Речь Стаховича использовал против него и небезызвестный С.А. Нилус (впоследствии издатель «Протоколов Сионских мудрецов») – тоже орловский помещик, выпускник юридического факультета, ярый черносотенец. Он давно выбрал своего соседа по имению мишенью для нападок, еще в 1899 году публично обвинив его в «безверии»; неоднократно выступал он и против всех либеральных земцев, «бессознательно играющих в руку единственно искреннему космополиту – еврею и родному его брату, армянину». Критикуя речь Стаховича на Миссионерском съезде, Нилус на страницах «Московских ведомостей» назвал его «российским Дантоном или Робеспьером».
Свое сложное отношение высказал и философ В.В. Розанов: «Речь г. Стаховича, может быть, независимо от прямого намерения оратора, забрасывает семена нравственной подозрительности на деятелей миссии. „Вы притеснители, а не христиане“, – говорит смысл его слов. Речь его была только по виду предложением, а на самом деле она была судом и осуждением». Впрочем, В.В. Розанов не мог не признать, что в словах Стаховича «есть своя правда», и выразил уверенность, что «лучшие пожелания г. Стаховича исполнятся: но исполнятся в созидательных целях, в целях религиозного строительства».
В начале века Михаил Александрович становится активным деятелем общероссийского либерального движения, непременным участником земских совещаний и съездов. В 1902 году он, носящий высокий чин камергера императорского двора (с 1899-го), получил за свою оппозиционную активность на этом поприще «высочайший выговор». Вместе с тем в намечающемся размежевании русского либерализма на радикальное и умеренное крылья Стахович стал одним из лидеров умеренных – вместе с Д.Н. Шиповым, графом П.А. Гейденом, князем Н.С. Волконским. Он отрицательно относился к радикализму эмигрантского журнала «Освобождение» во главе с П.Б. Струве, к излишней, по его мнению, политизации либерального кружка «Беседа», единственно возможную программу которого определял как «борьбу с бюрократизмом во имя поднятия принципа самодержавия».
В 1904 году в журнале «Право» была напечатана сильная статья М.А. Стаховича (ранее запрещенная цензурой в «Орловском вестнике») по поводу нанесения полицией Орла смертельного увечья ни в чем не повинному мусульманину-сарту, направлявшемуся в Мекку. За эту статью номер «Права» конфисковали, а статья вышла в заграничном «Освобождении». Ответом на нее стала публикация в официозном «Гражданине» статьи князя В.П. Мещерского – одного из самых влиятельных идеологов России. Еще при жизни Александра II князь публично объявил своей целью «поставить точку реформам», после чего наследник-цесаревич Александр Александрович был вынужден разорвать с ним отношения. Однако после воцарения Александра III эти отношения не только восстановились, но и укрепились. Мещерский сохранил позиции и при Николае II: именно его влиянию приписывалось назначение министром внутренних дел реакционера В.К. Плеве после убийства в мае 1902 года Д.С. Сипягина.
В «Гражданине» Мещерский обвинил Стаховича в намерении «бросить обвинительную тень на административную власть» и в «сотрудничестве с революцией». Он нашел в его статье «оскорбление патриотизма, почти равное писанию сочувственных телеграмм японскому правительству»: в условиях войны с Японией это обвинение выглядело особенно сильным. Вопрос стоял принципиально, и группа молодых правоведов-либералов решила нанести контрудар по князю Мещерскому, подав на него в суд за клевету. В заседании Петербургского окружного суда 22 ноября 1904 года интересы Михаила Александровича (который находился в то время на маньчжурском участке военных действий во главе санитарного отряда от орловского дворянства) защищали мэтр русской адвокатуры Ф.Н. Плевако и ее восходящая звезда В.А. Маклаков, товарищ Стаховича по либеральным кружкам и совместным «паломничествам» в Ясную Поляну к Толстому.