При новом директоре Академии активизировалось и издательское дело. По рекомендации Дашковой Екатерина II дала указание всем типографиям государства присылать по одному экземпляру каждого печатного издания в библиотеку Академии наук. Начиная с 1784 года, каждое лето проводили публичные лекции на русском языке; стали регулярно выходить «Труды» Академии. По инициативе Дашковой печатается полное собрание сочинений М.В. Ломоносова, переиздается «Описание земли Камчатки» С.П. Крашенинникова, «Аналитические труды» и «Интегративное исчисление» Л. Эйлера, продолжается публикация «Дневных записок» И.И. Лепехина. Важным достижением стал выпуск «Словаря Академии Российской», осуществленный в 1789–1794 годах: к работе над ним были привлечены Д.И. Фонвизин, Г.Р. Державин, М.М. Щербатов, И.И. Лепехин, Н.Я. Озерецкий и др.
Весьма разнообразна и обширна была литературная деятельность Е.Р. Дашковой: она писала стихи на русском и французском языках, пьесы, публицистические статьи, многочисленные «академические речи» (в которых заметно влияние подобных выступлений Ломоносова), переводила сочинения западноевропейских просветителей. Наиболее ярко литературное дарование Дашковой проявилось в «Записках», которые и сделали ее известной как писательницу.
При Академии наук в 1783–1784 годах Дашкова учредила журнал «Собеседник любителей российского слова», который издавался «иждивением Академии наук». Журнал открывался одой Г.Р. Державина «Фелица», публикация которой определила его основное направление – прославление монархии и самой Екатерины II. В «Собеседнике» были опубликованы статьи, содержащие острые сатирические выпады против двора, отдельных вельмож и неустройства общественного быта. Но в журнале печатались произведения и таких писателей, как Д. Фонвизин, Я. Княжнин, Ф. Козельский, С. Бобров, осознававших недостатки екатерининского правления. Самым заметным общественно-политическим выступлением журнала явилась публикация «Вопросов» Д.И. Фонвизина и «Ответов» на них Екатерины II. Свидетельством того, что Дашкова отчасти разделяла точку зрения Фонвизина, стало ее «Послание к слову „Так“», посвященное теме всеобщего угодничества при дворе. В журнале Фонвизин напечатал «Опыт российского сословника» – словаря синонимических выражений.
Сотрудничество Екатерины II с «Собеседником» не означало полного единодушия императрицы и издателя. В некоторых сочинениях Екатерины II в 1780-х годах проявилось ее недовольство Дашковой. Так, в «Собеседнике» была опубликована ее статья «Общества незнающих ежедневная записка» – пародия на заседания Российской академии, а в пьесе «За мухой с обухом» императрица вывела Дашкову под именем Постреловой, особы, безудержно хвастающейся своими заграничными вояжами.
Как директор Академии наук, Дашкова руководила изданием журнала «Новое ежемесячное сочинение» (1786–1796), куда привлекла бывших сотрудников «Собеседника». Основное место в журнале занимали обширные переводы из сочинений А. фон Галлера, Х.-Ф. Геллерта, Вольтера, Гельвеция и др. Наиболее значительными научными публикациями были статьи В.В. Крестинина по русской истории, А. Фомина по вопросам языкознания, материалы из архива Г.-Ф. Миллера по изучению экономики и географии Севера. Публикации самой Дашковой непосредственно связаны с событиями Французской революции.
В декабре 1792 года Е.Р. Дашкова участвовала в издании альманаха «Российский театр, или Полное собрание всех российских театральных сочинений», который выходил в 1786–1794 годах под редакцией В.А. Ушакова. В альманахе были помещены тираноборческие трагедии «Сорена и Замир» Н.П. Николева, «Вадим Новгородский» Я.Б. Княжнина, сатирические комедии И.А. Крылова, А.И. Клушина и др.
По своему положению и занимаемым должностям Екатерина Романовна имела широкий круг литературных знакомств. Через А.Р. Воронцова она была знакома с А.Н. Радищевым и читала его «Житие Ф.В. Ушакова». Дашкова поддерживала Я.Б. Княжнина, Г.Р. Державина, хотя с последним у нее были довольно сложные отношения. Дашкова была автором нескольких драматических произведений: комедии «Тоисиоков, или Человек бесхарактерный» (1786) для Эрмитажного театра (прототипом главного героя послужил И.И. Шувалов), пьесы «Свадьба Фабиана, или Алчность к богатству наказанная» (1799), написанной в продолжение драмы А. Коцебу «Бедность и благородство души», либретто оперы «Земир и Азор» (1783). В 1788 году вышел ее роман «Новая Евфимия».