 42 человек. Новый начальник училища (с 1900 г.) — генерал-майор А.И. Пароменский, ранее бывший инспектором классов, приложил много усилий к пополнению материальной базы и реальному улучшению обучения и воспитания. Особое внимание он уделял становлению немногочисленных преподавателей, среди которых выделялись кораблестроитель Г.Ф. Шлезингер, инженер-механик А.И. Погодин, К.М. Келпш и Г.Н. Пио-Ульский.
С 1900 г. было повышено береговое денежное содержание офицерского состава флота. По новому положению мичман на берегу в Балтийском и Черноморском флотах получал от 76 до 106 руб. в месяц, а в заграничном плавании — от 129 до 144 руб., старший инженер-механик на большом корабле — соответственно 183 и 310 руб. в месяц, командир корабля 1 — го ранга — 317 и 685 руб. и вице-адмирал, командующий эскадрой — 600 и 1527 руб.